Page 106 - 《广西植物》2025年第4期
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７ ２ ０ 广 西 植 物 ４５ 卷
１.２.９ 系统发育分析 使用 ＭＡＦＦＴ ｖ７.４９０ 对齐 ２０ 组中 ＳＳＲ 的分布情况( 图 ２)ꎬ共检测到 ７４ ~ ７６ 个
个广 藿 香 叶 绿 体 基 因 组 及 外 类 群 荆 芥 ( Ｎｅｐｅｔａ ＳＳＲꎬ以单核苷酸的重复为主ꎬ占 ７６％以上且以 Ｔ
ｃａｔａｒｉａ)的叶绿体基因组序列( ＭＴ６６３２２０.１)ꎬ生成 和 Ａ 为重复单元为主ꎬ与 Ｐ１ 等、Ｐ７ 等不同ꎬＧＳＹ＿
的 ｆａｓｔａ 文件使用 Ｉｑｔｒｅｅ ｖ２.２.０.３ 软件ꎬ以 ＭＦＰ 模 ＭＬＸＹ 叶绿体基因组在 ｒｐｓ２ 和 ｒｐｏＣ２ 间隔区处有 １
式ꎬ自展值 １ ０００ꎬ建立 ＭＬ 树ꎮ 个以(Ｃ)１５ 的 Ｃ 重复单元 ＳＳＲꎬ并且在 ｐｅｔＢ 内含
子处有 １ 个以(Ｇ)１１ 的 Ｇ 重复单元的 ＳＳＲꎮ 在不
２ 结果与分析 同来源的广藿香叶绿体基因组的 ＳＳＲ 中ꎬ６３ ~ ６４
个分 布 于 ＬＳＣ 区ꎬ 占 ８４％ 以 上ꎬ ＩＲ 区 仅 有 ２ 个
２.１ 广藿香叶绿体基因组构成 ＳＳＲꎮ Ｐ１ 等和 Ｐ７ 等广藿香叶绿体基因组检测到
广藿香叶绿体基因组为环状双 链 分 子 且 呈 ２７ 个散在重复序列、１５ 个回文重复序列、１２ 个正
典型的四分体结构( 图 １) ꎬ该结构包含 １ 个大单 向重复序列ꎬ而 ＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 的叶绿体基因组检测
拷贝区( ｌａｒｇｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙꎬＬＳＣ) ꎬ２ 个反向重复区 到 ３５ 个散在重复序列、１８ 个回文重复序列、１７ 个
( ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔꎬ ＩＲ) 和 １ 个 小 单 拷 贝 区 ( ｓｍａｌｌ 正向重复序列ꎮ 另外ꎬ广藿香叶绿体基因组均在
ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙꎬ ＳＳＣ ) ꎮ 基 因 组 长 度 为 １５２ ４６１ ~ ＬＳＣ 区ꎬ有 １ 个 ２０５ ｂｐ 的回文重复序列ꎬ此重复序
１５２ ５１０ ｂｐꎬＧＣ 含量约 为 ３８. ２％ꎮ ２０ 个 不 同 来 列在叶绿体基因组拼接时解环时就被发现ꎬ给广
源广藿香叶绿体基因组中除 ＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 的 ＳＳＣ 藿香叶绿体基因组的拼接与解环增加了难度ꎮ
长度 为 １７ ５７１ ｂｐ 以 外ꎬ 其 余 均 为 １７ ５８４ ｂｐꎻ ２.４ 边界收缩与扩张
ＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 的 ＩＲ 区长度为２５ ６６４ ｂｐꎬ其余均为 ＩＲ/ ＳＣ 区域边界的收缩和扩张是叶绿体变化的
２５ ６６２ ｂｐꎻＧＺＹ、Ｐ７、ＳＸ、ＳＺＳ、ＹＣ、ＹＦ２、ＺＱＸＹ、ＺＱＺＣ、 主要原因ꎮ 本研究比较了不同来源的广藿香叶绿
ＧＳＹ＿ＧＹ、 ＧＳＹ ＿ ＹＣ 的 ＬＳＣ 长 度 均 为 ８３ ５５４ ｂｐꎻ 体基因组与参考序列 ＮＣ＿０４２７９６.１ꎮ ＬＳＣ￣ＩＲｂ 的边
ＧＳＹ＿ＳＰ、ＧＳＹ＿ＹＮ、ＧＳＹ＿ＨＮ、Ｐ１、Ｐ３、Ｐ１０、ＹＣ２、 界位于基因 ｒｐｓ１９ 上ꎬＩＲｂ 区距边界最近的 ｒｐｌ２ 基
ＺＱＳＰ、ＧＹ 的 ＬＳＣ 长 度 均 为 ８３ ５５３ ｂｐꎻ ＧＳＹ ＿ 因ꎬ与边界的距离均为 ９７ ｐｂꎻＩＲｂ￣ＳＳＣ 的边界位于
