Page 147 - 《广西植物》2022年第8期
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ϟ ሕ ँ ᤃ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ 卷
信息数据库ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ʛᤦ Ҵᔽᤦ ᑕዹ ዹႿ ᣰ ɯᤥ 叶片使用无 花玉兰ྉ ɔࣩᤀᐹႥᔠᐹ ᡙᓣᤀᤀᐹᡙᐹᖔ શऊᡸԡሕँँ࿗ϟɯܦ望春玉兰
菌水擦拭干净ᖔ迅速冻存备用ᤥ 凭证标本ྉ 馆藏序 ྉɔॹ ᤇᔠᅳႥʐᔠᔠᖔ ɟԡऐጢऐँ࿗ɯܦ武当玉兰 ྉ ɔॹ ᡓʗᓣႥᓣʗᔠᖔ
列号为 Իɟऊϟँԡँϟԡɯ 保存于成都中医药大学中医 Ȯᣮऐԡ࿗ԡϟɯܦ 玉灯玉兰 ྉ ɔॹ ʐᓣႥࣩʐᐹᡙᐹ ጸᓂᑕቝᡱ ᆥᖔ
药传统文化博物馆ᤥ ȮશᎮᎮ࿗ԡɯܦ宝华玉兰ྉ ɔॹ ऊᓣႥᔠᔠᖔ ᥘ̀ᤃԡᎮሕᎮऐɯܦ紫玉
叶绿体提取步骤如下᧥新鲜叶片于液氮中研 兰ྉ ɔॹ ᤀᔠᤀᔠᔠஏᤀᅳʗᐹᖔ ȮᣮऐԡሕँᎮ ɯܦ 天女木兰 ྉ ᧣ᡥᐹቂᐹ
᥋ϟ ᔠᓣᤇᅳᤀʐᔠᔠᖔ શऊ ᡸ ԡ࿗ϟ࿗ሕጢ ɯܦ 云 南 拟单性木兰
磨后 悬于一定量 ዶ 液 ྉጢԡ ቝቝᆍ ኼ ᓂ ఋʢᔽ༁ᖔ ጢ
᥋ϟ ᥋ϟ ྉ ۗᐹʗᐹҧቂᓣʗᔠᐹ ᡥࣩႥႥᐹႥᓣႥᔠᖔ èᎮጢሕᤃሕऐ ɯܦ 鹅掌楸
ቝቝᆍኼᓂ ጶ᧕ఋዶᖔϟጢ ቝᆍኼᓂ શᑕऊᖔԡጢ ቝቝᆍኼ
᥋ϟ
ᓂ ዹᖔϟጢᠮ ۪۪ᖔᡱ̀ ሕᤃɯ 中ᖔ࿗ 层纱布过滤ᖔ࿗ ቩ ྉᒦᔠʗᔠᅳʐᓣႥʐʗᅳႥ ዞ၊ᔠႥᓣႥᓣᖔ શऊᡸԡሕԡጢԡ࿗ɯܦ北美鹅掌楸
下 ԡԡ 离心 ԡ ቝᔽႿᖔ取上清ᖔ加入常温缓冲液 ା ྉᒦॹ ᡙࣩᤀᔠᡓᔠஏᓣʗᐹᖔ શऊᡸԡԡऐሕᤃɯ 共 ϟϟ 种木兰科植物的
᥋ϟ ᥋ϟ
ྉጢԡ ቝቝᆍ ኼ ᓂ ఋʢᔽ༁ᖔ ጢ ቝቝᆍ ኼ ᓂ ጶ᧕ఋዶᖔ ϟ ጢ 叶绿体基因组数据ᖔ其中包括 种鹅掌楸属植物
᥋ϟ ᥋ϟ ᥋ϟ
ቝᆍኼ ᓂ શᑕऊᖔ ԡ ጢ ቝቝᆍ ኼ ᓂ ዹᖔ ϟ ቝቝᆍ ኼ ᓂ 和其他 ँ 种木兰科植物ᤥ 利用 ᥘጶ᥈ዶ ᣮ 软件ᖔ基
