Page 121 - 《广西植物）》2021年第1期

ϟ 期 张余等᧥ 利用 ᧕શዶ 片段测序方法探究枳属和富民枳的分类地位 ϟ ϟ Ꭾ

表 ԣই 引物序列信息
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ԰জ ᧧Ⴟ஦ᆍʢቝᑕᡷᔽᆍႿ ᆍ஦ ᡱʢᔽቝᔀʢ༁
片段长度 退火温度
引物名称 引物序列
୩ᔽझᔀ ዶႿႿᔀᑕ᤟ᔽႿ੫ ᡷᔀቝᡱᔀʢᑕᡷࣼʢᔀ
۪ʢᔽቝᔀʢ Ⴟᑕቝᔀ ୩ᔀीࣼᔀႿዹᔀ ᆍ஦ ᡱʢᔽቝᔀʢ
ྉᤦᡱɯ ྉቩ ɯ
ᡙʗႥᓂ᤬ᡙʗႥè Þ᧥ ऊ᥈ዶዶዶఋऊ᥈᥈ఋዶ᥈ዶऊ᥈ऊዶऊ᥈ ँ࿗ऐ ጢᎮ
ቴ᧥ ዶఋఋ᥈ዶዶऊఋ᥈᥈ఋ᥈ዶऊዶऊ᥈ዶ᥈
ᡙʗႥ୩᥋ᡙʗႥ᥈ Þ᧥ ᥈ዶዶऊ᥈ዶዶఋऊዶऊዶऊఋఋఋఋዶऊऊዶऊ ऐԡᤃ ጢँ
ቴ᧥ ᥈ऊऊ᥈ऊఋఋఋዶ᥈ఋऊऊዶऊఋऊዶ᥈ऊ
ʗᤇዞᓂ Þ᧥ ዶఋ᥈ఋऊዶऊऊዶऊዶዶዶऊዶ᥈ዶዶዶऊఋዶዶዶ᥈ऊዶዶ᥈ఋ ϟ ԰ᤃᤃ ጢጢ
ቴ᧥ ऊఋఋऊዶऊዶዶ᥈ऊዶ᥈ऊዶ᥈ऊఋዶ᥈ఋఋऊዶ᥈᥈ዶऊఋऊऊ
᧧ఋ୩ Þ᧥ ዶऊ᥈ዶዶఋఋऊዶఋ᥈᥈ఋऊऊ᥈᥈ఋ᥈ዶዶ᥈ఋ᥈ఋఋऊ᥈ Ꭾጢᤃ ᤃጢ
ቴ᧥ ఋዶ᥈ዶዶఋఋऊऊऊऊ᥈᥈ఋఋऊ᥈ऊఋऊ᥈ऊऊ᥈ఋఋዶऊ
ࣷ၊ʗጢ Þ᧥ ऊ᥈ዶ᥈ऊዶ᥈ऊఋఋఋऊఋऊऊऊዶऊఋ Ꭾऐԡ ጢጢጲ ጢऐ
ቴ᧥ ऊऊऊऊఋऊऊዶ᥈᥈ዶዶఋዶऊऊዶऊఋ

抽样的靴带分析ᤥା᧧ 分析所需最佳碱基替代模型 枳属的富民枳和枳聚为另一大分支ྉା୩ ᢉ ँऐଫ ۪۪ ᢉ
在软件 Ȯቝᆍʛᔀ᤟ᡷᔀ༁ᡷ ׹ᔀʢ঎ ԰঎ሕ঎ϟ ྉ᧕ᑕʢʢᔽᤦᑕ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟ԰ɯ中 ϟɯᖔ枳属与柑橘属的类群并没有交叉ᖔ二者均是单
计算ᖔା᧧ 分析在软件 ᥘʢାᑕᢃᔀ༁ ׹ᔀʢ঎ ሕ঎ϟ঎԰ ྉ኏ᆍႿीࣼᔽ༁ᡷ ᪲ 系ᤥ 其中在枳属的这一分支里ᖔ富民枳的所有个体
̀ࣼᔀ᤟༁ᔀႿᤦᔀዹҴᖔ ԰ԡԡሕɯ中进行ᖔ每一个马尔可夫链从一 聚为一小单系分支ᖔ枳的所有个体聚为另一小单系
个随机的树开始ᖔ运行 ϟԡ 个循环ᖔ每 ϟԡԡ 次循环取 分支ᖔ均得到了高支持 率 ྉାା ᢉ ँऐᖔ ऐሕଫ ۪۪ ᢉ ϟᖔ
ᤃ
样一次ᖔ支持率选用后验概率ྉ۪ᆍ༁ᡷᔀʢᔽᆍʢ ۪ʢᆍᤦᑕᤦᔽ᤟ᔽᡷᢃᖔ ԡ঎ँ԰࿗ɯᤥ 在柑橘属的分支里ᖔ每个物种的所有个体
۪۪ɯᖔ利用软件 èᔽ੫ᡷʢᔀᔀ 读取最终的树文件ᤥ 都聚为一个小的单系分支ᖔ并不存在交叉ᤥ 但两种
方法在对柑橘属物种的系统发育关系的处理上存
԰জ 结果与分析 在稍许差别ᖔ如红河大翼橙的系统位置不同ᖔ最大

