Page 104 - 《广西植物》2025年第4期
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７ １ ８ 广 西 植 物 ４５ 卷
基因组序列上的分布ꎬ设置单核苷酸重复单元大
１ 材料与方法 于等于 １０ 个ꎬ二核苷酸重复单元大于等于 ５ 个ꎬ
三核苷酸重复单元大于等于 ４ 个ꎬ四核苷酸重复
１.１ 材料 单元、五核苷酸重复单元、六核苷酸重复单元均大
样品采自广东广州、肇庆、阳江、云浮等地ꎬ经 于等于 ３ 个ꎮ 应用在线软件 ＲＥＰｕｔｅｒ(Ｋｕｒｔｚ ｅｔ ａｌ.ꎬ
广州中医药大学吴文如教授鉴定为唇形科刺蕊草 ２００１) ( ｈｔｔｐｓ: / / ｂｉｂｉｓｅｒｖ. ｃｅｂｉｔｅｃ. ｕｎｉ￣ｂｉｅｌｅｆｅｌｄ. ｄｅ /
属植物广藿香( Ｐｏｇｏｓｔｅｍｏｎ ｃａｂｌｉｎ)ꎮ 样品分为两 ｒｅｐｕｔｅｒ)检测叶绿体基因组中的散在重复序列ꎬ包
份ꎬ一份扦插ꎬ移栽于广州中医药大学时珍山药 括正向重复序列( Ｆ)、反向重复序列( Ｒ)、互补重
圃ꎬ另一份置于－２０ ℃ 冰箱保存ꎮ 采集的 ２０ 个广 复序列(Ｃ)和回文重复序列( Ｐ)ꎮ 基因组中的散
藿香叶绿体基因组序列及注释信息已上传至 ＮＣＢＩ 在重复序列识别参数设置:海明距离设置为 ３ꎬ最
数据库ꎬ实验样品采集信息和 ＧｅｎＢａｎｋ 登录号见 小重复 长 度 不 小 于 １１ ｂｐꎬ 其 他 为 默 认 值ꎬ 取 ｅ￣
￣５
表 １ꎮ ｖａｌｕｅ 不超过 １×１０ 的重复序列ꎮ
１.２ 方法 １.２.４ 边界收缩与扩张 使用 ＪＳＨＹ￣Ｃｌｏｕｄ( ｈｔｔｐ: / /
１.２.１ 基因组 ＤＮＡ 提取及测序 采用 ＣＴＡＢ 法提 ｃｌｏｕｄ. ｇｅｎｅｐｉｏｎｅｅｒ. ｃｏｍ:９９２９) 的 ＣＰＪＳｄｒａｗ 边 界 绘
取广藿香叶片总 ＤＮＡꎬ使用 Ｑｕｂｉｔ Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒ 核酸 制工具比较不同来源的广藿香叶绿体基因组与参
蛋白定量仪( 赛默飞世尔科技公司) 和 １％琼脂糖 考序列 ＮＣ＿０４２７９６.１ 反向重复区与单拷贝区的边
凝胶电泳检测总 ＤＮＡ 浓度和质量ꎮ 总 ＤＮＡ 经检 界(Ｒａｕｂｅｓｏｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００７)ꎬ可视化其结果ꎮ
测合 格 后ꎬ 交 由 华 大 基 因 科 技 有 限 公 司ꎬ 使 用 １.２.５ 叶 绿 体 基 因 组 比 较 与 共 线 性 分 析 使 用
ＤＮＢＳｅｑ 测序平台双末端测序策略构建片段大小 ｍＶＩＳＴＡ( Ｆｒａｚｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４) 在 线 软 件 ( ｈｔｔｐｓ: / /
为 １５０ ｂｐ 的测序文库进行测序ꎮ ｇｅｎｏｍｅ. ｌｂｌ. ｇｏｖ / ｖｉｓｔａ / ｍｖｉｓｔａ / ｓｕｂｍｉｔ. ｓｈｔｍｌ)ꎬ参数设
１.２.２ 叶绿体基因组组装及注释 测序得到原始 定中选择 ｓｈｕｆｆｌｅ￣ＬＡＧＡＮ 模式对 ２０ 个不同来源的
测 序 数 据ꎬ 使 用 ＳＯＡＰｎｕｋｅ 软 件 ( Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ 广藿香叶绿体基因组进行比较分析ꎬ以石牌广藿
２０１８) 对 低 质 量 数 据 进 行 过 滤ꎬ 去 除 带 接 头 香叶绿体基因组( ＮＣ＿０４２７９６.１) 作为参考ꎮ 使用
(ａｄａｐｔｅｒ)的 ｒｅａｄｓꎻ去除长度小于 １５０ ｂｐ 的 ｒｅａｄｓꎻ ｍａｕｖｅ(Ｄａｒｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４) ( ｖｅｒｓｉｏｎ ２０１５０２２６) 对
去除 Ｎ(Ｎ 表示无法确定碱基信息)的比例 １.０％以 广藿香叶绿体基因组进行共线性分析ꎮ
