Page 70 - 《广西植物》2022年第10期
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1 6 8 8 广 西 植 物 42 卷
续表 1
物种 目 科 数据来源
Species Order Family Data source
红花 菊目 菊科 https: / / safflower.scuec.edu.cn / download.html
Carthamus tinctorius Asterales Asteraceae
芹菜 伞形目 伞形科 http: / / celerydb.bio2db.com
Apium graveolens Apiales Apiaceae
葡萄 葡萄目 葡萄科 http: / / www.grapegenomics.com / pages/ VvCabSauv / download.php
Vitis vinifera Vitales Vitaceae
野黄瓜 葫芦目 葫芦科 https: / / figshare.com / articles/ dataset/ Genome_assembly_of_
Cucumis hystrix Cucurbitales Cucurbitaceae Cucumis_hystrix / 13377671
菜豆 豆目 豆科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Phaseolus+
Phaseolus vulgaris Fabales Fabaceae vulgaris
雷公藤 卫矛目 卫矛科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / 12874
Tripterygium wilfordii Celastrales Celastraceae
苹果 蔷薇目 蔷薇科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Malus+domestica
Malus domestica Rosales Rosaceae
欧洲大叶杨 金虎尾目 杨柳科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Populus+
Populus trichocarpa Malpighiales Salicaceae trichocarpa
垂枝桦 壳斗目 桦木科 https: / / genomevolution.org / CoGe / GenomeInfo.pl? gid = 35080
Betula pendula Fagales Betulaceae
杨桃 酢浆草目 酢浆草科 https: / / ngdc.cncb.ac.cn / search / ? dbId = gwh&q =
Averrhoa carambola Oxalidales Oxalidaceae GWHABKE00000000
可可树 锦葵目 锦葵科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Theobroma+
Theobroma cacao Malvales Malvaceae cacao
大桉 桃金娘目 桃金娘科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Eucalyptus+
Eucalyptus grandis Myrtales Myrtaceae grandis
漾濞槭 无患子目 无患子科 http: / / gigadb.org / dataset/ 100610
Acer yangbiense Sapindales Sapindaceae
珙桐 山茱萸目 蓝果树科 https: / / ngdc.cncb.ac.cn / search / ? dbId = gwh&q =
Davidia involucrata Cornales Nyssaceae %20PRJCA001721&page = 1
伯乐树 十字花目 叠珠树科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = GCA_
Bretschneidera sinensis Brassicales Akaniaceae 018105755.1
连香树 虎耳草目 连香树科 https: / / doi.org / 10.1111 / nph.16798
Cercidiphyllum japonicum Saxifragales Cercidiphyllaceae
四川金粟兰 金粟兰目 金粟兰科 https: / / github.com / yongzhiyang2012 / Chloranthus ̄sessilifolius ̄
Chloranthus sessilifolius Chloranthales Chloranthaceae genome / tree / main / Annotation
参薯 薯蓣目 薯蓣科 https: / / phytozome ̄next.jgi.doe.gov / info / Dalata_v2_1
Dioscorea alata Dioscoreales Dioscoreaceae
芒苞草 露兜树目 翡若翠科 https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = PRJNA703828
Acanthochlamys bracteata Pandanales Velloziaceae
滇南黄杨 黄杨目 黄杨科 https: / / datadryad.org / stash / dataset/ doi:10.5061 / dryad.cjsxksn6d
Buxus austroyunnanensis Buxales Buxaceae
美符合正态分布且没有明显的长尾分布现象ꎮ 假设所得到的结果更接近于真实情况ꎬ因此基因
当假设 Ks 值的时间累积系数( v) 服从正态分 的进化速率不是相对恒定的ꎬ它可能并非等速进
布时ꎬ最初设置假设的 Ks 分布为 X ~ N(μ ꎬσ v 2 )ꎬ 行ꎬ而是在不同年代具有不同的进化速度ꎬ这可能
v
v
其中 μ = 0.2ꎬσ = 0.01ꎬμ = 1.02ꎬσ = 0.01ꎬn = 100ꎮ 符合正态分布ꎮ 对模拟的 Ks 分布通过高斯拟合
v
v
每迭代 10 次ꎬ绘制 Ks 分布结果( 图 2:B)ꎮ 随着 获取峰值时ꎬ发现 Ks 峰值与进化速率匀速时的没
进化事件的推移ꎬKs 峰值逐渐变大ꎬKs 分布不再 有明显差异(表 2)ꎮ 因此ꎬKs 分布中长尾现象对
是正态分布ꎬ并带有明显的长尾现象ꎮ 由于这种 提取到的 Ks 峰值的影响较小ꎮ