᧕ఋఋᖔԡϟᠮ 牛血清蛋白 ା୩ዶᖔᡱ̀ ऐԡɯᖔ常温静置ᖔ 于邻接法ྉશȮ 法ɯ 构建日本厚朴在内的 ϟ࿗ 种木兰
࿗ቩ 下 ԡԡԡ 离心 ϟԡ ቝᔽႿᖔ弃上清ᖔ叶绿体沉淀于 科植物的系统发育树ᖔ观察并分析它们之间的亲
࿗ቩ 保存备用ᤥ 缘关系ྉɟᑕႿ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟጢɯᤥ
ϓॹԣ 叶绿体基因组提取和测序
针 对 叶 绿 体材料ᖔ 采用改良的 ऊఋዶା 法 জ 结果与分析
ྉᥘᑕᡷᡷၤᔀ༁ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡɯ分离提取 ᧕શዶᤥ ᧕શዶ 经检测
合格后ᖔ先用超声波机械打断ᖔ再进行片段纯化ܦ末 ԣॹϓ 叶绿体基因组信息
端修复ܦሕࣕ端加 ዶܦ连接测序接头ᖔ进行 ۪ऊ 扩增形 通过 ᧧ࣼቝᔽႿᑕ ̀ᔽ୩ᔀी 高通量测序平台测序共获
成测序文库ᖔ 最后使用高通量测序平台 ᧧ࣼቝᔽႿᑕ 得日本厚朴叶绿体 ϟँ ऐϟᤃ Ꭾԡऐ 条原始数据ᖔ移除
̀ᔽ୩ᔀी ۪ጶϟጢԡ 进行测序ᤥ 测序得到的原始测序序列 接 头和低质量的 ᔀᑕʛ༁ᖔ 共获得 ऊᔀᑕႿ ᔀᑕʛ༁
ྉᑕऔ ᔀᑕʛ༁ɯᖔ里面含有带接头的ܦ低质量的 ᔀᑕʛ༁ᖔ ϟँ Ꭾँϟ ԡϟँ条ᖔ͐ሕԡ 为 ँϟሕሕᠮᤥ 通过在线组装发
为了保证信息分析质量ᖔ对 ᑕऔ ᔀᑕʛ༁ 进行过滤ܦ质 现日本厚朴全长 ϟᤃԡ ԡጢϟ ᤦᡱᖔ符合目前已知的木兰
控ᖔ得到 ऊᔀᑕႿ ᔀᑕʛ༁ᖔ用于后续信息分析ᤥ 数据过 类植物叶绿体基因组大小范围ྉϟጢँ ࿗ँ ጲ ϟᤃԡ ϟऐሕ
滤的主要步骤如下᧥ྉϟɯ去除带接头的 ᔀᑕʛ༁ଫྉɯ过 ᤦᡱɯᖔ厚朴叶绿体拥有目前已知木兰类植物的最大
滤 શ 含量超过 ϟԡᠮ的 ᔀᑕʛ༁ଫྉሕɯ 去除质量值低于 基因组ྉϟᤃԡ ϟऐሕ ᤦᡱɯᖔ而凹叶厚朴的叶绿体基因组
ϟԡ 的碱基超过 ጢԡᠮ的 ᔀᑕʛ༁ᤥ 对过滤后的高质量数 为 ϟᤃԡ ԡँँ ᤦᡱᤥ
据随机抽取 ԡԡԡ 条 ᔀᑕʛ༁ 数据ᖔ通过 ାᓂዶ୩ఋ 软件 三种厚朴叶绿体基因均具有典型的四分区域
比对 શఋ 库检测样品是否受到污染ᤥ 结构ᖔ其中 ᓂ୩ऊ 分别为 ऐऐ ϟԡ ᤦᡱྉ厚朴ɯܦऐऐ ϟ࿗ጢ ᤦᡱ
