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| 藜科植物Grayia spinosa是美国西部地区的特有种,多生长在干旱盐碱地,具有重要的生态价值。该研究测定了采自美国西部犹他州G. spinosa 的nrDNA ITS序列,与GenBank中已提交的G. spinosa 的所有ITS序列以及G. spinosa的四个近缘种作为外类群进行比较,分析了美国西部不同地区G. spinosa ITS序列的一级结构与其RNA二级结构的变异规律。结果表明:所有G. spinosa样品的nrDNA ITS序列长度在611～623 bp之间,GC含量在60.35%～61.0%之间,序列间共存在22个变异位点,5个为简约信息位点。各样品间的遗传距离在0.001 8～0.008 9之间,不同样品间的遗传距离与地理距离的相关性不显著。邻接法构建的系统发育树显示所有G. spinosa聚为一大支,与外类群形成明显分支。此外,利用RNAfold在线软件预测了G. spinosa ITS序列的RNA二级结构,将8个G. spinosa 样品的RNA二级结构根据构型差异大体上分为四类,分别记为type A, B, C和D四类,主要变异出现在ITS1和ITS2区。所不同的是在G. spinosa ITS的一级结构分析中GSNE1与GSWA8体现出更近的亲缘关系,但二者的RNA二级结构差异明显,同时GSNE2、GSUT3、GSUT4、GSCA5、GSCA6、GSCO7在ITS序列一级结构分析中也体现出较近的亲缘关系,但是他们的RNA二级结构差异明显。这可能与ITS序列的RNA二级结构在进化中体现出更大的保守性有关。 |
| 关键词: Grayia spinosa, ITS 序列变异, 二级结构, 藜科 |
| DOI：10.11931/guihaia.gxzw201711036 |
| 分类号:Q949.745.1 |
| 文章编号:1000-3142(2018)05-0617-09 |
| Fund project:国家自然科学基金(31260054)[Supported by the National Natural Science Foundation of China(31260054)]。 |
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| nrDNA ITS sequence analysis of Grayia spinosa(Chenopodiaceae)from different regions in the Western United States |
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CHENG Caixia, SU Xue*, GAO Ting, ZHOU Xuan
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College of Life Sciences, Northwest Normal University, Lanzhou 730070, China
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| Abstract: |
| University of Traditional Chinese Medicine, Chengdu 611137, China |
| Key words: Grayia spinosa, ITS sequence variation, secondary structure, Chenopodiaceae |
