Page 160 - 《广西植物》2021年第11期
P. 160
ϟ ँ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ϟ 卷
药用植物园ᖔ具体信息见表 ϟᤥ 传距离并进行聚类分析ᖔ循环上述步骤ᖔ直至样品
ϓॹԣ ۗࣷቴ 扩增ܓ产物检测及数据统计方法 数量符合抽样比例ᤥ
选用植物 ᧕શዶ 提取试剂盒ྉ 宝生物工程有限 ϓॹ 核心种质库检验和评价
公司ᖔ 产品型号 ँᎮᤃऐɯ 对何首乌叶片的 基 因 组 采用 ᡙ 检验比较初始核心种质库和原种质库
᧕શዶ 进行提取ᤥ 利用前期筛选得到的 ϟሕ 对引物 的各项遗传多样性参数ᤥ
对 ሕᎮ 份何首乌基因组 ᧕શዶ 进行扩增ᖔ引物信息
见表 ᤥ 反应体系的总体积为 ԡ ဂᓂᖔ包括 ϟԡ ဂᓂ জ 结果与分析
ᡱʢᔀቝᔽ ྉ 宝生物工程 有 限 公 司ᖔ 产品型号
ँԡዶɯᖔ正反向引物ྉ 引物母液浓度为 ϟԡ Ⴟ੫ኼ ԣॹϓ 样品扩增结果
ဂᓂ ɯ各 ϟဂᓂᖔ᧕શዶ 模板 ࿗ԡ Ⴟ੫ᖔ并用 ʛʛ̀ ԡ 补充体 图 ϟ 为何首乌样品基因组 ᧕શዶ 经 ୩ዶ۪᥋۪ऊ
᥋ϟ
积至 ԡ ဂᓂଫ۪ऊ 反应程序为 ୩ዶ۪ 标记方法的一 扩增ܦ电泳和银染后得到的聚丙烯酰胺凝胶图ᖔ结
般程序ᖔ即 ँ࿗ ቩ 预变性 ࿗ቝᔽႿଫँ࿗ቩ ϟቝᔽႿᖔሕጢቩ ϟ 果显示样品扩增条带中等丰富ᖔ条带能充分分离
ቝᔽႿᖔᎮ ቩ ϟ ቝᔽႿᖔ共 ጢ 个循环ଫँ࿗ቩ ϟቝᔽႿᖔጢԡቩ ϟ 且清晰平整ᖔ即实验筛选的 ୩ዶ۪ 引物和采用的扩
ቝᔽႿᖔᎮ ቩ ϟ ቝᔽႿᖔ共 ሕጢ 个循环ଫᎮ ቩ 延伸 ጢቝᔽႿᤥ 增ܦ电泳ܦ银染体系均适合何首乌的种质研究ᤥ
使用条带识别软件 ͐ࣼᑕႿᡷᔽᡷᢃ᥋ᨃႿᔀ 加人工识别 ԣॹԣ 种质遗传多样性ܓ样品聚类和居群结构分类
的方式统计非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳图上各泳 何首乌种质遗传多样性结果如表 ሕ 所示ᖔϟሕ 对
道的条带迁移距离ᖔ相同位置有条带则记为 ϟᖔ无 引物在栽培和野生居群样品中的扩增条带数及多
则为 ԡᖔ 并建立二维 数 据 矩 阵ᤥ 利用 શఋ༁ᢃ༁ᡱዹܦ 态位点数丰富ᖔ野生居群样品的 ࿗ 个遗传多样性参
۪ᆍᡱ੫ᔀႿ ሕܦᥘጶ᥈ዶ Ꭾ 和 ୩ᡷʢࣼዹᡷࣼʢᔀ ሕ࿗ 软件对数据 数均大于栽培居群样品ᖔ说明野生何首乌的遗传多
进行统计分析ᖔ获得何首乌种质的遗传多样性参 样性比栽培居群的大ᖔ两种类型何首乌的居群间基
数ܦ遗传距离ܦ样品聚类和居群结构分析结果ᤥ 在 因多样性均大于居群内多样性ᖔ表明种质多样性主
居群结构分析时ᖔ假设何首乌居群可以分成 ᣞ ᢉ 要来自居群间ᤥ 整个何首乌种质资源的基因差异
