Page 136 - 《广西植物》2021年第12期

԰ ԡ ऐ ԡ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ϟ 卷
表 ϓই 密码子偏好性参数变化范围
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ϟজ ኏ᑕႿ੫ᔀ ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿ ᤦᔽᑕ༁ ᡱᑕʢᑕቝᔀᡷᔀʢ༁
参数 最小值 最大值 均值 参数 最小值 最大值 均值
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᥈ऊϟ ԡ঎԰࿗ጢ ԡ঎ँϟሕ ԡ঎ጢϟϟ ጶશऊ ԰ᤃ঎԰ँ ᤃϟ঎ԡԡ ጢ԰঎Ꭾᤃ
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ऊዶ᧧ ԡ঎ԡᤃ࿗ ԡ঎࿗ԡϟ ԡ঎ϟँँ ᓂᡸ༁ᢃቝ ऐሕ ࿗ ጢऐᤃ ሕጢϟ঎ऐऐጢ
ऊା᧧ ͱԡ঎ጢϟሕ ԡ঎ሕᤃ࿗ ͱԡ঎ԡጢᤃ ᓂᡸᑕᑕ ऐᤃ ࿗ Ꭾᤃጢ ሕᤃᤃ
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表 ԣই 密码子偏好性参数间的相关性
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ԰জ ऊᆍʢʢᔀ᤟ᑕᡷᔽᆍႿ ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿ ᤦᔽᑕ༁ ᡱᑕʢᑕቝᔀᡷᔀʢ༁
参数
᥈ऊϟ ᥈ऊ԰ ᥈ऊሕ ऊዶ᧧ ऊା᧧ èᆍᡱ ጶશऊ ᥈ऊሕ༁ ᥈ऊ શ ᥈ʢᑕ׹ᢃ
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᥍᥍ ᥍᥍ ᥍᥍ ᥍᥍ ᥍᥍ ᥍᥍ ᥍᥍ ᥍᥍
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ዶʢᆍቝᆍ ͱԡ঎࿗ጢϟ ᥍᥍ ͱԡ঎԰ԡϟ ᥍᥍ ԡ঎ԡϟᤃ ᥍᥍ ͱԡ঎ԡԡऐ ͱԡ঎ԡϟሕ ᥍ ͱԡ঎ԡጢጢ ᥍᥍ ԡ঎ԡሕँ ᥍᥍ ͱԡ঎ԡ԰ሕ ᥍᥍ ͱԡ঎԰ጢጢ ᥍᥍ ͱԡ঎ϟጢँ ᥍᥍ ԡ঎࿗࿗԰ ᥍᥍
᥍᥍ ᥍
জ 注᧥ 表示极显著水平ଫ 表示显著水平ᤥ
জશᆍᡷᔀ᧥ ᥍᥍ ᔽႿʛᔽዹᑕᡷᔀ༁ ᔀ଴ᡷʢᔀቝᔀ᤟ᢃ ༁ᔽ੫Ⴟᔽ஦ᔽዹᑕႿᡷ ᤟ᔀ׹ᔀ᤟ଫ ᥍ ᔽႿʛᔽዹᑕᡷᔀ༁ ༁ᔽ੫Ⴟᔽ஦ᔽዹᑕႿᡷ ᤟ᔀ׹ᔀ᤟঎

除冗 余序列的基础上ᖔ 利用 ఋʢᑕ༁Ⴟ༁᧕ᔀዹᆍʛᔀʢ 结合 的 ጶશऊᖔ表明香樟转录组基因密码子偏好性比叶
୩औᔽ༁༁ᡱʢᆍᡷ 数据库和 ᡱ஦ᑕቝͱዶ 数据库的同源搜索大 绿体更弱ᖔ也就是说在同一密码子中选择任意密
大提 高了捕捉功能开放 阅 读 框 ྉ ᆍᡱᔀႿᔽႿ੫ ʢᔀᑕʛᔽႿ੫ 码子对翻译效率和蛋白功能影响较小ᤥ኏୩ऊВ 分
஦ʢᑕቝᔀऔᆍʢҴᖔ ᨃ኏èɯ的敏感性和准确性ᖔ同时确实也 析表明ᖔ香樟转录组基因密码子仍然偏向以 ዶ 或
可能存在一些操纵子和嵌合体ᤥ 然而在目前没有 В 结尾ᤥ 这与橄榄转录组密码子偏好性相似ྉ 赖
香樟基因组的情况下ᖔ转录组基因密码子分析仍 瑞联等ᖔ԰ԡϟँɯᤥ

然可以提供重要参考ᤥ 密码子偏好受碱基组成ܦ选择ܦ突变ܦᡷ኏શዶ 丰
ᤃ࿗ 种密码子编码 ԰ԡ 种氨基酸ᖔ其中 ሕ 种终 度ܦ蛋白质长度ܦ疏水性和脂肪族氨基酸含量的影
止密码子ᖔ另有 ዶВ᥈ 和 В᥈᥈ 分别只单独编码甲 响ᤥጶશऊ 几乎与所有的密码子参数极显著相关ᖔ
硫氨酸和色氨酸ᖔ其余 ጢँ 种密码子编码 ϟऐ 种氨 相关系数均低于 ԡ঎ϟᖔ与 ᥈ऊ԰ 呈极显著相关ᖔ相关
基酸 ྉ 朱圣庚和徐长发ᖔ ԰ԡϟᤃଫ ᣽ʢᔀᤦ༁ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ 系数为ͱԡ঎࿗ጢଫ而另一密码子偏好性参数 ऊዶ᧧ 与不
԰ԡϟऐɯ ᤥ ϟऐ 种氨基酸中每种氨基酸至少有 ԰ 种 同位置 ᥈ऊ 含量相关ᖔ与氨基酸长度相关性较小ᖔ
密码子编码ᖔ最多的有 ᤃ 种密码子编码ྉશᔀ᤟༁ᆍႿ ᪲ 均说明密码子偏好性与碱基组成有关ᖔ氨基酸长
ऊᆍ଴ᖔ԰ԡϟᎮɯ ᖔ由于不同物种或同一物种不同基因 度相关性小ᤥऊዶ᧧ 与 ऊା᧧ 及 èᆍᡱ 的紧密相关表明

组利用不同密码子编码同一氨基酸ྉ 王鹏良等ᖔ 基因选择高表达的密码子ᤥ 中性分析和 ጶશऊͱᡱ᤟ᆍᡷ
԰ԡϟऐᖔ԰ԡϟँଫ赖瑞联等ᖔ԰ԡϟँɯ ᖔ因 此产生密码子 分析表明突变在密码子偏好形成中起作用ᖔ而选
使用的偏好性ᤥ 择在这个过程中起更大作用ᤥ 本文筛选出 ᤃ 个香
香樟叶绿体基因组密码子偏好性报道表明其 樟基因最优密码子分别为 ᥈ВВܦऊዶ᥈ܦ᥈ዶዶܦВऊВܦ
密码子偏好性较弱ྉ秦政等ᖔ԰ԡϟऐɯᖔ本文中密码子 ᥈ऊВܦ᥈᥈Вᤥ 最优密码子的确定为利用基因工程
偏好性参数 ጶશऊ 均值为 ጢ԰঎Ꭾᤃᖔ大于叶绿体基因组 技术改良香樟奠定了坚实基础ᤥ