Page 110 - 《广西植物》2022年第8期
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ऐ 期 史卫东等᧥ 利用 è᥋ᥘ୩ዶ۪ 分析菜心表观遗传多样性 ϟ ሕ ጢ ँ
̀ᡱᑕ֒组合对同一基因组 ᧕શዶ 酶切ᖔ混匀后离心 带为 ϟɼ记录数据矩阵ᤥ 利用软件 ጶዹᔀ ԡԡᎮ 计算
数秒ᖔሕᎮ ቩ 保温 ጢၤᖔऐ ቩ 保温 ࿗ၤᖔ࿗ ቩ 过夜ᤥ 预选 甲基化多态性比例和甲基化类型ᖔ将 ᧕શዶ 甲基化
扩增反应᧥反应体系 ጢ ဂᓂ 为 ᧕શዶ ဂᓂܦ预扩增引 模式分为四种类型᧥ሙ型为 ̀ᡱᑕ֒和 ᥘ༁ᡱሙ双酶切
物 ϟ ဂᓂܦʛશఋ۪༁ ԡጢ ဂᓂܦϟԡ ᣮ ۪ऊ ᤦࣼᔀʢ ጢ ဂᓂܦ 的ྉϟᖔϟɯᖔ表示 ऊऊ᥈᥈ 位点未甲基化ଫ֒型为̀ᡱᑕ֒
ఋᑕी 酶 ԡጢ ဂᓂܦʛʛ̀ ᨃϟऐጢ ဂᓂᤥ 离心数秒ᖔ反应条 酶切ᖔᥘ༁ᡱሙ不能酶切的ྉϟᖔԡɯᖔ表示 ऊऊ᥈᥈ 位点 ऊ
件᧥ँ࿗ቩ ቝᔽႿଫँ࿗ቩ ሕԡ ༁ᖔጢᤃ ቩ ሕԡ༁ᖔሕԡ 个循环ଫ 外侧半甲基化ଫᎏ型为 ̀ᡱᑕ֒不能酶切ᖔᥘ༁ᡱሙ酶
Ꭾ ቩ ऐԡ༁ᖔᎮቩ ጢቝᔽႿଫ࿗ ቩ ᤥ 选择性扩增反应᧥预 切的ྉԡᖔϟɯᖔ表示 ऊऊ᥈᥈ 位点内侧 ऊ 全甲基化ଫ᤻
选扩增产物ϟᨒ ԡ 稀释后作为选扩增模板ᤥ 反应 型为 ̀ᡱᑕ֒和 ᥘ༁ᡱሙ都不能酶切的ྉԡᖔԡɯᖔ表示抑
体系 ጢ ဂᓂ᧥᧕શዶ ဂᓂᖔϟԡ ᣮ ۪ऊ ᤦࣼᔀʢ ጢ ဂᓂᖔ 制全甲基化 ऊऊ᥈᥈ 位点酶切ᖔ也可能是突变位点ᤥ
ʛશఋ۪ ԡጢ ဂᓂᖔጶዹᆍ ᧧ 引物 ϟဂᓂᖔ̀ᡱᑕ֒ ᣰ ᥘ༁ᡱሙ引 利用软件 ۪ᨃ۪᥈ጶશጶ ϟሕ 进行表观遗传多样性分
物 ϟဂᓂᖔఋᑕी 酶 ԡጢ ဂᓂᖔʛʛ̀ ᨃϟᎮጢ ဂᓂᤥ 反应条 析ᖔ统计多态性位点百分率ྉ۪ᠮɯܦશᔀᔽᆥ༁ 基因多样
