Page 199 - 《广西植物》2024年第5期
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５ 期 赵淑丽等: 根肿菌侵染下菘蓝生物碱合成机制 ９ ８ ７
总碱基数量的百分比) 为 ４７.０％ ~ ４７.６９％ꎮ Ｔｒｉｎｉｔｙ
拼接得到 ８３ ７７５ 个 Ｕｎｉｇｅｎｅꎬ平均长度为１ ７０８ ｂｐꎬ
最长达到 １６ ５２３ ｂｐꎬ最短为 ２０１ ｂｐꎬＮ５０ 为 ２ ３６７
ｂｐꎮ Ｕｎｉｇｅｎｅ 长 度 分 布 图 ( 图 ８) 显 示ꎬ ５１ ７９９ 条
(６１.８３％) Ｕｎｉｇｅｎｅ 长 度 超 过 １ ０００ ｂｐꎬ２５ ８７４ 条
(３０.８９％)Ｕｎｉｇｅｎｅ 长度超过 ２ ０００ ｂｐꎮ 这说明转
录组数据质量较高ꎬ可进行后续分析ꎮ
２.４.２ Ｕｎｉｇｅｎｅ 的功能注释 用 ＮＲ、ＴｒＥＭＢＬ、ＧＯ、
Ｓｗｉｓｓ￣Ｐｒｏｔ、ＫＯＧ、ＫＥＧＧ、Ｐｆａｍ 共 ７ 个 数 据 库 进 行
图 ４ 代谢物类别分析
Ｕｎｉｇｅｎｅ 注释ꎬ 分 别 成 功 注 释 ６９ ３５０ ( ８２. ７８％)、
Ｆｉｇ. ４ Ｃｌａｓｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ
７０ ２８１ ( ８３. ８９％)、 ６０ ５３８ ( ７２. ２６％)、 ５４ ６９６
(６５.２９％)、４４ ６２０ ( ５３. ２６％)、５５ ２７１ ( ６５. ９８％)、
５５ ３８７(６６.１１％)个基因ꎬ至少在一个数据库注释
成功的 Ｕｎｉｇｅｎｅ 有 ７２ ９６５ 条(８７.１％)ꎮ 样本间基
因表达水平的相关性分析表明样本在一组中具有
较高的一致性ꎬ确保了后面分析结果的可靠性ꎮ
在本研究中ꎬ共有 ６０ ５３８ 条 Ｕｎｉｇｅｎｅ 得到了 ＧＯ
注释ꎮ 总体分为 ３ 大类:一是分子功能ꎬ主要富集条
目有催化活性(３０ ７５８ 条)和结合(３６ ０８４ 条)ꎻ二是
细胞组分ꎬ细胞解剖实体 Ｕｎｉｇｅｎｅ 数量最多(５１ ８０７
条)ꎻ三是生物过程ꎬＵｎｉｇｅｎｅ 富集较多的类别有细
胞过程(４０ ５０４ 条)、刺激响应(１８ ４７４ 条)、代谢过
程(３２ ２２９ 条)、生物调控(１６ ６０６ 条)(图 ９)ꎮ
由图 １０ 可知ꎬ本次共有 ２５ 个不同功能且种类
图 ５ 接种根肿菌后 ７、１４、２１ ｄ 及其相应 齐全 的 类 群ꎬ 包 含 大 多 数 的 生 命 活 动ꎮ 其 中ꎬ
对照组的 ＯＰＬＳ￣ＤＡ 得分图 １０ １０２条被富集到一般功能预测ꎬ是 ＫＯＧ 类群中
Ｆｉｇ. ５ ＯＰＬＳ￣ＤＡ ｓｃｏｒｅ ｍａｐ ａｔ ７ꎬ １４ꎬ ２１ ｄ ａｆｔｅｒ Ｕｎｉｇｅｎｅ 数量最多的ꎻ其次是翻译后修饰、蛋白反
ｉｎｏｃｕｌａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ ｂｒａｓｓｉｃａｅ 转和伴侣ꎬ４ ９３２ 条ꎻ注释到信号转导机制的较少ꎬ
ａｎｄ ｉｔｓ ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ｃｏｎｔｒｏｌ ｇｒｏｕｐ
也有 ４ ４６１ 个基因ꎬ其他功能类群的基因丰度也不
尽相同ꎮ
ＣＫ３ ｖｓ ＢＬＧ￣Ｓ３ꎬ 其 他 组 都 在 色 氨 酸 代 谢 途 径 ２.４.３ 差异表达基因的筛选与功能分析 菘蓝接
(ｋｏ００３８０)上富集ꎬ色氨酸合成途径是吲哚类生物 菌后 ７、１４、２１ ｄ 与同时间对照组比较分别有２ ４３９
碱合成的前体途径ꎮ 个、２５６ 个、６ ４３７ 个差异表达基因ꎬ结果表明菘蓝
２.４ ＲＮＡ￣ｓｅｑ 分析 在根肿菌侵染后基因表达发生显著变化ꎮ 其中ꎬ
２.４.１ 转录组数据组装和质量分析 为进一步挖 ２１ ｄ 的 ＤＥＧｓ 最多ꎬ说明根肿菌侵染后期菘蓝基因
掘根肿菌胁迫下菘蓝生物碱积累机制ꎬ对菘蓝 ２１ 表达发生剧烈变化ꎻ这 ３ 组共有 １７ 个差异表达基
个样本进行转录组测序和分析得到１ ２００ ９７４ ７８６ 因ꎬ其中 ９ 个上调ꎬ８ 个下调ꎮ 接菌后 ７、１４、２１ ｄ
条原始序列和 １ １７１ ８０８ ２１０ 个高质量序列ꎬ共获 的实验组随着接菌时间的延长ꎬ差异基因数目在
得 １７５.７７ Ｇｂ 的有效数据ꎻ各样本有效数据均达到 不断增加ꎬ其对根肿菌的响应更加剧烈(表 ３)ꎮ
７ ＧｂꎬＱ２０(Ｑｐｈｒｅｄ 值不低于 ２０ 的碱基数占总碱基 对 ＤＥＧｓ 进行 ＧＯ 富集分析ꎬ根据细胞组成、
数 的 百 分 比) 碱 基 百 分 比 均 在 ９７％ 以 上ꎬ Ｑ３０ 分子功能和生物代谢对基因进行分类ꎬ共有９ ８０５
(Ｑｐｈｒｅｄ 值不低于 ３０ 的碱基数占总碱基数的百分 个 ＤＥＧｓ 被富集到这 ３ 个 ＧＯ 类别中ꎮ 细胞组成
比)碱基百分比均在 ９２％以上ꎻＧＣ 含量(Ｇ 和 Ｃ 占 过程中细胞解剖实体的 ＤＥＧｓ 位居第一ꎻ 细胞过