ϓॹᇺ 叶绿体基因组的组装和注释 ྉ凹叶厚朴ɯ 和 ऐऐ ϟጢᤃ ᤦᡱྉ日本厚朴ɯᖔ୩୩ऊ 分别为
原始序列上传于国家生 物信息中心数据库 ϟऐ ऐ࿗ሕܦϟऐ ऐሕ 和 ϟऐ ᎮᎮϟ ᤦᡱᖔ 段反向互补重复的 ᧧
ྉ序列号 ۪Ȯऊዶԡԡ࿗ሕ࿗ऐɯᤥ 先利用 ᥈ᑕᑕᢃ 在线 平 区ྉ᧧ዶ 和 ᧧ାɯ分别为 ᤃ ጢᤃጢܦᤃ ጢᤃᤃ 和ᤃ ጢᤃ ᤦᡱᤥ
台ྉၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ ࣼ༁ᔀ੫ᑕᑕᢃᆍʢ੫ɯ 对日本厚朴叶绿体基因 三种厚朴 ᧧ܦᓂ୩ऊ 和 ୩୩ऊ 区域的 ᥈ऊ 值存在一定的
组测序结果进行组装ྉ ɟᑕႿ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟጢɯᖔ且下载 差异ᖔ其中 ᥈ऊ 含量最高的区域都为 ᧧ 区ᖔ分别为
厚朴 ྉ ᤹ ᅳஏஏᔠዞᔠႥᐹᤀᔠᖔ શऊ ᡸ ԡԡሕϟᤃ ɯ 和凹叶厚朴 ࿗ሕᠮܦ࿗ሕϟᠮ和 ࿗ሕᠮᖔᓂ୩ऊ 区次之ᖔ均为 ሕᎮँᠮᖔ而
ྉ᤹ॹ ᅳஏஏᔠዞᔠႥᐹᤀᔠ ༁ࣼᤦ༁ᡱॹ ᤇᔠᤀᅳᤇᐹᖔ ȮશऐᤃᎮጢऐϟɯ 的叶绿体 ୩୩ऊ 区域的 ᥈ऊ 值最小ᖔ仅分别为 ሕ࿗ᠮܦሕ࿗ሕᠮ和
基因组 èዶ୩ఋዶ 文件ᖔ合并后作为日本厚朴的参考 ሕ࿗ሕᠮᤥ 与其他物种叶绿体基因组相似的是ᖔ三种
基因文件ᤥ 再通过 ऊ۪᥈ዶዶ୩ 在线平台ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ 厚朴的 ᡥዞஏϟ 也跨越了 ୩୩ऊ 和 ᧧ዶ 区ᖔ其中位于 ᧧ዶ
औऔऔၤᔀʢᤦᑕ੫ᔀႿᆍቝᔽዹ༁ᆍʢ੫ ᣰ ዹᡱ੫ᑕᑕ༁ɯ 完成厚朴ܦ凹叶 区域长度均为 ϟ Ꭾँ ᤦᡱᖔ厚朴ܦ凹叶厚朴位于 ୩୩ऊ 区
厚朴ܦ日本厚朴叶绿体基因组的注释ᤥ 域长度为࿗ ሕϟϟ ᤦᡱᖔ比日本厚朴长 ጢϟ ᤦᡱᤥ 除此之
ϓॹ 聚类分析 外ᖔ日本厚朴特有的 ᡥዞஏϟ 基因还跨越了 ୩୩ऊ 和 ᧧ା
除厚朴ܦ凹叶厚朴外ᖔ又于 શऊା᧧ 数据库中下 区ᖔ其序列长度分别为 ँܦϟ Ꭾँ ᤦᡱᤥ
载荷花玉兰ྉ ᤹ᐹႥᅳᤀᔠᐹ ʗᐹႥʐᔠஏᤀᅳʗᐹᖔ ȮશऐᤃᎮጢऐ࿗ɯܦ星 通过基因组结构比较ᖔ发现三种厚朴叶绿体
