Page 43 - 《广西植物》2021年第4期
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࿗ 期 解 盛 等 ᧥ 罗布麻 ࣷᓣዛ 基因家族的生物信息学分析 ጢ ጢ
Ⴟᡱ༁ᑕᡸ༁ᔀዹዹᆍႿ༁ ၤᡷቝɯ 分析 ዶऊᔀ༁ዶ 蛋白二级结构ᤥ 序列通过 ऊࣼ༁ᡷᑕ ᣮ 进行蛋白序列比对ᖔ并通过邻
同 时利用 ୩ᔽ੫Ⴟᑕ۪᥋ጢ ԡ ୩ᔀʢᔀʢ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ዹᤦ༁ 接法ྉશᔀᔽ੫ၤᤦᆍࣼʢ᥋ȮᆍᔽႿᔽႿ੫ᖔશȮɯ 在 ᥘጶ᥈ዶ᥋ᣮྉ ࣼቝᑕʢ ᔀᡷ
ʛᡷࣼʛҴ ᣰ ༁ᔀʢᔽዹᔀ༁ᣰ ୩ᔽ੫Ⴟᑕ۪ ᣰ ɯ对罗布麻 ऊᔀ༁ዶ 蛋白进行 ᑕᖔ ԡϟऐɯ 中构建 ऊᔀ༁ዶ 基因家族系统进化树ᖔ自
展值ྉାᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱɯ 设定为 ϟ ԡԡԡᖔ其他参数为系统默
信号肽分析ᤥ 应用在线工具 ۪ʢᆍᡷऊᆍቝᡱ ᔀʢ༁ᔽᆍႿ ँԡ
ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ᔽႿࣼϟ ༁ᆍᡷᤦᔀʢʢᢃ ዹᆍቝ ᣰ ᤦᔀʢʢᢃ ᡱၤᡷቝᥳ ੫ʢᆍࣼᡱ ᢉ 认值ᤥ 使用 ጶᆍᔽᔀऔ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ ᔀᆍ੫ᔀႿᔽࣼ༁ ᔽႿᆍ ᣰ ᣰ
ᡱʢᆍ੫ʢᑕቝ༁᪲༁ࣼᤦ੫ʢᆍࣼᡱ ᢉ ᡱʢᆍᆍዹ᪲ᡷᆍᡱᔽዹ ᢉ ᡱʢᆍᡷዹᆍቝᡱᡱɯ 对 ᔀᆍᔽᔀऔ᥋ ᣰ ᖛᆍ੫ᔽႿɯ工具展示系统进化树ᤥ
罗布麻 ऊᔀ༁ዶ 蛋白进行亚细胞定位分析ᤥ ϓॹ࣮ 罗布麻 ࣷᓣዛ 基因家族成员顺式作用元件分析
ϓॹᣤ 罗布麻 ࣷᓣዛ 基因家族成员蛋白跨膜螺旋与三 利用 ఋାᡷᆍᆍ༁ 软件 ྉ ऊၤᔀႿ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟऐɯ 获得
级结构预测 ࣷᓣዛ 基因上游 ϟ ጢԡԡ ᤦᡱ 序列ᖔ 利用在线网站
利用 ఋᥘ̀ᥘᥘ ୩ᔀʢᔀʢ ԡ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ۪ᑕႿᡷऊዶጶ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ᤦᔽᆍᔽႿᆍʢቝᑕᡷᔽዹ༁ ᡱ༁ᤦ ࣼ੫ᔀႿᡷ ᤦᔀ ᣰ
