Page 55 - 《广西植物》2021年第4期

࿗ 期 毕 艳 等 ᧥ 太子参谷胱甘肽᥋୩᥋转移酶基因家族生物信息学及表达分析 ጢ ሕ Ꭾ
因编 码蛋白的氨基酸残基长度 ྉᑕᑕɯܦ 分子量
ϟজ 材料与方法 ྉ᧕ᑕɯܦ等电点ྉᡱ᧧ɯ等基本性质进行分析ᤥ
ϓॹᇺ 系统发育树的构建和保守基序分析
ϓॹϓ 构建太子参转录组数据库 运用 ᥘጶ᥈ዶᎮ঎ԡྉ ቝᆍ᤟ᔀዹࣼ᤟ᑕʢ ᔀ׹ᆍ᤟ࣼᡷᔽᆍႿᑕʢᢃ ੫ᔀႿᔀᡷᔽዹ༁
课题组前期通过 ᧧᤟᤟ࣼቝᔽႿᑕ 测序平台对太子参 ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᡱʢᆍ੫ʢᑕቝɯ对鉴定出的太子参 ᥈୩ఋ 蛋白序列

根ܦ茎ܦ叶ܦ花等组织的 ኏શዶ 进行测序ᖔ并将其组 进 行比对分 析ᖔ 使用邻接法 ྉ Ⴟᔀᔽ੫ၤᤦᆍࣼʢ᥋ᢼᆍᔽႿᔽႿ੫
装成有ϟ԰Ꭾ ሕሕ࿗个太子参高质量转录本的转录组数 ቝᔀᡷၤᆍʛᖔશȮɯྉ其中 ାᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ 分析进行了ϟ ԡԡԡ次重
据库ྉȮࣼႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟᤃɯᖔ命名为 ᧕ାϟᤥ ԰ԡϟऐ 年 ࿗ 月 复ɯ 构 建 系统发育树ᤥ 使用在线软件 ᥘጶᥘጶ
下旬ᖔ于贵州省黄平县太子参种植基地采集太子 ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ቝᔀቝᔀ᥋༁ࣼᔽᡷᔀ঎ᆍʢ੫ ᣰ ɯ 对太子参 ᤩ୒௴ 基因的保
参苗ᖔ单株移栽至花盆中ᤥ 土壤配方为᧥჆ྉ 基地自 守基序进行分析ᖔ保守基序数目设置为 ϟԡᖔ其他参

