Page 36 - 《广西植物》2020年第7期
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表 4 大豆线粒体编码基因的相对同义密码子使用度
Table 4 Relative synonymous codon usage of mitochondrial genes in Glycine
栽培大豆 G. max 野生大豆 G. soja
氨基酸 密码子
Amino acid Codon
基因组 高表达组 低表达组 基因组 高表达组 低表达组
Genome High experssion Low experssion Genome High experssion Low experssion
Phe / F TTT∗ 1.086 1.103 1.000 1.128 1.000 0.889
TTC 0.914 0.897 1.000 0.872 1.000 1.111
Leu / L TTA∗ 1.248 1.552 1.100 1.230 1.367 0.804
TTG 0.996 1.007 1.050 1.050 1.063 1.237
CTT∗ 1.362 1.385 1.300 1.398 1.557 1.361
CTC 0.804 0.671 1.150 0.792 0.570 1.237
CTA 0.936 0.671 0.800 0.888 0.835 0.804
CTG 0.654 0.713 0.600 0.642 0.608 0.557
Ile / I ATT∗ 1.254 1.514 1.017 1.221 1.387 1.109
ATC 0.885 0.943 1.220 0.924 0.903 1.043
ATA 0.861 0.543 0.763 0.855 0.710 0.848
Val/ V GTT∗ 1.208 1.278 1.254 1.156 1.151 1.018
GTC 0.852 0.722 0.836 0.836 0.822 1.309
GTA∗ 1.024 1.333 1.075 1.000 1.370 1.018
GTG 0.920 0.667 0.836 1.008 0.658 0.655
Ser/ S TCT 1.368 1.477 1.455 1.338 1.422 1.620
TCC∗ 1.140 1.385 0.864 1.140 1.378 1.051
TCA 1.134 1.200 1.227 1.104 1.067 1.226
TCG 0.774 0.554 0.864 0.840 0.622 0.745
AGT 0.900 0.738 0.727 0.900 0.978 0.657
AGC 0.684 0.646 0.864 0.678 0.533 0.701
Pro / P CCT∗ 1.452 1.928 1.014 1.448 2.089 1.0625
CCC 0.908 0.530 0.732 0.888 0.578 1.000
CCA 1.012 1.012 1.352 1.024 0.889 1.125
CCG 0.628 0.530 0.901 0.640 0.444 0.8125
Thr/ T ACT∗ 1.348 1.556 1.120 1.300 1.449 1.302
ACC 1.072 0.500 1.360 1.048 0.464 1.302
ACA∗ 1.060 1.278 1.040 1.096 1.449 1.116
ACG 0.520 0.667 0.480 0.556 0.638 0.279
Ala / A GCT∗ 1.504 2.025 1.500 1.456 2.085 1.222
GCC 0.996 0.642 0.714 1.040 0.563 0.889
GCA 0.928 0.790 0.929 0.936 0.958 0.778
GCG 0.572 0.543 0.857 0.568 0.394 1.111
Tyr/ Y TAT 1.440 1.500 1.600 1.426 1.405 1.333
TAC 0.560 0.500 0.400 0.574 0.595 0.667
His/ H CAT∗ 1.348 1.257 1.100 1.324 1.257 1.364
CAC 0.652 0.743 0.900 0.676 0.743 0.636
Gln / Q CAA∗ 1.244 1.421 1.059 1.288 1.318 1.091
CAG 0.756 0.579 0.941 0.712 0.682 0.909
Asn / N AAT∗ 1.286 1.375 0.950 1.276 1.235 0.971
AAC 0.714 0.625 1.050 0.724 0.765 1.029
Lys/ K AAA∗ 1.168 1.127 0.903 1.168 1.228 1.148
AAG 0.832 0.873 1.097 0.832 0.772 0.852
Asp / D GAT∗ 1.258 1.389 1.200 1.234 1.450 1.286
GAC 0.742 0.611 0.800 0.766 0.550 0.714
Glu / E GAA∗ 1.314 1.467 1.414 1.278 1.381 1.320
GAG 0.686 0.533 0.586 0.722 0.619 0.680
Cys/ C TGT∗ 1.154 1.043 1.000 1.154 1.412 1.200
TGC 0.846 0.957 1.000 0.846 0.588 0.800