ዹᤦ༁ʛᡷࣼʛҴ ᣰ ༁ᔀʢᔽዹᔀ༁ᣰ ఋᥘ̀ᥘᥘ ᣰ ɯ工具对罗布麻 ऊᔀ༁ዶ औᔀᤦᡷᆍᆍ༁ᣰ ᡱᑕႿᡷዹᑕʢᔀ ᣰ ၤᡷቝᣰ ɯ对获得的基因上游序列
蛋白跨膜螺旋进行预测ᤥ 利用 ۪ၤᢃʢᔀ ྉ ᔀᔀᢃ ᔀᡷ 进行预测ᖔ利用在线工具 ᥈୩᧕୩ 进行绘图展示ᖔ并
ᑕᖔ ԡϟጢɯ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ༁ᤦ੫ ᤦᔽᆍ ᔽዹ ᑕዹ ࣼҴ ᣰ ᡱၤᢃʢᔀ ᣰ 对主要的顺势作用元件进行探讨ᤥ
ၤᡷቝᣰ ᡱᑕ੫ᔀዹ੫ᔽᥳ ᔽʛ ᢉ ᔽႿʛᔀɯ对罗布麻 ऊᔀ༁ዶ 蛋白进行
জ 结果与分析
三级结构预测ᖔ并通过 Ȯቝᆍ 进行展示ᤥ
ϓॹ᎒ 罗布麻 ࣷᓣዛ 基因家族成员共线性与进化选择
压力分析 ԣॹϓ 罗布麻 ࣷᓣዛ 基因家族成员的鉴定
利用 ᥘऊ୩ዹᑕႿᣮ 软件对罗布麻 ࣷᓣዛ 基因家族与 从罗布麻全基因组中共筛选到 ሕጢ 个拟南芥
双子叶模式生物拟南芥和单子叶模式生物水稻进行 ऊᔀ༁ዶ 的同源蛋白序列ᖔ将筛选结果输入到 ۪ᑕቝ 数
共线性分析ᤥ 通过 ାᓂዶ୩ఋ 建库和 ᑕ༁ᡸ ऊᑕዹࣼᑕᡷᆍʢ 据库与 ୩ᥘዶఋ 数据库进行比对ᖔ删除 ऊᔀࣼᆍ༁ᔀ᥋
ԡྉۼᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟԡɯ对罗布麻 ࣷᓣዛ 基因核苷酸的 ༁ᢃႿᡷ 保守结构域缺失的序列ᖔ最终获得 ϟጢ 条罗布
非同义替换率ྉᣞᐹɯ与同义替换率ྉᣞɯ进行计算ᖔ获 麻 ऊᔀ༁ዶ 序列ᖔ依次命名为 ዶऊᔀ༁ዶϟܦዶऊᔀ༁ዶҭҭ
取基因的 ᣞᐹᣑ ᣞ 比率ᖔ进行选择压力分析ᤥ ዶऊᔀ༁ዶϟጢᤥ
ϓॹࣽ 罗布麻 ࣷᓣዛ 基因家族成员系统进化分析 ԣॹԣ 罗布麻 ࣷᓣዛ 基因家族成员染色体定位与基因
将检索得到的拟南芥ྉ ዛʗᐹᤇᔠʐᅳᡓᔠ ᡙ၊ᐹᤀᔠᐹႥᐹɯܦ 复制分析
亚麻ྉ ᒦᔠႥࣩቂ ࣩᔠᡙᐹᡙᔠᔠቂࣩቂɯܦ水稻ྉ ᧣ʗᡥऊᐹ ᐹᡙᔠצᐹɯ 与 根据 ࣷᓣዛ 基因染色体定位分析ᖔϟጢ 条 ࣷᓣዛ 基
罗布麻ྉዛᡓᅳዞᡥႥࣩቂ צᓣႥᓣᡙࣩቂɯ 的 ऊᔀ༁ዶ 蛋白的氨基酸
因不均匀地分布在 ऐ 条染色体上ྉ图 ϟɯᤥ 其中ᖔϟϟ
图 ϟজ 罗布麻 ࣷᓣዛ 基因在染色体上的位置
èᔽ੫ ϟজ ۪ᆍ༁ᔽᡷᔽᆍႿ ᆍ ࣷᓣዛ ੫ᔀႿᔀ ᆍႿ ዹၤʢᆍቝᆍ༁ᆍቝᔀ ᔽႿ ዛᡓᅳዞᡥႥࣩቂ צᓣႥᓣᡙࣩቂ
