Page 88 - 《广西植物》2025年第12期

２ ２ ３ ０ 广 西 植 物 ４５ 卷
１.２ 构建系统发育树、多序列比对和共线性分析及 照强度为 １ ５００ μｍｏｌｍ ｓ ꎬ材料生长周期为 ６
￣１
￣２
蛋白互作预测 个月ꎬ对植物的花、茎、根、茎侧枝、叶柄、叶组织取
以拟南芥( Ａｒａｂｉｄｏｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ)、工业大麻和马 样后送测ꎬ每个组织或器官设置 ３ 个生物学重复ꎮ
铃薯 ( Ｓｏｌａｎｕｍ ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ) 的 ＷＯＸ 蛋 白 序 列 在 干旱胁迫处理下的工业大麻对钩状木霉的转录组
ＭＥＧＡ Ｘ 软件上ꎬ采用邻接法建树ꎬ使用默认参数 的相关表达矩阵从 ＮＣＢＩ 的 ＧＥＯ 数据库( ｈｔｔｐｓ: / /
(参数设置: 模型为 ｐ￣ｄｉｓｔａｎｃｅꎬ缺失数据方法为 ｗｗｗ. ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / ｇｅｏ / ) 下 载ꎬ 登 录 号 为
Ｐａｒｔｉａｌ ｄｅｌｅｔｉｏｎꎬ ｃｕｔｏｆｆ 为 ５０％ꎬ Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ 设 置 为 ＧＳＥ２６６９１６ꎬ该表达矩阵设置 ４ 个处理ꎬ分别为对

１ ０００)ꎬ 并 用 在 线 工 具 网 站 Ｅｖｏｌｖｉｅｗ ( ｈｔｔｐｓ: / / 照组、钩状木霉接种处理、干旱胁迫处理、干旱胁
ｗｗｗ. ｅｖｏｌｇｅｎｉｕｓ. ｉｎｆｏ / ｅｖｏｌｖｉｅｗ / ＃ / ) 进 行 进 化 树 美 迫和钩状木霉共处理ꎬ转录组取样部位为植物叶
化ꎮ 利用软件 ｊａｌｖｉｅｗｇ 进行保守结构域多序列比 片ꎬ每个处理设置 ３ 个生物学重复ꎬ转录组表达矩
对ꎬ并用 ＰＳ 软件对比对结果进行美化作图ꎮ 利用 阵使用 ＴＢｔｏｏｌｓ 语言工具软件对 ＣｓＷＯＸ 基因家族
ＴＢｔｏｏｌｓ 软件的“ Ｏｎｅ Ｓｔｅｐ ＭＣＳｃａｎＸ￣Ｓｕｐｅｒ Ｆａｓｔ” 等 在对不同部位的表达量进行 ｌｏｇ ＦＣ 函数计算与聚
２
功能对拟南芥、工业大麻和马铃薯的 ＷＯＸ 基因家 类分析ꎬ并将结果绘制表格与图片ꎮ
族进行物种间的共线性分析并作图ꎮ 利用 Ｓｔｒｉｎｇ
数据库(ｈｔｔｐｓ: / / ｃｎ.ｓｔｒｉｎｇ￣ｄｂ.ｏｒｇ / )并以拟南芥为参 ２ 结果与分析
考植物ꎬ将相关蛋白序列提交 Ｓｔｒｉｎｇ 数据库中进行
预测蛋白互作( 参数设置:最小置信度为 ０.４０ꎬ最 ２.１ 工业大麻 ＣｓＷＯＸ 基因家族理化性质预测
大蛋白预测数量为 １０)ꎮ 筛选得到的 １１ 个工业大麻 ＣｓＷＯＸ 基因家族
１.３ 基因家族蛋白保守基序、启动子元件预测 成员ꎬ新鉴定的工业大麻 ＣｓＷＯＸ 基因家族成员的
利用在线工具 ＭＥＭＥ (ｈｔｔｐｓ:/ / ｍｅｍｅ￣ｓｕｉｔｅ.ｏｒｇ / 命名参考系统发育邻接树和染色体位置( 表 １)ꎮ
ｍｅｍｅ / ｔｏｏｌｓ/ ｍｅｍｅ)分析蛋白的保守基序(保守基序 进一步分析其蛋白理化性质以及亚细胞位置ꎬ结
寻找数量为 １０)ꎬ使用 ＴＢｔｏｏｌｓ 工具软件进行可视化 果表明ꎬ工业大麻 ＷＯＸ 转录因子氨基酸数目分布
制图ꎮ 利用 ＴＢｔｏｏｌｓ 提取工业大麻 ＣｓＷＯＸ 基因的上 在 ２２３( ＣｓＷＯＸ１３ａ) 至 ４３５( ＣｓＷＯＸ９) ａａ 之间ꎻ相
游２ ０００ ｂｐ 区 域 的 启 动 子 序 列ꎬ 利 用 在 线 工 具 对分子质量分布在２５ ３９８.３０ Ｄａ ( ＣｓＷＯＸ１３ａ) 至
ＰｌａｎｔＣＡＲＥ ( ｈｔｔｐｓ:/ / ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ. ｐｓｂ. ｕｇｅｎｔ. ｂｅ / ４８ ４２９.４５ Ｄａ (ＣｓＷＯＸ９)之间ꎻ等电点分布在 ４.９７
ｗｅｂｔｏｏｌｓ/ ｐｌａｎｔｃａｒｅ / ｈｔｍｌ/ )来预测 ＣｓＷＯＸ 启动子区 (ＣｓＷＯＸ１３ａ)至 ９.３８( ＣｓＷＯＸ１) 之间ꎬ该基因家族
域的作用元件ꎬ在启动子图谱中标记和筛选数量排 蛋白多数呈酸性( ｐＩ<７)ꎬ其中 ６ 个酸性蛋白、５ 个
名前 ２５ 的结合位点ꎬ再采用 ＴＢｔｏｏｌｓ 可视化作图ꎮ 碱性蛋白ꎮ 多数蛋白定位于细胞核中( 表 １)ꎬ仅
１.４ ＣｓＷＯＸ 基因家族 ＧＯ 富集分析 有 ＣｓＷＯＸ６ 和 ＣｓＷＯＸ１２ 定位于细胞核外ꎬ表明该
利用 ＴＢｔｏｏｌｓ 软件对 ＣｓＷＯＸ 基因生物过程富 基因族主要定位于细胞核中行使功能ꎮ 这表明所
集分析ꎬ以 Ｐ 值小于 ０.０５ 作为显著性富集的阈值ꎬ 筛选得到的工业大麻 ＷＯＸ 转录因子成员蛋白理
选取最显著的 １０ 个 Ｔｅｒｍꎬ利用 Ｒ 语言程序对富集 化性质存在差异ꎮ

