Page 62 - 《广西植物》2021年第12期
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ԡ ԡ ᤃ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ϟ 卷
干燥ᖔ并于ͱԡ ቩ 冰箱中保存ᤥ 常用参数 û 和 Ɇ 可以衡量核苷酸多态性ྉશᔀᔽ ᪲
ϓॹԣ 仪器与试剂 ᓂᔽᖔϟँᎮँଫ刘杰ᖔԡϟϟɯᤥ 基于软件 શᔀᡷऔᆍʢҴ ጢԡϟԡ
۪ऊ 扩增仪 ྉ ା᧧ᨃ᥋ዶ᧕ ऊϟԡԡԡɯܦ 常温离心机 中值连接法ྉ ᥘᔀʛᔽᑕႿ᥋ᢼᆍᔽႿᔽႿ੫ ႿᔀᡷऔᆍʢҴɯᖔ利用最大简
ྉጶᡱᡱᔀႿʛᆍʢᖔऊᔀႿᡷʢᔽࣼ੫ᔀ ጢ࿗ϟጢ᧕ɯܦ 凝胶电泳仪 ྉା᧧ᨃ᥋ 约标准对所有单倍型序列进行种内谱系的单倍型
ዶ᧕ᖔ۪ᆍऔᔀʢ ۪ᑕዹ ାᑕ༁ᔽዹɯܦ凝胶成像系统ྉା᧧ᨃ᥋ዶ᧕ᖔ 网络分析ᖔ之后结合采样点经纬度信息将居群单
ВႿᔽᔀʢ༁ᑕ ̀ᆍᆍʛ᧧᧧ɯᤥ 植物基因组 ᧕શዶ 提取试剂盒 倍型分布以及共享情况利用 ዶʛᆍᤦᔀ ᧧᧧ࣼ༁ᡷʢᑕᡷᆍʢ ऊऊ
ྉ北京 百泰克ᖔ ᧕۪ሕϟϟɯܦ ۪۪᥋࿗ԡܦ ጶ᧕ఋዶܦ ఋʢᔽ༁ܦ ఋᑕी ԡϟँ 绘制成单倍型地理分布图ᤥ
۪ऊ 等ᤥ ϟᤃ 居群遗传多样性与遗传结构分析 জ 利用
ϓॹᇺ 总 ᦵટዛ 的提取 ۪ᔀʢቝࣼᡷዹᡱ୩୩ ϟ ϟ 计算物种总的遗传 多 样 性
采用改良植物基因组 ᧕શዶ 快速提取试剂盒提 ྉ̵ ɯܦ平均遗传多样性ྉ ̵ ɯᤥ 联合每一个体的 ሕ
௴
取总 ᧕શዶᤥ 对试剂盒说明书操作步骤稍做改动ᖔ 个序列拼接结果ᖔ利用 ዶʢᔀीࣼᔽႿ ᔀʢ༁ᔽᆍႿ ሕጢϟ 检
加入 ାࣼᔀʢ ۪ϟ 和 શᑕ༁ᔀ 后水浴 ሕԡ ቝᔽႿᤥ ᧕શዶ 洗脱 测居群遗传结构ᤥ
时分 次加入 ጶା 洗脱液ᖔ依次为 ሕԡܦԡ ဂᓂᤥ ϟᠮ ϟᤃሕ 邻接系统进化树构建জ 利用 ᥘጶ᥈ዶ Ꭾԡϟ࿗ 软
琼脂糖凝胶电泳检测后ᖔ将提取 出 的 ᧕શዶ 存于 件的系统发育模 块 ྉ ᡱၤᢃᆍ੫ᔀႿᢃɯ 构建 શȮ 邻接树