上的 ｒｅａｄｓꎻ去除 ｒｅａｄ 中 ｐｏｌｙＸ( Ｘ 可为 Ａ、Ｔ、Ｃ 或 １.２.６ 多样性位点分析 使用 ＭＡＦＦＴ ｖ７.４９０ 软件
Ｇ)长度超过 ５０ ｂｐ 的 ｒｅａｄｓꎻ去除低质量 ｒｅａｄｓ( 质 (Ｋａｔｏｈ ＆ Ｓｔａｎｄｌｅｙꎬ ２０１３)比对 ２０ 条叶绿体基因组
量值 Ｑ 小于和等于 ２０ 的碱基数占整条 ｒｅａｄ 长度 序列ꎬ对齐后导出 ｆａｓｔａ 格式文件ꎮ 将所得 ｆａｓｔａ 文
的 ３０％以上的 ｒｅａｄｓ)ꎬ将最后得到的 ｃｌｅａｎ ｄａｔａ 用 件导入 ＤｎａＳＰ( Ｒｏｚａｓ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７) ｖ６.１２.０３ 软件ꎬ
于后续分析ꎮ 使用 ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ( Ｊｉｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０) 计算 ２０ 个广藿香叶绿体基因组的核酸多样性水
ｖ１.７.７.０ 进行组装ꎬ参考数据库为 ｅｍｂｐｌａｎｔ＿ｐｔ( 陆 平ꎬ设 置 窗 口 长 度 ( ｗｉｎｄｏｗ ｌｅｎｇｔｈ) 为 ６００ꎬ 步 长
生植物叶绿体)ꎬ最大扩充循环数为 １０ꎬ调用 Ｋ￣ (ｓｔｅｐ ｓｉｚｅ)为 ２００ꎮ
ｍｅｒ 值 为 ２１、 ４５、 ６５、 ８５ꎻ 拼 接 完 成 后 用 Ｂａｎｄａｇｅ １.２.７ 同义密码子相对使用度( ｒｅｌａｔｉｖｅ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ
ｖ０.８.１ 软件可视ꎮ 使用 Ｇｅｎｅｎｉｏｕｓ ｖ９.０.２ 检查并调 ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅꎬ ＲＳＣＵ) 采用 ＣｏｄｏｎＷ ｖ１.４.４ 计算各
整 序 列ꎮ 以 广 藿 香 的 叶 绿 体 基 因 组 ( ＮＣ ＿ 基因的 ＲＳＣＵ( Ｄａｎａ ＆ Ｔｕｌｌｅｒꎬ ２０１４)ꎬ并利用在线
０４２７９６.１ ) 序 列 为 参 考ꎬ 通 过 ＣＰＧＡＶＡＳ２ 网 站 工 具 ＲＳＣＵ － 热 图 ( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ. ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ.
(ｈｔｔｐ: / / ４７. ９６. ２４９. １７２: １６０１９ / ａｎａｌｙｚｅｒ / ｈｏｍｅ) 进 ｃｏｍ.ｃｎ / ｐｌｏｔ＿ｂａｓｉｃ＿ｃｌｕｓｔｅｒ＿ｈｅａｔｍａｐ＿ｐｌｏｔ＿０２４) 绘制
行基因组注释ꎬ使用在线工具 ＯＧＤＲＡＷ( ｈｔｔｐｓ: / / 广藿香叶绿体基因组的 ＲＳＣＵ 热图ꎮ
ｃｈｌｏｒｏｂｏｘ.ｍｐｉｍｐ￣ｇｏｌｍ. ｍｐｇ. ｄｅ / ＯＧＤｒａｗ. ｈｔｍｌ) 绘 制 １.２.８ 遗传距离分析 使用“１.２.６” 项下经 ＭＡＦＦＴ
叶绿体基因组图谱ꎮ ｖ７.４９０ 对齐后的 ｆａｓｔａ 文件ꎬ导入 ＭＥＧＡ Ｘ 软件ꎬ形
１.２.３ 简单重复序列与散在重复序列 使用 ＭＩＳＡ 成 ｍｅｇａ 文件ꎬ设置自展值 Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ ｍｅｔｈｏｄ １ ０００ꎬ
(Ｂｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７) 软件的 Ｐｅｒｌ 脚本探索简单重 选择 ｐ￣ｄｉｓｔａｎｃｅ 模式ꎬ成对计算不同来源广藿香叶
复序列( ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓꎬＳＳＲ) 在叶绿体全 绿体基因组的遗传距离(Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８)ꎮ
