Page 69 - 《广西植物》2022年第10期
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10 期 焦贝贝等: 基于 Ks 分布的被子植物演化的时间尺度研究 1 6 8 7
表 1 研究所用的 44 个被子植物及基因组数据来源
Table 1 List of the 44 angiosperms involved and the genome data sources
物种 目 科 数据来源
Species Order Family Data source
无油樟 无油樟目 无油樟科 https: / / ftp. ncbi. nlm. nih. gov / genomes/ all/ GCF / 000 / 471 / 905 /
Amborella trichopoda Amborellales Amborellaceae GCF_000471905.2_AMTR1.0 /
蓝星睡莲 睡莲目 睡莲科 https: / / phytozome ̄next.jgi.doe.gov / info / Ncolorata_v1_2
Nymphaea colorata Nymphaeales Nymphaeaceae
鹅掌楸 木兰目 木兰科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / 45466
Liriodendron chinense Magnoliales Magnoliaceae
牛樟 樟目 樟科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / 57158
Cinnamomum kanehirae Laurales Lauraceae
卷毛马兜铃 胡椒目 马兜铃科 https: / / ngdc.cncb.ac.cn / search / ? dbId = gwh&q =
Aristolochia fimbriata Piperales Aristolochiaceae Aristolochia&page = 1
柳叶蜡梅 樟目 蜡梅科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / 82066? genome_
Chimonanthus salicifolius Laurales Calycanthaceae assembly_id = 1651656
紫萍 泽泻目 天南星科 https: / / data.jgi.doe.gov / refine ̄download / phytozome? organism =
Spirodela polyrhiza Alismatales Araceae Spolyrhiza&expanded = 290
水稻 禾本目 禾本科 https: / / phytozome ̄next.jgi.doe.gov / info / Osativa_v7_0
Oryza sativa Poales Poaceae
菠萝 禾本目 凤梨科 https: / / phytozome ̄next.jgi.doe.gov / info / Acomosus_v3
Ananas comosus Poales Bromeliaceae
椰子 棕榈目 棕榈科 The genome draft of coconut (Cocos nucifera)
Cocos nucifera Arecales Arecaceae
油棕 棕榈目 棕榈科 https: / / ftp.ncbi.nlm.nih.gov / genomes/ all/ GCF / 000 / 442 / 705 /
Elaeis guineensis Arecales Arecaceae
小果野蕉 姜目 芭蕉科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = HE813975%E2%
Musa acuminata Zingiberales Musaceae 80%93HE813985
鼓槌石斛 天门冬目 兰科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / 41833
Dendrobium chrysotoxum Asparagales Orchidaceae
文竹 天门冬目 天门冬科 https: / / datadryad.org / stash / dataset/ doi:10.5061 / dryad.
Asparagus setaceus Asparagales Asparagaceae 1c59zw3rm
金鱼藻 金鱼藻目 金鱼藻科 https: / / genomevolution.org / CoGe / GenomeInfo.pl? gid = 56569
Ceratophyllum demersum Ceratophyllales Ceratophyllaceae
莲 山龙眼目 莲科 https: / / ftp. ncbi. nlm. nih. gov / genomes/ all/ GCF / 000 / 365 / 185 /
Nelumbo nucifera Proteales Nelumbonaceae GCF_000365185.1_Chinese_Lotus_1.1 /
昆栏树 昆栏树目 昆栏树科 http: / / gigadb.org / dataset/ view / id / 100657 / File_page / 5
Trochodendron aralioides Trochodendrales Trochodendraceae
洛杉矶耧斗菜 毛茛目 毛茛科 https: / / data.jgi.doe.gov / refine ̄download / phytozome? organism =
Aquilegia coerulea Ranunculales Ranunculaceae Acoerulea&expanded = 322
油蜡树 石竹目 油蜡树科 https: / / ngdc.cncb.ac.cn / search / ? dbId = gwh&q =
Simmondsia chinensis Caryophyllales Simmondsiaceae GWHAASQ00000000
中华猕猴桃 杜鹃花目 猕猴桃科 ftp: / / www.whiteflygenomics.org / pub / kiwifruit/ A_chinensis/
Actinidia chinensis Ericales Actinidiaceae Red5 / v1.0 / Red5_genome_v1.0.fa.gz
杜鹃 杜鹃花目 杜鹃花科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome? LinkName = bioproject_
Rhododendron simsii Ericales Ericaceae genome&from_uid = 588298
油橄榄 唇形目 木樨科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Olea+europaea
Olea europaea Lamiales Oleaceae
大星牵牛 茄目 旋花科 https: / / datadryad.org / stash / dataset/ doi:10.5061 / dryad.b9m61cg
Ipomoea trifida Solanales Convolvulaceae
中粒咖啡 龙胆目 茜草科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Coffea+canephora
Coffea canephora Gentianales Rubiaceae