Page 19 - 《广西植物》2025年第1期
P. 19
ｈｔｔｐ:/ / ｗｗｗ.ｇｕｉｈａｉａ－ｊｏｕｒｎａｌ.ｃｏｍ
Ｇｕｉｈａｉａ Ｊａｎ. ２０２５ꎬ ４５(１): １５－３０
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２３１２０２３
王其刚ꎬ 曹世睿ꎬ 王慧纯ꎬ 等ꎬ ２０２５. 中甸刺玫的叶绿体基因组特征及种内变异 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４５(１): １５－３０.
ＷＡＮＧ ＱＧꎬ ＣＡＯ ＳＲꎬ ＷＡＮＧ ＨＣꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２５. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｆｅａｔｕｒｅｓ ａｎｄ ｉｎｔｒａｓｐｅｃｉｆｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｏｓａ ｐｒａｅｌｕｃｅｎｓ [Ｊ].
Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４５(１): １５－３０.
中甸刺玫的叶绿体基因组特征及种内变异
王其刚 ꎬ 曹世睿 ꎬ 王慧纯 ꎬ 马长乐 ꎬ 晏慧君 ꎬ 邱显钦 ꎬ 景维坤 ꎬ 蹇洪英 １∗
１
１
１ꎬ２
１
１
１
２
( １. 云南省农业科学院花卉研究所ꎬ 昆明 ６５０２０５ꎻ ２. 西南林业大学 园林园艺学院ꎬ 昆明 ６５０２２４ )
摘 要: 中甸刺玫(Ｒｏｓａ ｐｒａｅｌｕｃｅｎｓ)是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物ꎬ也是著
名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源ꎬ种内存在丰富的表型多样性ꎮ 为了澄清中甸刺玫种内表型变
异的遗传背景ꎬ该文利用二代测序技术对 ４０ 个不同表型的中甸刺玫代表性个体的叶绿体基因组进行测序、
组装注释和比较分析ꎮ 结果表明:(１)中甸刺玫的基因组序列长 １５７ １７３~ １５７ ２６１ ｂｐꎬ植株间仅相差 ８８ ｂｐꎬ
共编码 １３２ 个功能基因ꎬ主要为与光合作用和自我复制相关的基因ꎮ 全部基因共由 ２７ １５５ 个密码子编码ꎬ
以 Ａ－和 Ｕ－为末端的密码子较常见ꎮ (２)中甸刺玫的叶绿体基因组共鉴定出 ３６ 个重复序列和 ７３ 个简单重
复序列(ＳＳＲｓ)ꎬ后者大部分为单核苷酸 ＳＳＲｓꎬ主要位于大单拷贝(ＬＳＣ) 区的基因间隔区ꎮ (３) 中甸刺玫种
内叶绿体全基因组的单倍型多样性为 ０.９２８± ０.０２７ꎬ核酸多态性( Ｐ ) 为０.０００ １２ꎻ位于 ＬＳＣ 的 ｐｅｔＮ￣ｔｒｎＤ、
ｉ
ｐｓａＡ￣ｙｃｆ３ 等基因间隔区ꎬ以及 ｒｐｓ１６ 和 ｙｃｆ１ 等基因的核酸多态性相对较高ꎻ不同表型的代表性个体的叶绿体
基因组间在结构上不存在大片段或基因的逆转或者丢失ꎮ 该研究结果表明ꎬ中甸刺玫种内在叶绿体基因组
大小、序列和结构等方面均高度保守ꎬ其种内丰富的表型多样性并非由叶绿体基因组变异而引起ꎮ
关键词: 中甸刺玫ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 比较基因组ꎬ 简单重复序列ꎬ 核酸多态性ꎬ 密码子偏好
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２５)０１￣００１５￣１６
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｆｅａｔｕｒｅｓ ａｎｄ ｉｎｔｒａｓｐｅｃｉｆｉｃ
ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｏｓａ ｐｒａｅｌｕｃｅｎｓ
１ꎬ２
１
２
１
ＷＡＮＧ Ｑｉｇａｎｇ ꎬ ＣＡＯ Ｓｈｉｒｕｉ ꎬ ＷＡＮＧ Ｈｕｉｃｈｕｎ ꎬ ＭＡ Ｃｈａｎｇｌｅ ꎬ
１ １ １ １∗
ＹＡＮ Ｈｕｉｊｕｎ ꎬ ＱＩＵ Ｘｉａｎｑｉｎ ꎬ ＪＩＮＧ Ｗｅｉｋｕｎ ꎬ ＪＩＡＮ Ｈｏｎｇｙｉｎｇ
( １. Ｆｌｏｗｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅꎬ Ｙｕｎｎａｎ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０２０５ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ２. Ｃｏｌｌｅｇｅ
ｏｆ Ｌａｎｄｓｃａｐｅ ａｎｄ Ｈｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒｅꎬ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０２２４ꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｒｏｓａ ｐｒａｅｌｕｃｅｎｓ ｉｓ ａ ｃｒｉｔｉｃａｌｌｙ ｅｎｄａｎｇｅｒｅｄ ａｌｐｉｎｅ ｗｉｌｄ ｆｌｏｗｅｒ ｅｎｄｅｍｉｃ ｔｏ Ｓｈａｎｇｒｉ￣Ｌａ Ｃｉｔｙ ｏｆ Ｙｕｎｎａｎ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ. Ｒｉｃｈ ｉｎ ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｗｉｔｈ ａ ｈｉｇｈ ｐｌｏｉｄｙ ｌｅｖｅｌ ｏｆ ｄｅｃａｐｌｏｉｄꎬ Ｒ. ｐｒａｅｌｕｃｅｎｓ ｉｓ ａ ｖｅｒｙ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｒｏｓｅ
ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅ. Ｉｎ ｏｒｄｅｒ ｔｏ ｃｌａｒｉｆｙ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ ｏｆ ｉｔｓ ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎꎬ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ４０
收稿日期: ２０２４－０２－０７ 接受日期: ２０２４－０３－０５
基金项目: 国家自然科学基金(３１９７２４４３)ꎻ 云南省高层次科技人才及创新团队选拔专项(２０２３０５ＡＳ３５０００２)ꎮ
第一作者: 王其刚(１９７７—)ꎬ硕士ꎬ研究员ꎬ研究方向为月季遗传育种ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)１７１０６８９７６＠ ｑｑ.ｃｏｍꎮ
∗
通信作者: 蹇洪英ꎬ博士ꎬ研究员ꎬ研究方向为月季种质资源研究与利用ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｙｎｗｉｌｄｆｌｏｗｅｒ＠ ａｌｉｙｕｎ.ｃｏｍꎮ