ͱԡ ቩ 冰箱ᖔ备用ᤥ ྉႿᔀᔽ੫ၤᤦᆍʢ᥋ᢼᆍᔽႿᔽႿ੫ ᡷʢᔀᔀɯᤥ 基于 ᔽቝࣼʢᑕ ͱ ᡱᑕʢᑕቝᔀᡷᔀʢ
ϓॹ 引物的筛选 ྉ᥋۪ɯ模型和自举法ྉᤦᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ ቝᔀᡷၤᆍʛɯ 计算居群
依据文献初步筛选出 ጢ 对 ዹᡱ᧕શዶ 序列 ྉ 表 对之 间的平均遗传距离 ྉ ዹᆍቝᡱࣼᡷᔀ ᤦᔀᡷऔᔀᔀႿ ੫ʢᆍࣼᡱ
᥈В᥈ ቝᔀᑕႿ ʛᔽ༁ᡷᑕႿዹᔀɯଫ自举法重复次数ྉʢᔀᡱᔽዹᑕᡷᔽᆍႿ༁ɯ 设置
ɯᤥ 其中ᖔ ᡙʗႥ̀ ᥋ᡓᤇዶܦ ʗᡓϟᤃè᥋ʗᡓ 与 ᡙʗႥᓂ᥋ᡙʗႥè
序列能更好地扩增材料总基因组 ᧕શዶᖔ且 ۪ऊ 产 为 ϟ ԡԡԡଫ替换包括ྉ༁ࣼᤦ༁ᡷᔽᡷࣼᡷᔽᆍႿ༁ ᡷᆍ ᔽႿዹࣼʛᔀɯ 设置为
物双向测序结果较好ᤥ ᥥʛ᧥过渡շ横向ྉʛ᧥ఋʢᑕႿ༁ᔽᡷᔽᆍႿ༁շఋʢᑕႿ༁ᔀʢ༁ᔽᆍႿ༁ɯɼଫ位点
ϓॹጇ ۗࣷቴ 扩增 之间的速率 ྉ ʢᑕᡷᔀ༁ ᑕቝᆍႿ੫ ༁ᔽᡷᔀ༁ɯ 设置为统一速率
扩增体系᧥总体积为 ጢ ဂᓂᤥ 其中ᖔఋᑕी ᧕શዶ ྉࣼႿᔽᆍʢቝ ʢᑕᡷᔀ༁ɯଫ差距ᣰ 缺失数据处理ྉ ੫ᑕᡱ༁ᣰ ቝᔽ༁༁ᔽႿ੫
᥋ϟ
聚合 酶 ྉϟ ԡ Вኼ ဂᓂ ɯ ϟ ጢဂᓂᖔ 正反向引物 ྉϟԡ ʛᑕᡷᑕ ᡷʢᔀᑕᡷቝᔀႿᡷɯ设置为完全删除ྉዹᆍቝᡱᔀᡷᔀ ʛᔀᔀᡷᔽᆍႿɯᤥ
᥋ϟ ᥋ϟ
ဂቝᆍኼᓂ ɯ 各 ϟጢ ဂᓂᖔ᧕શዶ 模板ྉሕԡ Ⴟ੫ኼဂᓂ ɯϟ
ဂᓂᖔʛʛ̀ ᨃ 加至 ጢ ဂᓂᤥ 扩增程序为 ँ࿗ ቩ 预变性 জ 结果与分析
࿗ቝᔽႿᖔँ࿗ ቩ 变性 ࿗ԡ ༁ଫᤃ࿗ ቩ 退火 ሕԡ ጲ ࿗ԡ༁ᖔᎮቩ 延
伸 ࿗ԡ ༁ᖔ循环 ሕሕ 次ଫᎮ ቩ 延伸 ᤃቝᔽႿᤥ 产物存 ͱ ࿗ ԣॹϓ 序列特征和单倍型检测
ቩ 冰箱ᖔ送上海生工ྉ୩ᑕႿ੫ᆍႿ ାᔽᆍᡷᔀዹၤɯ双向测序ᤥ ሕ 个序列 ᥈շऊ 含量在 ँᤃᠮ ጲ ሕᎮᠮ之间ᖔ符