件᧥ँ࿗ ቩ ሕԡ ༁ᖔᤃጢ ቩ ሕԡ ༁ᖔᎮ ቩ ऐԡ ༁ଫ每轮循环温 性指数ܦ୩ၤᑕႿႿᆍႿ 多样性指数ܦશᔀᔽᆥ ༁ 遗传距离ܦ遗
度递减 ԡᎮ ቩ ᖔϟ 个循环ଫँ࿗ ቩ ሕԡ ༁ᖔጢጢ ቩ ሕԡ ༁ᖔ 传相似系数和基因流等ᤥ 利用软件 ᥘጶ᥈ዶ ࿗ԡ 按
Ꭾቩ ऐԡ ༁ᖔሕ 个循环ଫᎮ ቩ ϟԡ ቝᔽႿᖔ࿗ ቩ ᤥ 接头及 照 В۪᥈ᥘዶ 方法进行 聚类分析ᤥ 利用软件
引物序列见表 ϟᤥ ᥈ᔀႿዶጶ ᤃ࿗ϟ 进行主成分分析和 ዶᥘᨃዶ 分析ᤥ
数据读取及统计分析᧥将选择性扩增产物进 引物 多 态 信 息 量 ྉ ᡱᆍᢃቝᆍʢᡱၤᔽ༁ቝ ᔽႿᆍʢቝᑕᡷᔽᆍႿ
行聚丙烯酰胺凝胶电泳ᖔ使用 ዶା᧧ሕᎮᎮ 测序仪检 ዹᆍႿᡷᔀႿᡷᖔ ۪᧧ऊɯᖔ公式为 ۗᧇࣷ ᢉ ϟͱኮஏ ᖔ式中 ஏ 表示第
ᔠ
ᔠ
测ᖔ通过 ᥈ጶશጶ୩ऊዶશ 软件分析ᖔ按照ᥥ 无带为 ԡᖔ有 ᔠ 个基因型频率ᤥ
表 ϓই ᤹ዛۗ 扩增接头和引物序列̵᤹ᧅ ̵ᡓᐹ ᧇᧇ ᣑ ᤹ᡓ ᧇɤ
ఋᑕᤦᔀ ϟজ ዶʛᑕᡱᡷᆍʢ༁ ᑕႿʛ ᡱʢᔽቝᔀʢ ༁ᔀीࣼᔀႿዹᔀ༁ ࣼ༁ᔀʛ ᆍʢ ᥘ୩ዶ۪ ᑕቝᡱᔽᘚዹᑕᡷᔽᆍႿ༁ ྉ̀ᥘ᧥ ̀ᡱᑕ᧧᧧ ᣰ ᥘ༁ᡱ᧧ɯ
接头序列 选扩增引物
ዶʛᑕᡱᡷᆍʢ ༁ᔀीࣼᔀႿዹᔀ ୩ᔀᔀዹᡷᔽᔀ ᑕቝᡱᔽᘚዹᑕᡷᔽᆍႿ ᡱʢᔽቝᔀʢ
ጶዹᆍ ᧧᥋ᑕʛᑕᡱᡷᔀʢ ᧧ ऊఋऊ᥈ఋዶ᥈ዶऊఋ᥈ऊ᥈ఋዶऊऊ ጶϟ ᥈ዶऊఋ᥈ऊ᥈ఋዶऊऊዶዶఋఋऊዶዶऊ
ጶዹᆍ ᧧᥋ᑕʛᑕᡱᡷᔀʢ ᧧᧧ ዶዶఋఋ᥈᥈ఋዶऊ᥈ऊዶ᥈ఋऊ ጶ ᥈ዶऊఋ᥈ऊ᥈ఋዶऊऊዶዶఋఋऊዶዶ᥈
̀ᡱᑕ֒ ᣰ ᥘ༁ᡱሙ᥋ᑕʛᑕᡱᡷᔀʢ ᧧ ᥈ዶఋऊዶఋ᥈ዶ᥈ఋऊऊఋ᥈ऊఋ ጶ࿗ ᥈ዶऊఋ᥈ऊ᥈ఋዶऊऊዶዶఋఋऊዶऊఋ
