Page 134 - 《广西植物》2021年第12期

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জজ 香樟ྉ ࣷᔠႥႥᐹቂᅳቂࣩቂ ዞᐹቂᡓ၊ᅳʗᐹɯ 是樟科樟属的 因工程改良香樟奠定坚实基础ᤥ
一种常绿大乔木ᖔ为我国国家二级保护植物ᖔ广泛
分布于我国南方及西南各省ྉ 中国科学院中国植 ϟজ 材料与方法
物志编辑委员会ᖔϟँऐ԰ɯᤥ 香樟的木材是良好的建
筑用材ᖔ其根ܦ枝叶ܦ木材和种子均可提取樟脑和 ϓॹϓ 材料
樟油ᖔ用途十分广泛ᖔ具有很高的应用价值ᤥ 从 શऊା᧧ 网站中下载 ᤃ 个 ୩኏኏ᤃ࿗ሕᤃϟጢጢܦ
香樟群体及个体间均存在较大遗传变异ᤥ 根 ୩኏኏ᤃ࿗ሕᤃϟጢᤃܦ୩኏኏ऐሕϟᤃ࿗ሕऐܦ୩኏኏ᤃ࿗ሕᤃԡϟԡܦ୩኏኏ᤃ࿗ሕᤃԡϟϟܦ
据樟油化学成分差异ᖔ香樟可分为本樟ܦ芳樟和油 ୩኏኏ᤃሕᎮ࿗ᤃᎮϟ 香樟转录组测 序 的 结 果ᤥ 本文利用
樟ྉ中国科学院中国植物志编辑委员会ᖔϟँऐ԰ɯଫ从 èᑕ༁ᡷ͐ऊ 检测转录组的序列质量ᖔ筛选数据质量较高
外部表型上看ᖔ材用和油用樟树木材构造存在差 的转录组为材料ᖔ再利用 ఋʢᔽቝቝᆍቝᑕᡷᔽዹ 修剪去除低
异ྉ王军锋等ᖔ԰ԡϟँɯᖔ不同化学型油用樟树叶片解 质量的序列和接头ᤥ 在此基础上利用 ఋʢᔽႿᔽᡷᢃ 对转
剖结构和抗旱性也存在差异ྉ 王坤等ᖔ԰ԡϟँɯᖔ从内 录组进行组装ᖔ利用 ఋʢᑕႿ༁᧕ᔀዹᆍʛᔀʢ 预测基因结构ᤥ
部遗传物质上看ᖔ等位基因也存在较大差异ྉ 刘 提取以 ዶВ᥈ 开头的基因用于本文的后续分析ᤥ
爽ᖔ԰ԡϟँɯᤥ 丰富的遗传变异为香樟的定向遗传改 ϓॹԣ 数据分析
良提供了良好的资源ᤥ 遗传改良通常利用杂交等 ϟ঎԰঎ϟ 密码子偏好参数估计জ 以所选的编码蛋白
传统的方法开展ᖔ然而这些方法存在周期长ܦ成本 基因为研究对象ᖔ采用 ऊᆍʛᆍႿۼ ϟ঎࿗঎԰ 软件分析密
高ܦ盲目性大等不足ᤥ 而分子育种能有效克服这 码子偏好性的参数᧥有效密码子数目ྉጶશऊɯܦ密码
些缺点成为现代育种的重要手段ᤥ 子适应指数ྉऊዶ᧧ɯܦ密码子偏好性指数ྉऊା᧧ɯܦ最
尽管香樟的分子研究起步较迟ᖔ但已有一些 优密码子使用频率ྉèᆍᡱɯܦ基因表达的蛋白质疏水
报道ᤥ ᓂᔽࣼ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ ྉ԰ԡϟጢɯ利用同源克隆的方法克隆 性ྉ᥈ʢᑕ׹ᢃɯ和芳香族氨基酸的频率ྉዶʢᆍቝᆍɯ及密码
子不同位置碱基的比例ྉ᥈ऊϟܦ᥈ऊ԰ 和 ᥈ऊሕ 分别代
了香 樟 ࣷዞଧଧ᤹ᖔ 并 进 行 了转化验证ଫऊၤᔀႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎
