Page 128 - 《广西植物》2022年第8期
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ऐ 期 安琪等᧥ 香合欢 ጶ୩ఋ᥋୩୩ 标记开发及种间通用性研究 ϟ ሕ Ꭾ Ꭾ
ϓॹᣤ 数据统计与处理
用人工读带的方法读取条带ᖔ同一引物扩增 জ 结果与分析
产物中用 ዶᖔାᖔऊᖔҭ按条带长度从大到小进行编
号ᖔ利用 ۪ᆍᡱ੫ᔀႿᔀ ϟሕ 软件计算 ሕԡ 份样品的遗传 ԣॹϓ 香合欢转录组中 ቴ 重复单元类型
多样性指数ᤥ 通过对香合欢 ँ 个样本进行 શዶ 转录组测序
计 算所用 ୩୩ 引物的 ۗᧇࣷ ྉ ᡱᆍᢃቝᆍʢᡱၤᔽ༁ቝ
获得 ሕሕ ሕሕጢ 个 ୩୩ 位点ᖔ对 ୩୩ 的重复基元类型
ᔽႿᆍʢቝᑕᡷᔽᆍႿ ዹᆍႿᡷᔀႿᡷɯྉ杨国忠等ᖔԡԡ࿗ɯᤥ 计算公式如下᧥
进行统计ᖔ发现主要有单核苷酸和二至六核苷酸
Ⴅ Ⴅͱϟ
ۗᧇࣷ ᢉ ϟͱᥐۗ ͱᥐᥐۗ ۗ ᢝ ྉϟɯ 等 ᤃ 种重复基元类型ྉ表 ɯᤥ 其中ᖔ单核苷酸重复
ᔠ
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ᔠ ᢉ ϟ ᔠ ᢉ ϟ
式中᧥ ۗᧇࣷ 为多态信息含量ଫۗ 和 ۗ 分别为第 类型占 ୩୩ 位点总数的 ᤃ࿗Ꭾሕᠮᖔ二核苷酸重复类
ᢝ
ᔠ
ᔠ 个和 ᢝ 个等位基因频率ଫႥ 为等位基因数ᤥ 型占 ୩୩ 位点总数的 ԡᤃ࿗ᠮᖔ三核苷酸重复类型
引物的有效扩增率为能够有效扩增的引物的 占 ୩୩ 位点总数的 ϟሕԡᠮᖔ四至六核苷酸重复类
数量与引物总数量的比值ᤥ
型分别占 ୩୩ 位点总数的 ϟᤃᠮܦԡऐᠮܦԡ࿗ᠮᤥ
表 ԣই 香合欢转录组中 ቴ 重复单元的分布特征
ఋᑕᤦᔀ জ ᧕ᔽ༁ᡷʢᔽᤦࣼᡷᔽᆍႿ ᆍ ᡷၤᔀ ୩୩ ʢᔀᡱᔀᑕᡷ ቝᆍᡷᔽ༁ ᔽႿ ዛᤀᤇᔠऊᔠᐹ ᅳʐᅳʗᐹᡙᔠᔠቂᐹ ᡷʢᑕႿ༁ዹʢᔽᡱᡷᆍቝᔀ
核苷酸重复类型 ୩୩ 数量 所占比例 主要重复基元 ྉ数目ɯ
ఋᢃᡱᔀ ᆍ Ⴟࣼዹᔀᆍᡷᔽʛᔀ ʢᔀᡱᔀᑕᡷ શࣼቝᤦᔀʢ ᆍ ୩୩ ۪ᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ ྉᠮɯ ᥘᑕᔽႿ ʢᔀᡱᔀᑕᡷ ቝᆍᡷᔽ ྉႿࣼቝᤦᔀʢɯ
单核苷酸 ᥘᆍႿࣼዹᔀᆍᡷᔽʛᔀ ϟ ጢᎮऐ ᤃ࿗Ꭾሕ ఋ ᣰ ዶྉँ Ꭾᤃɯজ ዶ ᣰ ఋྉँ ᤃጢɯ
二核苷酸 ᧕ᔽႿࣼዹᔀᆍᡷᔽʛᔀ ᤃ ऐऐ ԡᤃ࿗ ዶఋ ᣰ ዶఋྉϟ ϟᤃऐɯজ ఋዶ ᣰ ఋዶྉँऐᎮɯজ ዶ᥈ ᣰ ऊఋྉऐጢጢɯ