然土壤ɯᨒ ჆ྉ营养土ɯᨒ ჆ྉ 蛭石ɯᨒ ჆ྉ 珍珠岩ɯ ᢉ
数设置为默认值ᤥ
ሕᨒ ሕᨒ ϟᨒ ϟᖔ花盆外径 ԰ሕ঎ጢ ዹቝᖔ移栽后正常浇水ᖔ
ϓॹ྽ ۗ၊ᤩ୒௴ 蛋白保守域序列分析
待太子参长至块根快速膨大期ྉᤃᗵᎮ 月ɯ 开始处
运用 ᧕શዶᥘዶશ ጢ঎ ԡ 和 ۼᔀᤦᓂᆍ੫ᆍ ሕ 软件分析
理ᤥ 选择长势一致的太子参种苗 ሕሕ 株ᖔ分为 ሕԡᠮ
۪ၤ᥈୩ఋ 蛋 白 的保守序列ଫ 利用 ୩ۼ᧧୩୩᥋ᥘᨃ᧕ጶᓂ 对
ྉʛʢᆍࣼ੫ၤᡷ ༁ᡷʢᔀ༁༁ᖔ ᧕୩ɯ 和 ϟԡԡᠮ ྉ औᑕᡷᔀʢ᤟ᆍ੫੫ᔽႿ੫ ༁ᡷʢᔀ༁༁ᖔ
۪ၤ᥈୩ఋ 蛋白保守域的 ሕ᧕ 结构进行 模 型 匹 配ᖔ
ۼ୩ɯ 的土壤水分 ԰ 个处理组和 ᤃԡᠮ 土壤水分
༁औᔽ༁༁᥋ᡱʛᤦ׹ᔽᔀऔᔀʢ ࿗঎ϟԡ 软件将 ሕ᧕ 结构可视化ᤥ
ྉऊᆍႿᡷʢᆍ᤟ɯ的对照组ᖔ又将 ሕԡᠮ 和 ϟԡԡᠮ 处理组各
ϓॹጇ ۗ၊ᤩ୒௴ 基因在不同组织中的表达模式分析
分为 ጢ 个小组ᖔ每组 ሕ 株ᖔ处理时间分别为 ϟጲϟጢ
提取 ᧕ାϟ 数据库中 ۗ၊ᤩ୒௴ 基因序列在根ܦ茎ܦ
ʛܦϟᤃ ጲ ሕԡ ʛܦሕϟ ጲ ࿗ጢ ʛܦ࿗ᤃ ጲ ᤃԡ ʛܦϟ ጲ ᤃԡ ʛᤥ 处理 ᤃԡ
叶ܦ花等不同组织中的 è۪᣽ᥘ 值ᖔ运用 ఋାᡷᆍᆍ᤟༁ 软件
ʛ 后单株采挖太子参ᖔ分离地上与地下部分ᖔ以流
进行聚类分析ᖔ所有数据均通过 ᤟ᆍ੫ 变换进行调
水将块根洗净后ᖔ置液氮中速冻 ጢቝᔽႿᖔͱऐԡ ቩ 保
整ᖔ选择层次聚类分析作为计算方法ᖔ完全连锁作
存用于转录组测序ᤥ 利用 ᧧᤟᤟ࣼቝᔽႿᑕ 二代测序技术
为聚类方法ᤥ
对不同水分胁迫处理后的太子参块根进行转录组
ϓॹᣤ 不同水分胁迫下 ۗ၊ᤩ୒௴ 基因在根中表达模式
测序ᖔ获得 ϟ 个含有԰ጢऐ ࿗԰Ꭾ个转录本的太子参水
分析
分胁迫转录组数据库ᖔ命名为 ᧕ା԰ᤥ
ϓॹԣ ۗ၊ᤩ୒௴ 基因的筛选及基本信息分析 通过本地 ାᓂዶ୩ఋ 在 ᧕ା԰ 数据库中比对在 ᧕ାϟ
数据库中检索到的 ۗ၊ᤩ୒௴ 基因序列ᖔ选择相似度
运用 ۪èዶᥘྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ᡱ஦ᑕቝ঎଴஦ᑕቝ঎ᆍʢ੫ɯ 在线软件ᖔ
为 ϟԡԡᠮ的转录本ᖔ提取 ۗ၊ᤩ୒௴ 基因序列在不同水
以 ᥈୩ఋ 为关键词进行检索ᖔ下载 ᥈୩ఋ 结构域蛋白
分胁迫处理下的 è۪᣽ᥘ 值ᖔ利用 ఋାᡷᆍᆍ᤟༁ 软件进行
序列ᖔ用该结构域 ̀ᥘᥘ 文件ᖔ使用 ̀ᥘᥘጶ኏ሕ঎ԡ 软
件ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ၤቝቝᔀʢ঎ᢼᑕႿᔀ᤟ᔽᑕ঎ᆍʢ੫ ᣰ ɯ对 ᧕ାϟ 数据库中注 聚类分析ᖔ所有数据均通过 ᤟ᆍ੫ 变换进行调整ᖔ选
释基因序列进行 ᤩ୒௴ 基因的比对搜索ᖔ筛选出具 择层次聚类分析作为计算方法ᖔ完全连锁作为聚
类方法ᤥ
备 ᥈୩ఋ 保守域的 ᤩ୒௴ 基因序列ଫ通过 ᨃ኏è èᔽႿʛᔀʢ
ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ঎Ⴟዹᤦᔽ঎Ⴟ᤟ቝ঎Ⴟᔽၤ঎੫ᆍ׹ ᣰ ੫ᆍʢ஦ᣰ ੫ᆍʢ஦঎ၤᡷቝ᤟ɯ 软件 ϓॹ᎒ 不同水分胁迫下太子参次生代谢产物的积累
对候选 ᤩ୒௴ 基因进行 ᨃ኏è 预测分析ᖔ筛选出具有 参考 闫亮等 ྉ ԰ԡԡጢɯܦ 康传志等 ྉ ԰ԡϟᤃɯ 的方
法ᖔ分别测定粗多糖ܦ总皂苷ܦ太子参环肽 ̀ା 的
完整 的 ᨃ኏è 区 的太子参 ᤩ୒௴ 基因ଫ 用 ऊ᧕᧕
ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ঎ Ⴟዹᤦᔽ঎ Ⴟ᤟ቝ঎ Ⴟᔽၤ঎ ੫ᆍ׹ ᣰ ୩ᡷʢࣼዹᡷࣼʢᔀ ᣰ ዹʛʛ ᣰ 含量ᤥ
ʛᆍዹ༁ᣰ ዹʛʛᡸ༁ᔀᑕʢዹၤ঎ၤᡷቝ᤟ɯ软件对筛选出的候选基因是 ϓॹࣽ ۗ၊ᤩ୒௴໧ 基因的表达量与太子参次生代谢产物
否具有 ᥈୩ఋ 保守结构域进一步确认ᤥ 含量的相关性分析
运用 ጶ଴۪ዶ୩ᢃ᥋۪ʢᆍᡷ۪ᑕʢᑕቝ ᡷᆍᆍ᤟ 在线分析工 具 利用 ᥈ʢᑕᡱၤ۪ᑕʛ ۪ʢᔽ༁ቝ ऐ 对 ۗ၊ᤩ୒௴໧ 基因的表达
ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औᔀᤦ঎ᔀ଴ᡱᑕ༁ᢃ঎ᆍʢ੫ ᣰ ᡱʢᆍᡷᡱᑕʢᑕቝ ᣰ ɯ对所得 ᤩ୒௴ 基 量与太子参次生代谢产物含量进行相关性分析ᤥ