ྉ԰ԡϟऐɯ利用转录组对香樟萜类生物合成基因开展 表第一 位ܦ第二位和第三 位 密 码 子 的 ᥈ऊ 含量ᖔ
了鉴定分析ଫ另外ᖔ研究人员对香樟不同化学成分 ᥈ऊሕ༁ 表示第三位同义密码子的 ᥈ऊ 含量ɯᤥ
ϟ঎԰঎԰ 中性绘图分析জ 为了初步摸索对密码子偏好
合作途径的关键基因 ࣷዞ̵᤹ᤩቴ༁ྉ 郑汉等ᖔ԰ԡ԰ԡᑕɯܦ
ࣷዞ᤹ۗᣞྉ 郑汉等ᖔ԰ԡ԰ԡᤦɯ 及 શା୩᥋ᓂ኏኏ 类抗病基因 性的影响因素ᖔ中性绘图根据 ᥈ऊϟ 和 ᥈ऊ԰ 均值记为
家族开展克隆和部分功能分析的工作ྉ 郑永杰等ᖔ ᥈ऊϟ԰ᖔ其作为纵坐标ᖔ᥈ऊሕ 作为横坐标ᖔ用基因散点
԰ԡϟऐɯଫ同时施雪萍ྉ԰ԡԡँɯ 和陈甘明ྉ԰ԡϟ࿗ɯ 先后 图的方式进行作图ᤥ 根据基因所在位置与对角线

建立了 香 樟 体 细 胞再生体系并成功将 ଧᐹʗႥᐹ໧ᓣܦ 的关系从而判断影响基因密码子偏好性的因素ᤥ
ۗᐹÞ௴ܦࣷଧÞሕ 和 ᦵቴጛଧϟ 等基因转入香樟ᖔ为香樟不 ϟ঎԰঎ሕ ጶશऊ᥋ᡱ᤟ᆍᡷ 绘图জ 为进一步了解造成密码子偏
同成分的合成ܦ抗逆机理探索和遗传改良奠定基 好的原因ᖔ本文以 ጶશऊ 为纵坐标ᖔ以 ᥈ऊሕ༁ 为横坐
础ᤥ 基因工程育种是分子育种的重要方法之一ᖔ 标建立坐标系ᖔ根据基因坐落的位置作散点图ᤥ
具有周期短ܦ效率高ܦ目标明确等优点ྉ 王关林和 再利用方程添加其理论标准曲线ጶશऊ ᔀ଴ᡱ ᢉ ԰շ᥈ऊሕ༁շ
方宏筠ᖔ԰ԡϟ࿗ɯᤥ 密码子指导氨基酸的合成ྉ᣽ʢᔀᤦ༁ ԰ँ
ᖔ 并 计 算 ጶશऊ ᢉ
ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟऐɯᤥ 不同的密码子对基因的表达和功 ᥈ऊሕ༁ շྉϟͱ᥈ऊሕ༁ɯ ԰ ኏ᑕᡷᔽᆍ
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能产生较大影响ྉ ̀ᔀʢ༁ၤᤦᔀʢ੫ ᪲ ۪ᔀᡷʢᆍ׹ᖔ ԰ԡԡऐଫ Իၤᆍࣼ ጶશऊ ᔀ଴ᡱ ͱጶશऊ ᆍᤦ༁ ᤥ 根据散点图及 ጶશऊ 比值的结果
ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟᤃɯᤥ 不同物种密码子偏好性存在较大 ጶશऊ
ᔀ଴ᡱ
差异ྉ陆育生等ᖔ԰ԡϟऐɯᖔ了解香樟基因的密码子偏 推断造成密码子偏好的原因ᤥ
好性ᖔ对利用基因工程技术培育香樟新品种具有 ϟ঎԰঎࿗ 最佳密码子确定জ 为了确定最优密码子ᖔ本
十分重要的作用ᤥ 因此ᖔ本文分析香樟转录组基 文以 ऊዶ᧧ 密码子偏好性参数为标准对参试基因进
因密码子偏好性ᖔ确定最优密码子ᖔ从而为利用基 行排序ᖔ分别从高低两端取总数的 ϟᠮ建立高表达