Page 26 - 《广西植物》2021年第8期
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ϟ ԰ ࿗ ԡ                                广জ 西জ 植জ 物                                         ࿗ϟ 卷
            ᤟Ⴟዹ኏શዶᤥ 主要 利 用 ऊ۪ऊ 分析ܦऊશऊ᧧ 分析ܦऊ۪ዶఋ                 ԣॹԣ 红苞凤梨 ᤀႥዞቴટዛ 的鉴定

            分析ܦ۪஦ᑕቝ 蛋白结构域四种分析方法分析 ᤟Ⴟዹ኏શዶ                           对测序样品 ऊࣼ஦஦ᔽᔽႿҴ༁ 的拼接结果第一步经过
            的编码能力ᤥ 去掉基本筛选中具有潜在编码能力                             ऊࣼ஦஦ዹᆍቝᡱᑕʢᔀ 软件分析合并ᖔ筛选出转录本长度ᤠ

            的转录本ᖔ余下的即为预测的 ᤟Ⴟዹ኏શዶᤥ                              ԰ԡԡ ᤦᡱᖔ外显子个数ᤠ԰ᖔè۪᣽ᥘ ᤠ ԡ঎ϟ 的转录本ᖔ
                 通过 与 已 知 ቝ኏શዶ 进行比较ᖔ 利用 ऊࣼ஦஦᥋                  根据已知 ቝ኏શዶ 数据库ᖔ进行比较过滤 ቝ኏શዶᖔ然
            ዹᆍቝᡱᑕʢᔀ分析结果中的 ዹ᤟ᑕ༁༁ ዹᆍʛᔀ༁ 对筛选的 ᤟Ⴟዹ኏શዶ              后通过 ऊશऊ᧧ܦऊ۪ऊܦऊ۪ዶఋ 和 ۪஦ᑕቝ 四个软件进行蛋
            进行分类ᤥ                                              白编码潜能筛选ᖔ最终鉴定得到ᤃԡϟऐ条 ᤟Ⴟዹ኏શዶᖔ
            ϓॹጇ ᤀႥዞቴટዛ 靶基因预测及功能富集分析                            其中新 ᤟Ⴟዹ኏શዶ ጢ ᤃऐँ条ྉ 图 ԰ɯᤥ 比利用 ̀ᔽ༁ᔀी 二
                 基于 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 与其靶基因的作用方式ྉዹᔽ༁ 和                    代测序数据鉴定到的 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 数量增加了约 Ꭾԡᠮ

            ᡷʢᑕႿ༁ɯᖔ采用两种预测方法᧥第一种是根据 ᤟Ⴟዹ኏શዶ                      ྉ蔺珍ᖔ԰ԡϟँɯᖔ极大地提高了红苞凤梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的
            与 ቝ኏શዶ 的位置关系预测 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的靶基因ᖔ即                       数据信息量ᖔ 为 进 一 步研究红苞凤梨的非编码
            ᤟Ⴟዹ኏શዶ ϟԡԡ Ҵᤦ 范围内的邻近基因为其靶基因ଫ第                      ኏શዶ 调控机理提供了数据基础ᤥ
            二种是使用 ᓂႿዹఋᑕʢ 靶基因预测工具进行预测ᖔ其                             鉴定得到的ᤃ ԡϟऐ个 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 中ᖔ包括了ሕ ԰ँऐ

            原理是利用 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 与 ቝ኏શዶ 之间碱基互补配对                       个基因间 ᤟Ⴟዹ኏શዶྉ ᔽႿᡷᔀʢ੫ᔀႿᔽዹ ᤟Ⴟዹ኏શዶɯᖔऐᎮԡ 个反义
            产生的作用来预测ᤥ                                          ᤟Ⴟዹ኏શዶྉᑕႿᡷᔽ༁ᔀႿ༁ᔀ ᤟Ⴟዹ኏શዶɯᖔᎮϟᎮ 个内含子 ᤟Ⴟዹ኏શዶ
                 对差 异 表 达 ᧧Ⴟዹ኏શዶ 的靶基因利用 ᣽ጶ᥈᥈                   ྉᔽႿᡷʢᆍႿᔽዹ ᤟Ⴟዹ኏શዶɯ 和 ϟ ϟԡँ 个正义 ᤟Ⴟዹ኏શዶ ྉ ༁ᔀႿ༁ᔀ
            ྉ ᣽ᢃᆍᡷᆍ ጶႿዹᢃዹ᤟ᆍᡱᔀʛᔽᑕ ᆍ஦ ᥈ᔀႿᔀ༁ᑕႿʛ ᥈ᔀႿᆍቝᔀ༁ ɯܦ ᥈ᨃ     ᤟Ⴟዹ኏શዶɯྉ图 ԰᧥ାɯᤥ 与二代测序分析鉴定结果相
            ྉ ੫ᔀႿᔀ ᆍႿᡷᆍ᤟ᆍ੫ᢃ ɯܦ શ኏ ྉ શᆍႿ᥋኏ᔀʛࣼႿʛᑕႿᡷ ۪ʢᆍᡷᔀᔽႿ      比ᖔᔽႿᡷᔀʢ੫ᔀႿᔽዹ ᤟Ⴟዹ኏શዶ 所在比例显著提高ᖔ由 ϟᎮᠮ
            ୩ᔀीࣼᔀႿዹᔀ༁ ᧕ᑕᡷᑕᤦᑕ༁ᔀɯܦ ऊᨃ᥈ ྉ ዹ᤟ࣼ༁ᡷᔀʢ༁ ᆍ஦ ᆍʢᡷၤᆍ᤟ᆍ੫ᆍࣼ༁  增加 到 ጢጢᠮᤥ 而 ༁ᔀႿ༁ᔀ ᤟Ⴟዹ኏શዶ 所占比例显著 下
            ੫ʢᆍࣼᡱ༁ ᆍ஦ ᡱʢᆍᡷᔀᔽႿ༁ɯ和 ୩औᔽ༁༁᥋۪ʢᆍᡷ 数据库进行功能注           降ᖔ由 Ꭾᤃᠮ下降到 ϟऐ঎ጢᠮྉ蔺珍ᖔ԰ԡϟँɯᤥ

