Page 50 - 《广西植物》2022年第11期
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ϟ ऐ ࿗ ԰                                广জ 西জ 植জ 物                                         ࿗԰ 卷
            物研究所新选育的ጸ桂热 ԰ 号ᆥྉ᥈኏԰ɯ为材料ᤥ                          靶基因进行同源性搜索ᖔ确定其参与的信号传导
            ϓॹԣ 方法                                             及生物代谢途径ᤥ
            ϟ঎԰঎ϟ 实验设计与管理জ 选择无病虫害ܦ蔗茎大小                         ϟ঎԰঎ᤃ 实时荧光定量 ۪ऊ኏ 验证জ 选取 ϟ࿗ 个差异表
            均匀的种茎切成单芽段ᖔ用清水冲洗种茎ܦ干布擦                             达 ቝᔽ኏શዶ 及其靶基因ᖔ先用 ۪ʢᔀቝᔽᔀʢ ጢ঎ԡ 设计其成
            洗干净ଫ用 ጢԡᠮ多菌灵可湿性粉剂ϟ ԡԡԡ倍液浸 ϟ԰                       熟 ቝᔽ኏શዶ 特异正向引物ܦ通用反向引物ྉ表 ࿗ɯᖔ再
            ၤ 消毒ଫ用蒸馏水浸洗种茎 ϟቝᔽႿ 后ᖔ再用蒸馏水                         用 ᓂᔽ੫ၤᡷऊᢃዹ᤟ᔀʢ ᗀ  ࿗ऐԡ ᧧Ⴟ༁ᡷʢࣼቝᔀႿᡷ ᧧᧧ 进行 ኏ఋ᥋۪ऊ኏ 扩
            浸洗拧干的棉布将种茎包好并做好标记ଫ用橡皮                              增ᖔ设阴性对照ྉ不添加 ዹ᧕શዶ 模板ɯ以监控可能的
            筋扎好放进温度为 ԰ጢ ቩ 的恒温箱催芽ᤥ 当种茎                          污染ᤥ 以甘蔗 ᥈ዶ۪᧕̀ 为内参基因ᖔ 每个样品均设
            萌芽并长出幼根时ᖔ将其移植到装有营养土的塑                              置 ሕ 次重复ᖔ 采用 ԰    ͱ᪵᪵ऊᡷ 法计算基因相对表达ᤥ
            料盆并做好标记ᤥ 每盆 ϟ 段种茎ᖔ盆高 ϟᎮ঎ጢ ዹቝᖔ
            盆宽 ϟᤃ ዹቝᤥ 育苗期间ᖔ每株施用完全营养 液 ԰                        ԰ 结果与分析
            次ᖔ每次 ϟԡ ቝᓂᤥ 当幼苗两叶一心时ᖔ选择长势ܦ大
            小均一的幼苗进行低温处理ᤥ 低温胁迫处理温度                             ԣॹϓ 高通量测序数据分析
            为 ࿗ቩ ᖔ 光照强度为 ጢ ԡԡԡ ᤟଴ᖔ 处理 ԰࿗ ၤଫ 对照                     选择 ሕ 个耐寒性不同甘蔗品种的幼苗进行低
            ྉऊ᣽ɯ温度为 ԰ऐ ቩ ᖔ光照强度为ጢ ԡԡԡ ᤟଴ᤥ                       温胁迫ᖔ每个品种的对照ྉऊ᣽ɯ 和低温处理ྉఋɯሕ
