Page 51 - 《广西植物》2022年第11期
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ϟϟ 期 朱 鹏 锦 等 ᧥ 甘蔗耐寒相关 ቝᔽશዶ 的生物信息学分析及其靶基因预测 ϟ ऐ ࿗ ሕ
表 ϓই 样品测序数据统计
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干净序列比 匹配比例
库 处理 样本编号 总序列 干净序列 ۪ᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ ᆍ 匹配基因组 ᥘᑕᡷዹၤᔀʛ
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জজ 根 据 基因表达量进一步对每个样品进行 根据成熟植物 ቝᔽશዶ 序列的高度保守型及
۪ᔀᑕʢ༁ᆍႿ 相关系数计算ᖔ并将这些系数以热图的形 ቝᔽશዶ 前体拥有标志性发夹结构的特性ᖔ利用同
式反映出来ྉ 图 ɯᤥ 从 ۪ᔀᑕʢ༁ᆍႿ 相关系数可以看 源搜寻比对的方法在割手密 ቝᔽାᑕ༁ᔀ 数据库中进
出ᖔ同一品种相同处理的重复样品间相关性较高 行搜索ᖔ对具有同源性的 ቝᔽશዶ 序列进行提取ᖔ选
ྉԡᤃᤃᎮ ጲ ԡँँԡɯᖔ表明所有样品的表达量基本保持 取其中表达量最高的作为甘蔗响应低温的保守
一致ᖔ说明其符合样本重复性实验标准ᖔ可以满足 ቝᔽશዶ 的候选者ᖔ最终得到甘蔗响应低温的 ϟϟԡ
后续的差异表达分析ᤥ 个新 ቝᔽશዶᤥ
ԣॹԣ 已知 ቂᔠቴટዛ 分析及新 ቂᔠቴટዛ 预测 ԣॹᇺ 差异表达 ቂᔠቴટዛ 分析
用 ዶዶ୩ዶ 软件将核苷酸序列比对到参考基因 通过比较对照组与低温处理组 ቝᔽશዶ 的表达
组及 ቝᔽାᑕ༁ᔀ 数据库ᖔ鉴定得到分属于 ऐ࿗ 个已知 量变化情况ᖔ可以判断低温胁迫下抗寒能力不同
ቝᔽશዶ 家族的 ሕ 个 ቝᔽશዶᖔ其中对照组的 ँᎮ 个 的甘蔗品种 ቝᔽશዶ 的差异表达情况ᤥ 在差异表达
ቝᔽશዶ 分属于 ᤃँ 个家族ᖔ 低温处理组的 ሕԡጢ 个 ቝᔽશዶ 检测过程中ᖔ以 ྍᆍ੫ ྉ èऊɯ ྍ ᤠᖔۗ ጐԡԡጢ
ቝᔽશዶ 分属于 Ꭾ࿗ 个家族ᖔ这些家族中拥有最多家 作为筛选标准ᖔ低温胁迫时差异表达 ቝᔽશዶ 如表
族成 员数量的为 ቝᔽϟᤃँ ྉ ሕ 个ɯᖔ 其次分别为 所示ᖔ包括 ϟԡԡ 个已知 ቝᔽશዶ ྉᤃϟ 个上调ᖔሕँ 个
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