结果作图并美化输出富集气泡图ꎮ 利用 Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ ２.２ 多序列比对
软件的 Ｇｌｕｅｇｏ 插件对 ＣｓＷＯＸ 基因家族的所有 ＧＯ 根据现有报道的拟南芥 ＷＯＸ 转录因子成员
生物过程进行可视化ꎬ绘图参数设置:比对品种选 蛋白序列和工业大麻 ＷＯＸ 转录因子成员蛋白多

用为 工 业 大 麻ꎬ 启 用 ＧＯ 项 目 融 合 ( ＧＯ Ｔｅｒｍ 重序列对比结果( 图 １) 显示ꎬ工业大麻和拟南芥
Ｆｕｓｉｏｎ)ꎬ仅显示置信度大于 ９５％的节点ꎬ卡帕参数 ＷＯＸ 转录因子成员均含有由 ６１ 个或 ６２ 个氨基酸
(Ｋａｐｐａ Ｓｃｏｒｅ)设置为 ０.１２ꎬＧｏ Ｔｒｅｅ Ｉｎｔｅｒｖａｌ 设置在 残基构成的螺旋－环－螺旋－转角－螺旋( ｈｅｌｉｘ￣ｌｏｏｐ￣

３ 到 ５ 之间ꎮ ｈｅｌｉｘ￣ｔｕｒｎ￣ｈｅｌｉｘ)同源异型保守结构域ꎬ这表明该结
１.５ 工业大麻 ＣｓＷＯＸ 基因家族的转录组数据数据 构域对植物 ＷＯＸ 转录因子功能的完整性起着关
分析 键作用ꎮ 此外ꎬ该结构域包含了已报道的保守位
植物材料为纤维品种工业大麻扦插苗ꎬ品种 点(Ｍｕｋｈｅｒｊｅｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９)ꎬ螺旋 １ 中的 Ｑ８ 和 Ｌ１２
为‘云麻 ７ 号’ꎬ在温室中生长ꎬ光周期为 １６ / ８ꎬ光 位置ꎬ以及螺旋 ３ 中的 Ｖ４７、Ｗ５０、Ｆ５１、Ｑ５２ 位置ꎬ