            ϟ঎԰঎԰ ኏શዶ 提取及 ᧧᤟᤟ࣼቝᔽႿᑕ 测序জ 采集低温处理和                 个重复ᖔ分别取叶片共 ϟऐ 个样本进行高通量测
            对照样本的叶片ᖔ及时用 ఋ኏શझᆍ᤟ ኏ᔀᑕ੫ᔀႿᡷ 试剂盒ྉ天                   序ᖔ构建低温胁迫前后 ༁኏શዶ 文库ଫ对原始测序数
            根生化科技有限公司ᖔ 北京ɯ提取并检测 ኏શዶᤥ 将                         据进行 ሕࣕ端去接头ܦఋʢᔽቝ 低质量ܦ片段大小选择等
            低温胁迫处理组与对照样本组提取获得的高质量                              质控处理ᖔ获取高质量 ዹ᤟ᔀᑕႿ ʢᔀᑕʛ 序列ྉ 表 ϟɯᤥ 从
            ኏શዶ 送往华大基因科技有限公司ྉ深圳ɯ 进行文库                          表 ϟ 可以看出ᖔ在 ᥈኏԰ 的 ऊ᣽ 和 ఋ 叶片中分别挖

            构建ᖔ 每处理 ሕ 个重复ᤥ 采用 ᧧᤟᤟ࣼቝᔽႿᑕ ̀ᔽ୩ᔀीఋᥘ                 掘出 ԰࿗ ሕϟԡ ጢጢऐܦ԰ሕ ँ԰ጢ ᤃᎮሕ条测序数据ᖔ最终处
            ԰ԡԡԡ 平台对质量合格的 ኏શዶ 文库进行测序ྉዶ᤟ᔽ ᔀᡷ                    理分别得到 ԰ϟ ሕ࿗ሕ ϟँ࿗ܦ԰ϟ ጢᎮᤃ ጢँ࿗ 条ᖔ 高质量
            ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡԡऐɯᤥ 通过去接头ܦ去低质量ܦ去污染等过程                      ዹ᤟ᔀᑕႿ ʢᔀᑕʛ 序列分别占总序列的ऐᎮ঎ऐሕᠮܦँԡ঎԰ጢᠮᖔ
            完成数据处理获得干净序列后ᖔ使用 ାᆍऔᡷᔽᔀ ԰ 软件                       且所构建的文库与参考基因组进行比对ᖔ其 ऊ᣽ 和

            按照 ᥘᔽ኏ᤦᑕ༁ᔀ ᢦ ᡱᔽʢႿᑕᤦᑕႿҴ ᢦ ༁Ⴟᆍ኏શዶྉၤࣼቝᑕႿ ᣰ ᡱ᤟ᑕႿᡷɯ     ఋ 分别有 ऐᤃ঎Ꭾϟᠮ与 ऐ࿗঎ሕ԰ᠮ的序列与参考基因组
            ᢦ ኏஦ᑕቝ ᢦ ᆍᡷၤᔀʢ ༁኏શዶ 的 优 先级顺序将小 ኏શዶ                 匹配ଫ᥈ఋ԰ऐ 的 ऊ᣽ 和 ఋ 叶片中分别挖掘出
            ྉ༁኏શዶɯ遍历注释获得未注释 ኏શዶ 片段ᤥ                            ԰ሕ ँϟጢ ԰࿗࿗ܦ԰ሕ ጢ԰ऐ ϟԡሕ 条测序数据ᖔ最终处理分
            ϟ঎԰঎ሕ 已知 ቝᔽ኏શዶ 的鉴定及新 ቝᔽ኏શዶ 预测জ 用                   别得到 ԰԰ ԡ࿗ጢ ϟऐᤃܦ԰ϟ ࿗ऐϟ ϟ԰ँ 条ᖔ高质量 ዹ᤟ᔀᑕႿ
            ቝᔽ኏᧕ᔀᔀᡱ ԰ 软件对所得的未注释 ༁኏શዶ 序列与参                      ʢᔀᑕʛ 序列分别占总序列的 ँ԰঎ϟऐᠮ与 ँϟ঎԰ऐᠮᖔ所构
            考基因组 Џ 割手密ྉ ୒ᐹዞዞ၊ᐹʗࣩቂ ໧ᡓᅳႥᡙᐹႥᓣࣩቂ ɯ 基因              建的文库与参考基因组进行比对ᖔ其 ऊ᣽ 和 ఋ 分别