ＭＬＸＹ 的 ＬＳＣ 长度为 ８３ ６１１ ｂｐ( 表 ２) ꎮ ２０ 个不 基因 ｎｄｈＦ 上ꎬ距离此边界最近的基因为 ｔｒｎＮꎬＰ１ 等
同来源广藿香的叶绿体基因组结构特征一致ꎬ说 和 Ｐ７ 等与此边界的距离为 １ ４２２ ｂｐꎬＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 与
明其叶 绿 体 基 因 组 结 构 保 守ꎮ 经 ＤＮＡＭＡＮ 比 此边界的距离为 １ ４２０ ｂｐꎻＳＳＣ￣ＩＲａ 的边界均位于基
对ꎬ Ｐ７、 ＧＺＹ、 ＳＸ、 ＳＺＳ、 ＹＣ、 ＹＦ２、 ＺＱＸＹ、 ＺＱＺＣ、 因 ｙｃｆ１ 上ꎬ最靠近此边界的也是 ｔｒｎＮꎬ距离大小与
ＧＳＹ＿ＧＹ、ＧＳＹ＿ＹＣ 这 １０ 个序列完全相同ꎬ以下 ＬＳＣ￣ＩＲｂ 边界的距离一致ꎬ这也体现了 ＩＲｓ 区的对
简 称 Ｐ７ 等ꎻ Ｐ１、 Ｐ３、 Ｐ１０、 ＧＳＹ ＿ ＳＰ、 ＧＳＹ ＿ ＹＮ、 称性ꎮ ＩＲａ￣ＬＳＣ 的边界位于非编码区ꎬ距离此边界
ＧＳＹ＿ＨＮ、ＹＣ２、ＺＱＳＰ、ＧＹ 这 ９ 个序列完全相同ꎬ 最近的基因分别为 ｒｐｌ２ 和 ｔｒｎＨꎬｔｒｎＨ 距离边界 １
以下简称 Ｐ１ 等ꎮ ｂｐꎬｒｐｌ２ 距离边界 ９７ ｂｐꎬ也与 ＬＳＣ￣ＩＲｂ 边界和 ＩＲｂ
２.２ 广藿香叶绿体基因组注释与归类 区的 ｒｐｌ２ 距离相同ꎮ 广藿香叶绿体基因组各分区边
共注释出 １３２ 个基因ꎬ这些基因中包含 ８７ 个 界的差异较小ꎬ收缩与扩张范围为 ０~２ ｂｐꎬ仅 ＧＳＹ＿
ＣＤＳ、３７ 个 ｔＲＮＡ 基因和 ８ 个 ｒＲＮＡ 基因ꎬ其中多拷 ＭＬＸＹ 的 ＩＲｓ 区有 ２ ｂｐ 的扩张(图 ３)ꎮ
贝基 因 有 １８ 个ꎬ 除 ｔｒｎＭ￣ＣＡＵ 为 ３ 个 拷 贝 外ꎬ ２.５ 叶绿体基因组比较与共线性分析
ｎｄｈＢ、ｒｐｌ２、 ｒｐｌ２３、 ｒｐｓ１２、 ｒｐｓ７、 ｒｒｎ１６、 ｒｒｎ２３、 ｒｒｎ４. ５、 设置 ＰＸ 叶绿体基因组为参考(ＮＣ＿０４２７９６.１)ꎬ
ｒｒｎ５、 ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、 ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ、 ｔｒｎＮ￣ＧＵＵ、 ｔｒｎＲ￣ＡＣＧ、 经过全 局 比 对 发 现 ｒｐｓ１６ － ｔｒｎＱ￣ＵＵＧ、 ａｔｐＦ、 ａｔｐＦ －
ｔｒｎＶ￣ＧＡＣ、ｙｃｆ１５、ｙｃｆ２、ｔｒｎＩ 均为 ２ 个拷贝ꎻ１８ 个基 ａｔｐＨ、ｒｐｏＢ － ｔｒｎＣ￣ＧＣＡ、 ａｃｃＤ、 ｐｓａＩ － ｙｃｆ４、 ｐｅｔＡ － ｐｓｂＪ、
因含有内含子ꎬ除 ｒｐｓ１２、ｃｌｐＰ、ｙｃｆ３ 含 ２ 个内含子以 ｒｐｌ１６、ｒｐｓ１５－ｙｃｆ１、ｙｃｆ１ 等为叶绿体基因组的高度可
外ꎬｎｄｈＡ、ｎｄｈＢ、ｐｅｔＢ、ｐｅｔＤ、ａｔｐＦ、ｒｐｌ１６、ｒｐｌ２、ｒｐｓ１６、 变区域ꎮ 此外ꎬＰ１ 等和 Ｐ７ 等序列相比对ꎬ仅 ｙｃｆ３－
ｒｐｏＣ１、 ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、 ｔｒｎＣ￣ＡＣＡ、 ｔｒｎＩ、 ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ、 ｔｒｎＬ￣ ｔｒｎＳ￣ＧＧＡ 间隔区有差异位点ꎬ可为植物鉴定和系统
ＵＡＡ、ｔｒｎＳ￣ＣＧＡ 均含 １ 个内含子(表 ３)ꎮ 发育研究提供参考( 图 ４)ꎮ 叶绿体基因组与参考
２.３ 简单重复序列与散在重复序列 ＰＸ 共线性分析结果呈单线型ꎬ广藿香叶绿体基因
利用在线工具 ＭＩＳＡ 检测广藿香叶绿体基因 组高度保守ꎬ未见倒置及重排现象(图 ５)ꎮ