̀ᡱᑕ֒ ᣰ ᥘ༁ᡱሙ᥋ᑕʛᑕᡱᔀᡷᔀʢ ᧧᧧ ऊ᥈ዶ᥈ऊዶ᥈᥈ዶऊఋऊዶఋ᥈ዶ ጶጢ ᥈ዶऊఋ᥈ऊ᥈ఋዶऊऊዶዶఋఋऊዶऊ᥈
预选扩增引物
ጶᎮ ᥈ዶऊఋ᥈ऊ᥈ఋዶऊऊዶዶఋఋऊዶఋऊ
۪ʢᔀ᥋༁ᔀᔀዹᡷᔽᔀ ᑕቝᡱᔽᘚዹᑕᡷᔽᆍႿ ᡱʢᔽቝᔀʢ༁
ጶዹᆍ ᧧ շዶ ᥈ዶऊఋ᥈ऊ᥈ఋዶऊऊዶዶఋఋऊዶ ̀ϟ ዶఋऊዶఋ᥈ዶ᥈ఋऊऊఋ᥈ऊఋऊ᥈᥈ఋऊ᥈
̀ᡱᑕ֒ ᣰ ᥘ༁ᡱሙշԡ ᥈ዶऊఋ᥈ऊ᥈ఋዶऊऊዶዶఋఋऊዶ ̀ ዶఋऊዶఋ᥈ዶ᥈ఋऊऊఋ᥈ऊఋऊ᥈᥈ఋఋዶ
̀ሕ ዶఋऊዶఋ᥈ዶ᥈ఋऊऊఋ᥈ऊఋऊ᥈᥈ఋ᥈ዶ
ԡሕᎮ ሕܦԡ࿗࿗ Ꭾܦԡ࿗ϟ ऐܦԡሕ࿗ ԡܦԡ࿗ ᤃᖔ均值为
জ 结果与分析 ԡሕ Ꭾᖔ多态性位点的 ۪᧧ऊ 值均位于 ԡጲԡጢ 之间ᤥ
按照总平均ܦ自交系ܦ品种和杂种进行分类分析ᖔ࿗ँ
ԣॹϓ ᦵટዛ 甲基化多态性分析 份菜心ܦᎮ 份自交系亲本ܦऐ 份双自交系杂种ܦϟᎮ 份
利用 ऐ 对条带清晰和多态性较好的引物进行 单自交系杂种ܦᎮ 份商品种ܦϟԡ 份商品种杂种的平均
࿗ँ 份菜心的 è᥋ᥘ୩ዶ۪ 扩增ᖔ一共扩增出 ϟ Ꭾऐ 条带ᖔ 多态性分别为 ᤃऐϟጢᠮܦᤃጢሕሕᠮܦᤃऐጢጢᠮܦᤃᎮጢᠮܦ
其中多态性条带 ϟ ࿗Ꭾँ 条ᖔ多态性比例为 ऐᤃᠮᤥ ऐ 对 ᤃँጢ࿗ᠮܦᎮԡԡँᠮᖔ表明 è᥋ᥘ୩ዶ۪ 检测效率较高ᖔ菜心
引物的多态性条带分别为 ϟँᤃܦϟऐᤃܦԡԡܦϟᎮሕܦϟऐऐܦ ᧕શዶ 甲基化多态性较高ᖔ商品种的 ᧕શዶ 甲基化多
ԡԡܦԡԡܦ ϟᎮऐ 条ᖔ 平均为 ϟँԡ 条ᖔ 多态性比 例 为 态性比自交系及其杂种高ᖔ杂种的 ᧕શዶ 甲基化多态
ऐऐᠮᖔ۪᧧ऊ 值分别为 ԡ ሕԡ ࿗ܦ ԡ ԡϟ ܦ ԡ ࿗Ꭾ ऐܦ 性比亲本高ᖔ杂交可以提高 ᧕શዶ 甲基化多态性ᤥ