ϟጲሕ 个ᖔ并采用 ጶᑕႿႿᆍ ᔀᡷ ᑕྉԡԡጢɯ 的方法计算 分化系数ྉᤩᡙɯ为 ԡᎮጢሕ ϟྉ ᢦԡጢɯᖔ表明居群间遗传
᪕ᣞ 值ᖔ从而获得最佳的类群数ᤥ 分化程度大ᖔ但居群间的基因交流较少ᖔ基因交流
ϓॹᇺ 取样策略和抽样方法 值ྉટቂɯ仅有 ԡϟᤃሕ ँྉ ጐϟԡɯᤥ 另外ᖔ栽培居群间分
设置 ሕ 种取样策略ᖔ即邻接法聚类 ͱ 比例取 化程度极高ᖔ但基因交流极小ᖔ推测是生产过程主
样ܦ居群结构分组ͱ比例取样和最小距离逐步聚类 要采用营养繁殖ᖔ居群间缺少基因交流所致ᤥ
取样ଫᤃ 个抽样比例ᖔ分别为 ጢᠮܦϟԡᠮܦϟጢᠮܦԡᠮܦ 通过邻接法获得何首乌样品聚类分组结果
ጢᠮܦሕԡᠮᖔ尝试构建何首乌的核心种质ᖔ取样方法 ྉ图 ɯᖔ何首乌样品主要分成 ࿗ 大分支᧥第 ϟ 分支
的具体步骤如下ᤥ 为棱枝何首乌ᖔ由于它与其余何首乌样品均有较
ྉϟɯ邻接法聚类ͱ比例取样᧥根据原居群样品 大的遗传距离ᖔ因此独立成支ଫ第 分支包括四川
间遗传距离ᖔ通过邻接法聚类对样品进行分组ᖔ以 的 ጶᥘ୩ϟጲ 和贵州的所有野生居群样品ଫ第 ሕ 分支
各组的 શᔀᔽᆥ ༁ 基因多样性指数ྉ ̵ɯ 比值决定各组 为河南郑州的样品ଫ第 ࿗ 分支由其余样品组成ᤥ
样品的取样数量ᖔ当该组抽样数目大于组内样品 经 ୩ᡷʢࣼዹᡷࣼʢᔀ ሕ࿗ 统计分析ᖔ当 ᣞ ᢉ ϟᤃ 时ᖔ其 ᪕ᣞ
数时ᖔ则按 ̵ 比值把取样数量分配到其他组ᤥ 值最大ᖔ说明样品分成 ϟᤃ 个类群时最佳ྉ图 ሕɯᖔ并
ྉɯ居群结构分组 ͱ比例取样᧥通过 ୩ᡷʢࣼዹᡷࣼʢᔀ 由此获得居群结构图ྉ图 ࿗ɯᖔ根据刘丽华等ྉԡԡँɯ
ሕ࿗ 软件的居群分析ᖔ获得原居群的最佳分类组 的方法ᖔ把样品归纳如表 ࿗ 所示ᖔ其中 ሕϟँ 份样品的
数ᖔ根据 ͅ 值对样品进行分类ᖔ并以各组的 શᔀᔽᆥ ༁ ͅᤠԡᤃԡԡᖔ说明大部分何首乌种质的遗传结构简单ᖔ
基因多样性指数ྉ ̵ɯ 比值决定各组样品的取样数 而 ጶᥘ୩ྉϟ ጲ ɯܦ̀ᓂ۪ϟܦȮ᥈ାϟܦ᧕ԻϟܦȮ᥈ऊϟ 及 ̀ఋྉϟ ጲ
量ᖔ当组中抽样数目大于组内样品数时ᖔ则按 ̵ 比 ɯ样品则血统相对复杂ᖔ实验将这些样品归在同一
值把取样数量分配到其他组ᤥ 类群中ᖔ用于后续核心种质的构建ᤥ
ྉሕɯ最小距离逐步聚类取样᧥根据原群体各样 ԣॹᇺ 不同取样策略和抽样比例的比较
品的遗传距离进行聚类分析ᖔ在聚类结果中找出 何首乌样品在不同取样策略和抽样比例下所
遗传距离最小的一组ᖔ在该组中剔除其中一份样 组成的初始种质库ᖔ其遗传多样性参数如表 ጢ 所
品ᖔ另一份样品保留下来ᖔ和其余样品重新计算遗 示ᖔ 随抽样比例增大ᖔ 不同取样策略其 ટᐹ 值和多
