Page 34 - 《广西植物》2022年第12期
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表 1 白菜 CesA 基因家族表达分析的 qRT ̄PCR 引物
Table 1 qRT ̄PCR primers for expression analysis of CesA gene family in Brassica rapa var. glabra
基因编号 引物序列 (5′-3′)
Gene ID Primer sequence (5′ ̄3′)
Bra023952 F : AAAGGTGGAGAAATTGAAGGGA R : AATAATCACAACCCGGTAAGGT
Bra011345 F : GACATGATTCTCAGCCAATTCC R : CTGATGTAGTTCGCACAGATTG
Bra011865 F : ATCGATACTCTAATCGCAACGT R : ACAACCTGTCCCGACATATATC
Bra010691 F : CGCCTCGTCTAGTATTAACTGT R : CCAACGTATATCGGTCCTTGTA
Bra029874 F : TTAGCTGTGGATATGAGGACAC R : CAGTCTCCCTCCATAACCATAC
Bra005845 F : CGGAGCTCTACTTGTTCAAATG R : GGTATCCACTGTTGATAGCGTA
Bra028768 F : CATGTCATTAGCTGTGGTTACG R : GCATTTTGAACCCAGTCAGAAT
Bra033714 F : GCAAGCTCAAGATTCTAGAACG R : AACCGCTGGGATAGTACAATAG
Bra036008 F : CGACAACGGAAGCAATTTTCTA R : GACATCCCAAATCTCTTCTCGA
Bra006036 F : CTTGGCCTGGTAATAATGTTCG R : TTTGCTGTTGTTGATGTAGTGG
Bra037793 F : TAATAGCACAAGAGATCACCCC R : GAACCCCTGAGACTCGTATAAG
Bra024324 F : TTTGTTCTGATTAATGCCGACG R : TCTCTGCAGATTTTACACGTCT
Bra031904 F : ATATGAAGGGTTTGGATGGGTT R : ATAGGAAACACCATTTAGGCCA
Bra004814 F : GAGGACGAGGATGATAATGAGG R : ATACACTAACCCAACATCCCAG
Bra006407 F : CAAGCAAGATCAATCCATACCG R : AGAGACGGTCTAGATAGGTCTC
Bra012578 F : ACAGTCTCCACAATAGACAGTG R : GGATAGGTATCACAACCGAGAG
BraActin 2 F : CGGTGTCATGGTTGGGAGA R : CGTGCTCGATGGGGTACTTC
表 2 白菜 CesA 基因家族信息
Table 2 Information of CesA gene family in Brassica rapa var. glabra
等电点 分子量 起始位置 终止位置 蛋白长度
基因编号 染色体
Isoelectric Molecular weight Start location End location Protein length
Gene ID Chromosome
point (kD) (bp) (bp) (aa)
Bra023952 A03 6.34 122.17 28 621 459 28 626 059 1 083
Bra011345 A01 6.51 121.85 2 640 630 2 645 508 1 080
Bra011865 A01 7.04 121.03 150 169 154 808 1 074
Bra010691 A08 6.98 31.61 16 010 300 16 016 114 287
Bra029874 A05 8.39 118.03 21 907 336 21 912 132 1 046
Bra005845 A03 7.67 118.62 899 408 903 741 1 055
Bra028768 A02 7.43 119.79 2 136 518 2 141 039 1 066
Bra033714 A06 8.43 119.81 25 466 123 25 470 303 1 052
Bra036008 scaffold 9.12 20.92 492 903 493 889 1 089
Bra006036 A03 6.65 121.40 1 703 119 1 708 289 1 076
Bra037793 A09 7.65 122.18 3 605 709 3 610 867 1 083
Bra024324 A06 7.24 122.67 14 970 360 14 975 283 1 082
Bra031904 A02 7.81 121.49 27 187 433 27 192 926 1 079
Bra004814 A05 4.76 17.76 1 926 040 1 927 962 153
Bra006407 A03 6.18 116.43 3 382 190 3 386 798 1 034
Bra012578 A03 6.69 111.40 23 439 101 23 442 994 985
2.3 白菜 CesA 家族基因的结构和保守结构域分析 个 CDS 序列ꎬBra033714 含 11 个 CDS 序列ꎬBra010691
利用 TBtools 对 16 个白菜 CesA 基因家族成员 含 6 个 CDS 序列ꎬBra004814 含有 5 个 CDS 序列ꎬ
进行基因结构分析( 图 2)ꎮ 该家族成员大都包含 Bra036008 含有 4 个 CDS 序列ꎮ 表明部分家族基因
4~14 个内显子ꎮ 其中 5 个基因含有 14 个 CDS 序 结构间存在较大差异ꎬ具有丰富的多样性ꎮ
列ꎬ3 个基因含有 13 个 CDS 序列ꎬ4 个基因含有 12 利用 MEME / MAST 程序进行蛋白保守结构域