            组૒进行序列比对分析 ྉ ᥘᑕࣼʢᔽᡷ༁ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟጢɯᖔ鉴               有Ꭾϟ঎Ꭾጢᠮ与 ऐ࿗঎ ϟԡᠮ 的序列与参考基因组匹配ଫ
            定出已知的甘蔗耐寒相关 ቝᔽ኏શዶଫ将过滤获得的                           ኏ᨃऊऊ԰԰ 的 ऊ᣽ 和 ఋ 叶 片 中分别挖掘出
            未比对序列比对参考序列ᖔ通过碱基数目延伸ܦ                              ԰Ꭾ ԡᤃँ ऐᤃᎮܦ԰ሕ ᤃሕϟ ԰ԡऐ条测序数据ᖔ最终处理分别
            ቝᔽ኏શዶ 结构预测方法获得新的 ቝᔽ኏શዶᤥ                            得到 ԰ϟ ԡԡᎮ ሕᎮϟܦ԰ԡ ᤃ࿗ԡ ሕጢᎮ 条ᖔ高质量 ዹ᤟ᔀᑕႿ ʢᔀᑕʛ
            ϟ঎԰঎࿗ 差异表达 ቝᔽ኏શዶ 的鉴定জ 对耐寒型甘蔗样                      序列占总序列的 Ꭾँ঎ጢԡᠮ与 ऐᎮ঎ሕጢᠮᖔ所构建的文库
            品的已知 ቝᔽ኏શዶ 的读数进行分析ᖔ判断低温胁迫                          与参考基因组进行比对ᖔ其 ऊ᣽ 和 ఋ 分别有 ँ԰঎ᤃ԰ᠮ
            前后不同耐寒型甘蔗样品中 ቝᔽ኏શዶ 的差异表达ᖔ                          与 ऐጢ঎ᤃᎮᠮ的序列与参考基因组匹配ྉ表 ϟɯᤥ
            以 ྍ ᤟ᆍ੫ ԰ྉ èᆍ᤟ʛऊၤᑕႿ੫ᔀɯ ྍ ᤠϟᖔۗጐԡ঎ԡጢ 为筛选标准ᖔ              ༁኏શዶ 长度与不同功能有关ᖔ其中 ԰ϟ ጲ ԰԰ Ⴟᡷ 的
            获得低温胁迫前后差异表达 ቝᔽ኏શዶᤥ                                主要与 ቂቴટዛ 切割和转录后基因沉默相关ᖔ԰࿗ Ⴟᡷ 的
            ϟ঎԰঎ጢ ቝᔽ኏શዶ 靶基因预测জ 用 ᡱ༁኏શዶఋᑕʢ੫ᔀᡷྉ ۼࣼ ᔀᡷ            主要与 ኏શዶ 导向的 ᧕શዶ 甲基化和转录基因沉默相
            ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟ԰ ɯܦ ఋᑕʢ੫ᔀᡷèᔽႿʛᔀʢ ྉ èᑕၤ᤟੫ʢᔀႿ ᪲ ऊᑕʢʢᔽႿ੫ᡷᆍႿᖔ  关ᤥ 对 ᡷᆍᡷᑕ᤟ ዹ᤟ᔀᑕႿ ʢᔀᑕʛ༁ 进行统计发现ᖔ༁኏શዶ 主要集
            ԰ԡϟԡɯ和 ఋᑕᡱᔽʢၤᢃᤦʢᔽʛྉ ۪ᔀᔀʢᖔ԰ԡϟԡɯ 软件进行差异表             中在 ԰ϟጲ԰࿗ Ⴟᡷ 之间ᖔ但不同抗寒能力的材料之间有
            达 ቝᔽ኏શዶ 的靶基因预测ᖔ并在 ᥈ᨃ 数据库对预测                        一定差异ᖔ且不同长度的测序频率不同ྉ图 ϟɯᤥ
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