ϓॹᣤ 数据分析 合叶绿体 ᥈ऊ 含量低的特点ྉ 孙果丽ᖔԡϟጢɯᤥ ሕ 个
利用 ᥈ᔀႿᔀ༁ऊᆍʛᔀ ୩ᔀीࣼᔀႿዹၤᔀʢ ጢ࿗ጢ 软件拼接测 序列均有碱基插入 ᣰ 缺失ᖔû 与 Ɇ 的值均小于ԡԡϟᤥ
序所得的双向序列ᖔ及 ऊࣼ༁ᡷᑕᣮ ԡϟԡྉ ᓂᑕʢҴᔽႿ ᔀᡷ 联合序列对齐后的长度为 ጢऐ ᤦᡱᖔ多态性信息位
ᑕᖔԡԡᎮɯ自动排列比对ᖔ结果导入 ାᔽᆍᔀʛᔽᡷ Ꭾԡጢ 软 点为 ᤃᤃ 个ᖔ共有 ϟऐ 个碱基的插入 ᣰ 缺失ྉ 表 ሕɯᤥ
件ྉ̀ᑕᖔϟँँँɯ手工校对调整ᖔ矩阵中有系统发育 将联合片段应用于单倍型检测ᖔ依据碱基的插入 ᣰ
信息的空位ྉ᥈ᑕᡱɯ 按照插入缺失简单编码方法编 缺失ܦ替换得到 Ꭾ 种单倍型ྉ表 ࿗ɯᤥ
码ྉ刘杰ᖔԡϟϟɯᤥ ԣॹԣ 单倍型在草果和拟草果中的分布及其关系
ϟᤃϟ 序列变异与单倍型分布জ 利用 ାᔽᆍᔀʛᔽᡷ Ꭾԡጢ 软 ̀ϟ 分布最广ᖔ为普通单倍型ଫ̀ 和 ̀࿗ 的个
件分别将比对完成的 ሕ 个序列的两端切平ᖔ统计每 体数极少ᖔ为稀有单倍型ଫ̀ᤃ 仅分布于 ᣮ̀ 居群ᖔ
一序列长度ᤥ ᥘጶ᥈ዶ Ꭾԡϟ࿗ 软件确定 ሕ 个序列中碱 ̀࿗ܦ̀ጢܦ̀Ꭾ 分别分布于 ̀ᢃܦఋऊᢃܦɟ۪ᢃ 居群 ྉ 表
基 ᥈շऊ 含量ܦ特异变异位点ܦ矩阵中包含的碱基插 ጢɯᤥ ఋऊܦɟ۪ 居群各有 个单倍型ଫ综合观察ᖔ云南
入ᣰ 缺失情况ᤥ 利用 ᧕Ⴟᑕ୩۪ ᤃϟԡԡϟ 分别计算 ሕ 个序 麻栗坡ྉఋऊܦᥘᓂܦఋऊᢃɯ 检测到 ࿗ 种单倍型ᖔ为单倍
列核苷酸多态性ྉႿࣼዹᔀᆍᡷᔽʛᔀ ʛᔽᔀʢ༁ᔽᡷᢃᖔ ûɯܦ单倍型多 型类型最丰富 的 地 区ᖔ 其次是西畴 ྉ è᧕ϟܦ è᧕ܦ
样性ྉ ၤᑕᡱᆍᡷᢃᡱᔀ ʛᔽᔀʢ༁ᔽᡷᢃᖔ̵ ɯ ྉ શᔀᔽ ᪲ ఋᑕᢼᔽቝᑕᖔϟँऐϟଫ è᧕ᢃɯܦ屏边ྉɟ۪ܦɟ۪ᢃɯܦ那坡ྉᣮ̀ܦା୩ᢃɯᖔ均有 ሕ 种
ʐ
ାᆍʢᆍऔ༁Ҵᢃᖔԡԡϟɯᖔ以及单倍型在居群中的分布ᤥ 单倍型ྉ表 ϟᖔ表 ጢᖔ图 ϟɯᤥ 云南麻栗坡ܦ西畴ܦ屏边