似然树显示红河大翼橙位于分支内部位置ᖔ而贝叶
ԣॹϓ 叶绿体联合片段分析 斯树显示红河大翼橙最早分化出来ᤥ 两种树均显
所研究的叶绿体片段长度在类群间和个体间 示枳橙和香橼聚为一支ᖔ随后又与柚聚在一起ᖔ说
均一致ᖔᡙʗႥᓂ᥋ᡙʗႥè 的长度为 ँ࿗ऐ ᤦᡱᖔ共检测到 ϟᤃ 个 明它们的亲缘关系较近ଫ金柑和宜昌橙聚在一支ᖔ

多态位点ᖔ包括 ϟϟ 个位点变异和 ጢ 个插入 ᣰ 缺失ଫ 说明二者具有较近的亲缘关系ᤥ
ᡙʗႥ୩᥋ᡙʗႥ᥈ 的长度为 ऐԡᤃ ᤦᡱᖔ共检测到 ࿗࿗ 个多态位 ԣॹԣ ᧇ௴୒ 片段分析
点ᖔ包括 ࿗ԡ 个位点变异和 ࿗ 个插入 ᣰ 缺失ଫʗᤇዞᓂ 的 ᧧ఋ୩ 片段经过整理剪切的一致长度为 Ꭾጢᤃ ᤦᡱᖔ

长度为ϟ ԰ᤃᤃ ᤦᡱᖔ共检测到 ϟऐ 个多态位点ᖔ包括 ँ 共检测到 ᤃᤃ 个多态位点ᖔ包括 ᤃሕ 个位点变异和 ሕ
个位点变异和 ँ 个插入 ᣰ 缺失ᤥ 将 ሕ 个片段进行同 个插入 ᣰ 缺失ᤥ 构建最大似然树选取 ̀᣽ɟշ᥈շ᧧ 为
质性检验并联合ᖔ一致长度为ሕ ԡ԰ԡ ᤦᡱᤥ 最佳模型ᖔ贝叶斯分析选用 ఋ᧧ᥘሕ շ᥈ 模型ᤥ 基于
基于最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树 ᧧ఋ୩ 联合片段构建的最大似然树和贝叶斯树见图
如图 ϟ 所示ᖔ构建最大似然树选用最佳模型为 ఋँ԰ ԰ᖔᥘᓂ 树和 ା᧧ 树的拓扑结构并不一致ᖔ但两种树
模型ᖔ贝叶斯分析选用 ఋ۪ᥘ᤟ࣼ஦᥋શᔀᔽ 模型ᖔ最大似然 的结果均显示富民枳和枳聚为一支ྉା୩ ᢉ ጢ࿗ଫ۪۪ ᢉ
树和贝叶斯树分支上方的数字分别代表靴带值 ԡ঎ँऐ԰ɯᖔ嵌套在柑橘属的分支里ᖔ但富民枳和枳与
ྉାᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ ׹ᑕ᤟ࣼᔀᖔ ା୩ɯ和后验概率ྉ۪۪ɯᤥ 两种推导 柑橘属的其他物种并没有交叉ᤥᥘᓂ 树所得到的
法构建系统树的拓扑结构比较一致ᖔ内类群的所有 聚类关系支持率均较低ᖔ结果显示柑橘最先分化
物种聚成两大支且得到了较高的支持率ᖔ其中柑橘 出来ᖔ然后是红河大翼橙ܦ金柑ܦ香橼和宜昌橙ᖔ而

属的 ऐ 个物种聚为一大分支ྉା୩ ᢉ ᤃԡଫ ۪۪ ᢉ ԡ঎ँጢँɯᖔ 四者呈并系关系ྉା୩ጐጢԡɯଫ柚和枳橙聚为一支ᖔ然