            释和富集分析ᖔ分析结果显著性用 ۗ 值表示ᤥ                             ԣॹᇺ 红苞凤梨 ᤀႥዞቴટዛ 结构分析
            ϓॹᣤ 差异表达基因分析                                           为了进一步分析红苞凤梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的结构特
                 以差异倍数ྉ èᆍ᤟ʛ ऊၤᑕႿ੫ᔀɯ ᤠ԰ 且错误发现率                 点ᖔ将 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 与蛋白质编码 ኏શዶ 在整体表达水

            è᧕኏ྉèᑕ᤟༁ᔀ ᧕ᔽ༁ዹᆍ׹ᔀʢᢃ ኏ᑕᡷᔀɯ ጐԡ঎ԡጢ 作为差异表达的            平ܦ序列长度分布ܦ外显子数目分布以及开放阅读
            筛选标准ᖔ使用 ጶା༁ᔀी 分析 ᤃ 个样本间差异表达                        框长度分布情况进行了比较分析ྉ图 ሕɯᤥ 分析结果
            的 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 及 ቝ኏શዶᤥ                                   表明ᖔ在总体表达水平上ᖔቝ኏શዶ 的表达丰度高于
                                                               ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的表达丰度ྉ图 ሕ᧥ዶɯᤥ 在转录本的长度分
            ԰জ 结果与分析                                           布上ᖔ᤟Ⴟዹ኏શዶ 在 ࿗ԡԡ ጲ ϟ ԰ԡԡ Ⴟᡷ 区间分布比例高于

                                                               ቝ኏શዶྉ图 ሕ᧥ାɯᖔ二代测序结果中则是表现在 ࿗ԡԡ ጲ
            ԣॹϓ 测序数据与参考基因组比对效率分析                               ᤃԡԡ Ⴟᡷ 和ϟ ࿗ԡԡጲϟ ᤃԡԡ Ⴟᡷ 区间ྉ蔺珍ᖔ԰ԡϟँɯଫ而在转
                 长链非编码数据利用率的直接体现就是比对                           录本长度ᢦϟ ᤃԡԡ Ⴟᡷ 区间ᖔ᤟Ⴟዹ኏શዶ 分布的比例显著

            效率ᖔ即 ᥘᑕᡱᡱᔀʛ ኏ᔀᑕʛ༁ 占 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 的百分比ᤥ              小于 ቝ኏શዶᖔ尤其在 ᢦ ᢉ ሕ ԡԡԡ Ⴟᡷ 区间 ྉ 图 ሕ᧥ାɯᤥ
            经 ୩ᥘ኏ఋ 全长转录 组 数 据 ྉશऊା᧧ 提交号                        ᤟Ⴟዹ኏શዶ 中的外显子数量总体少于 ቝ኏શዶᖔ约 ऐ԰ᠮ的
            ۪኏Ȯશዶጢᤃ࿗԰԰ሕɯྉᥘᑕ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟऐɯ 修正后ᖔᤃ 个样品             ᤟Ⴟዹ኏શዶ 只含有 ԰ 个外显子ྉ图 ሕ᧥ऊɯᤥ 而二代测序
            的 ኏ᔀᑕʛ༁ 与所选参考基因组的比对效率为                             分析中有 ࿗ϟ঎ऐԡᠮ 的 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 只有 ԰ 个外显子ᖔ而
            ᤃᎮ঎Ꭾ࿗ᠮ ጲ Ꭾऐ঎ጢऐᠮᖔ比单独使用 ̀ᔽ༁ᔀी԰ጢԡԡ 二代测                ሕϟ঎ᤃ԰ᠮ 的 ቝ኏શዶ 的外显子数超 过 ጢ 个 ྉ 蔺珍ᖔ
            序数据的比对效率提高了约 ጢᠮྉ 蔺珍ᖔ԰ԡϟँɯ ྉ 表                      ԰ԡϟँɯᤥ ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的开放阅读框长度总体上也短于
            ϟɯᤥ 说明三代数据的修正ᖔ有效提高了 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 测                       ቝ኏શዶᤥ 约 ँँᠮ的 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 开放阅读框长度ጐ ᢉ ϟԡԡ
            序数据的利用效率ᖔ有利于进一步深入挖掘红苞                              Ⴟᡷྉ图 ሕ᧥᧕ɯᖔ而二代测序分析中 ᤃᤃᠮ的 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的

            凤梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 信息ᤥ                                      开放阅读框在 ԡጲϟԡԡ Ⴟᡷ 之间ྉ蔺珍ᖔ԰ԡϟँɯᤥ
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