Page 102 - 《广西植物》2025年第4期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ａｐｒ. ２０２５ꎬ ４５(４): ７１６－７２９
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２４０２０３１
行冰楠ꎬ 梁莹莹ꎬ 吴文如ꎬ 等ꎬ ２０２５. 不同来源广藿香叶绿体基因组研究 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４５(４): ７１６－７２９.
ＸＩＮＧ ＢＮꎬ ＬＩＡＮＧ ＹＹꎬ ＷＵ ＷＲꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２５. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｐｏｇｏｓｔｅｍｏｎ ｃａｂｌｉｎ ｆｒｏｍ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｏｒｉｇｉｎｓ [Ｊ].
Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４５(４): ７１６－７２９.
不同来源广藿香叶绿体基因组研究
行冰楠ꎬ 梁莹莹ꎬ 吴文如 ꎬ 陆亚茹ꎬ 邹何元ꎬ 彭晓祺
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( 广州中医药大学 中药学院ꎬ 广州 ５１０００６ )
摘 要: 为探究广藿香(Ｐｏｇｏｓｔｅｍｏｎ ｃａｂｌｉｎ)叶绿体基因组的结构特征ꎬ比较不同来源广藿香叶绿体基因组的
差异ꎬ该研究利用 ＤＮＢＳｅｑ 测序平台对广藿香全基因组进行测序ꎬ使用 ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ 组装完整的广藿香叶绿
体基因组ꎬ通过 ＣＰＧＡＶＡＳ２ 网站对该叶绿体基因组进行注释ꎬ对不同来源的广藿香叶绿体基因组进行基本
结构特征分析、ＩＲ / ＳＣ 的边界比较、基因组比较及共线性分析、简单重复序列及散在重复序列、多样性分析
和同义密码子相对使用度分析ꎮ 结果表明:(１) ２０ 个不同来源广藿香叶绿体基因组全长为 １５２ ４６１ ~
１５２ ５１０ ｂｐꎬ注释得到 １３２ 个基因ꎬ其中包含 ８７ 个 ＣＤＳ、３７ 个 ｔＲＮＡ 基因和 ８ 个 ｒＲＮＡ 基因ꎮ (２)ｍＶＩＳＴＡ 比
对发现 ａｔｐＦ、ａｔｐＦ－ａｔｐＨ、ｒｐｓ１６－ｔｒｎＱ￣ＵＵＧ、ｒｐｏＢ－ｔｒｎＣ￣ＧＣＡ、ａｃｃＤ、ｐｓａＩ－ｙｃｆ４、ｐｅｔＡ－ｐｓｂＪ、ｒｐｌ１６、ｒｐｓ１５－ｙｃｆ１ 为高变
区ꎮ (３)核酸多样性大于 ０.００２ 的位点位于 ｔｒｎＭ￣ＣＡＵ－ ａｔｐＢ 间隔区、ｙｃｆ４、ｒｐｌ３２、ｒｐｌ３２ － ｔｒｎＬ￣ＵＡＣ 间隔区ꎮ
(４)检测到共有 ６４ 种密码子编码 ２０ 个氨基酸ꎬ偏好性较强的密码子有 ３３ 个ꎬ其中以 Ａ / Ｕ 结尾的密码子占
大多数ꎮ (５)检测出 ７４~ ７６ 个 ＳＳＲ、１５~ １８ 个回文重复序列及 １２~ １７ 个正向重复序列ꎮ (６) 遗传距离分析
与系统发育分析发现ꎬ仅 ＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 与其他栽培类型的亲缘关系较远ꎮ 该研究获得了 ２０ 个不同来源广藿
香叶绿体基因组结构信息以及差异位点ꎬ为分子标记的开发及优良种质筛选提供了基础资料ꎮ
关键词: 广藿香ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 重复序列ꎬ 多样性ꎬ 同义密码子相对使用度
中图分类号: Ｑ９４３.２ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２５)０４￣０７１６￣１４
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｐｏｇｏｓｔｅｍｏｎ
ｃａｂｌｉｎ ｆｒｏｍ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｏｒｉｇｉｎｓ
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ＸＩＮＧ Ｂｉｎｇｎａｎꎬ ＬＩＡＮＧ Ｙｉｎｇｙｉｎｇꎬ ＷＵ Ｗｅｎｒｕ ꎬ ＬＵ Ｙａｒｕꎬ ＺＯＵ Ｈｅｙｕａｎꎬ ＰＥＮＧ Ｘｉａｏｑｉ
( Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ ５１０００６ꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｐｏｇｏｓｔｅｍｏｎ ｃａｂｌｉｎ ｐｏｓｓｅｓｓｅｓ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｍｅｄｉｃａｌ ａｎｄ ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ ｖａｌｕｅｓꎬ ａｓ ｉｔ ｃａｎ ｂｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ｍｅｄｉｃｉｎａｌ
ｐｕｒｐｏｓｅｓ ａｓ ｗｅｌｌ ａｓ ｆｏｒ ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ｏｉｌ ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ. Ｈｏｗｅｖｅｒꎬ ｔｈｅ ｙｉｅｌｄ ａｎｄ ｑｕａｌｉｔｙ ｏｆ Ｐ. ｃａｂｌｉｎ ｃａｎ ｖａｒｙ ｄｅｐｅｎｄｉｎｇ ｏｎ ｔｈｅ
ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ ａｎｄ ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ ｍｅａｓｕｒｅｓ ｅｍｐｌｏｙｅｄ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｒｅｇｉｏｎｓ ａｎｄ ｏｒｉｇｉｎｓ. Ｉｎ ｏｒｄｅｒ
收稿日期: ２０２４－０５－０３ 接受日期: ２０２４－０７－１０
基金项目: 中央本级重大增减支项目“名贵中药资源可持续利用能力建设项目”(２０６０３０２)ꎻ 广州中医药大学大学生创新创业训
练计划项目(２０２２１０５７２２３２)ꎮ
第一作者: 行冰楠(１９９３—)ꎬ硕士研究生ꎬ主要从事中药品种鉴定与质量标准研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)５２６９２８７３４＠ ｑｑ.ｃｏｍꎮ
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通信作者: 吴文如ꎬ教授ꎬ硕士研究生导师ꎬ主要从事中药品种鉴定与质量标准研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｗｕｗｅｎｒｕ＠ ｇｚｕｃｍ.ｅｄｕ.ｃｎꎮ