三核苷酸 ఋʢᔽႿࣼዹᔀᆍᡷᔽʛᔀ ࿗ ԡँँ ϟሕԡ ዶዶఋ ᣰ ዶఋఋྉϟँँɯজ ᥈ዶዶ ᣰ ఋఋऊྉϟऐऐɯজ ఋఋऊ ᣰ ᥈ዶዶྉϟᎮ࿗ɯ
四核苷酸 ఋᔀᡷʢᑕႿࣼዹᔀᆍᡷᔽʛᔀ ጢ࿗ϟ ϟᤃ ዶዶዶఋ ᣰ ዶఋఋఋྉጢ࿗ɯজ ఋఋఋዶ ᣰ ఋዶዶዶྉ࿗ँɯ
五核苷酸 ۪ᔀႿᡷᑕႿࣼዹᔀᆍᡷᔽʛᔀ ँጢ ԡऐ ዶዶዶዶఋ ᣰ ዶఋఋఋఋྉऐɯজ ዶዶዶዶ᥈ ᣰ ऊఋఋఋఋྉऐɯ
六核苷酸 ̀ᔀᑕႿࣼዹᔀᆍᡷᔽʛᔀ ϟ࿗ϟ ԡ࿗ ᥈ऊऊዶऊऊ ᣰ ᥈᥈ఋ᥈᥈ऊྉɯজ ఋ᥈ऊऊ᥈ऊ ᣰ ᥈ऊ᥈᥈ऊዶྉɯ
总计 ఋᆍᡷᑕ ሕሕ ሕሕጢ
জজ 从表 可以看出ᖔ在单核苷酸重复类型中 ఋᣰ ዶ 重复次数高于 ጢ 数量较少ᖔ仅占总位点数量的
ྉ࿗ጢԡᎮᠮɯ最多ᖔዶᣰ ఋྉ࿗࿗Ꭾሕᠮɯ 稍次之ଫ二核苷酸重 ऐሕᠮᤥ 在所有重复次数中ᖔϟԡ 次 重复最多有
复类型中出现频率最高的为 ዶఋྉϟᤃँᎮᠮɯᖔ其次是 ጢ ᎮँྉϟᎮሕऐᠮɯ个ᖔ其次为 ϟϟ 次重复和 ᤃ 次重复ᖔ
ఋዶྉϟ࿗ሕ࿗ᠮɯ和 ዶ᥈ᣰ ऊఋྉϟ࿗ᠮɯଫ三核苷酸重复类 分别有 ሕ࿗࿗ϟ 个ྉϟԡሕᠮɯ和 ँᤃ 个ྉऐᎮऐᠮɯᤥ
型中 ዶዶఋᣰ ዶఋఋྉ࿗ऐጢᠮɯ出现的频率最高ᖔ᥈ዶዶᣰ ఋఋऊ ԣॹԣ 香合欢 ጛ௴ቴ 引物的有效性
ྉ࿗ጢँᠮɯ和 ఋఋऊ ᣰ ᥈ዶዶྉ࿗࿗ᠮɯ稍次之ଫ四核苷酸重 从表 ࿗ 可以看出ᖔ在 ࿗ሕ 对香合欢 ጶ୩ఋ᥋୩୩ 引
复类型中 ዶዶዶఋᣰ ዶఋఋఋྉँँऐᠮɯ出现的频率最高ᖔ其 物中ᖔ有 ϟጢጢ 对能够在香合欢中有效扩增ᤥ 并且ᖔ
次为 ఋఋఋዶᣰ ఋዶዶዶྉँԡᤃᠮɯᤥ 核苷酸重复类型一共 不同核心重复类型的 ጶ୩ఋ᥋୩୩ 引物的有效扩增率
有 ሕँँ 种ᖔ除去单核苷酸重复类型的四种ᖔ二核苷酸 有所不同ᖔ其中三核苷酸重复类型引物的扩增成
重复类型ܦ三核苷酸重复类型ܦ四核苷酸重复类型ܦ 功率 ྉ 为 ᤃᤃ ሕ࿗ᠮɯ 高于五核苷酸重复类型 ྉ 为
五核苷酸重复类型ܦ六核苷酸重复类型分别有 ϟܦ ᤃ࿗Ꭾϟᠮɯ 和四核苷酸重复类型 ྉ 为 ᤃϟ ϟϟᠮɯ 的
ᤃԡܦϟሕܦᤃጢܦϟሕጢ 种ᤥ ጶ୩ఋ᥋୩୩ 引物ᤥ
୩୩ 的重复次数在 ጢጲ ᤃऐ 之间ྉ 表 ሕɯᤥ 其中ᖔ ԣॹᇺ ቴ 标记多态性信息
ጢጲ ϟϟ 次重复最多ᖔ占 ୩୩ 位点总数的 ጢ࿗ ँጢᠮଫ ࿗ሕ 对引物中ᖔ有 ሕᎮ 对能够在香合欢中扩增
ϟ ጲ ϟऐ 次重复排在第二位ᖔ占 ୩୩ 位点总数的 出多态性条带ᖔ多态性比率为 ሕऐᎮᠮᤥ 筛选出 ϟԡ
ሕ࿗࿗ऐᠮଫϟँ ጲ ጢ 次重复占 ୩୩ 位点总数的 ᎮᎮ࿗ᠮଫ 对条带清晰ܦ重复性好ܦ多态性高的引物ᖔ 对 ሕԡ 份
