Page 23 - 《广西植物》2025年第1期

１ 期 王其刚等: 中甸刺玫的叶绿体基因组特征及种内变异 １ ９

环内基因为正向转录ꎬ环外基因为反向转录ꎮ
Ｇｅｎｅｓ ｉｎｓｉｄｅ ｔｈｅ ｃｉｒｃｌｅ ａｒｅ ｆｏｒｗａｒｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄꎬ ｗｈｉｌｅ ｔｈｏｓｅ ｏｕｔｓｉｄｅ ｗａｓ ｒｅｖｅｒｓｅｌｙ ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ.
图 １ 中甸刺玫叶绿体基因组图
Ｆｉｇ. １ Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｍａｐ ｏｆ Ｒｏｓａ ｐｒａｅｌｕｃｅｎｓ

用有关的基因有 ４５ 个ꎬ与自我复制相关的基因有 ２.３ 中甸刺玫叶绿体基因组密码子偏好性
７６ 个ꎬ功能未知的其他基因共 １１ 个ꎮ ６ 个蛋白编码 中甸刺玫的叶绿体基因 组 密 码 子 使 用 频 率

基因(ｎｄｈＢ、ｒｐｌ２、ｒｐｌ２３、ｒｐｓ７、ｒｐｓ１２、ｙｃｆ２)、７ 个 ｔＲＮＡｓ (ＲＳＣＵ)如表 ４ꎮ 全部基因由 ２７ １５５ 个密码子编
( ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、 ｔｒｎＩ￣ＣＡＵ、 ｔｒｎＩ￣ＧＡＵ、 ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ、 ｔｒｎＮ￣ 码ꎬ其中亮氨酸( ｌｅｕｃｉｎｅ) 是使用频率最高的氨基
ＧＵＵ、ｔｒｎＲ￣ＡＣＧ、 ｔｒｎＶ￣ＧＡＣ) 和 ４ 个 ｒＲＮＡｓ ( ｒｒｎ１６、 酸ꎬ共编 码 了 其 中 的 ２ ７６５ 个 密 码 子ꎬ占 总 数 的
ｒｒｎ２３、ｒｒｎ ４.５、ｒｒｎ５)在 ＩＲ 区完全重复ꎮ 在 １３２ 个基 １０.８５％ꎬ而组氨酸(ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ)是使用频率最低的氨
因 中ꎬ ｐｅｔＢ、 ｐｅｔＤ、 ｎｄｈＡ、 ｎｄｈＢ、 ｒｐｓ１６、 ｒｐｌ２、 ｒｐｌ１６、 基酸ꎬ仅编码了其中的 ５３０ 个密码子ꎬ占总数的
ｒｐｏＣ１、 ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、 ｔｒｎＩ￣ＧＡＵ、 ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ、 ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ、 １.９５％ꎮ 以 Ａ－和 Ｕ－为末端的密码子较常见ꎬ除了
ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ 等 １３ 个基因有 １ 个内含子ꎬｙｃｆ３ 和 ｃｌｐＰ ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ、ｔｒｎＳ￣ＧＧＡ、 精 氨 酸 Ａｒｇ￣ＡＧＧ 和 甘 氨 酸
这 ２ 个基因各有 ２ 个内含子ꎬｒｐｓ１２ 为反式剪接的基 Ｇｌｙ￣ＧＧＧ 以外ꎬ所有的首选同义密码子( ＲＳＣＵ>１)
因ꎬ其 ５′端在 ＬＳＣ 区ꎬ而 ３′端在 ＩＲ 区重复ꎮ 都是以 Ａ 或 Ｕ 结尾ꎮ