Page 123 - 《广西植物》2025年第5期
P. 123

5 期               彭晓梅等: 垂穗披碱草 TCP 转录因子家族鉴定及激素响应模式分析                                         9 2 7

                       表 4  Clean data 质量统计                    素合成通路存在负反馈调节ꎬ从而维持激素稳态ꎬ
                   Table 4  Statistics of Clean data quality   调控植株形态建成ꎮ
                      Reads 数量               GC 含量                 本研究首次利用 SMRT 技术获得了垂穗披碱
              样品                  碱基数量                Q30
                      Number of               GC               草的全长转录组数据ꎬ并对全长转录本进行功能
              Sample            Number of bases      (%)
                       Reads                 content
                                                               注释ꎮ 基于全长转录组数据鉴定到 26 个 TCP 转
              CK ̄1    21 591 401  6 461 740 072  55.48  93.36
                                                               录因子家族成员ꎬ并对其系统进化及保守基序进
              CK ̄2    24 923 567  7 463 230 832  56.00  92.59
              CK ̄3    26 817 251  8 030 051 808  55.63  92.56  行分析ꎬ同时对 4 种激素( IAA、6 ̄BA、ABA、JA) 处
             IAA ̄1 ̄1  24 859 447  7 443 929 914  55.23  92.90
                                                               理后 EnTCPs 家族成员的表达模式进行分析ꎬ并用
             IAA ̄1 ̄2  27 906 644  8 356 593 550  55.49  92.64
                                                               qRT ̄PCR 证实了转录组数据的可靠性ꎬ同时筛选
             IAA ̄1 ̄3  25 003 084  7 486 658 114  55.13  92.95
                                                               与激素响应相关的 EnTCPs 基因ꎮ 这些结果将为
             IAA ̄6 ̄1  27 737 807  8 305 417 660  55.80  92.74
                                                               后续 EnTCPs 基因功能研究奠定基础ꎬ同时为研究
             IAA ̄6 ̄2  28 759 233  8 610 794 344  55.76  92.73
             IAA ̄6 ̄3  26 959 975  8 072 710 152  55.62  92.46
                                                               EnTCPs 对激素响应的分子机制提供参考依据ꎮ
             6 ̄BA ̄1 ̄1  27 134 581  8 125 162 572  55.12  92.99
             6 ̄BA ̄1 ̄2  26 448 980  7 923 207 260  55.09  94.27
             6 ̄BA ̄1 ̄3  28 425 181  8 514 761 930  54.48  94.60
                                                               参考文献:
             6 ̄BA ̄6 ̄1  25 981 541  7 783 208 798  55.23  94.11
             6 ̄BA ̄6 ̄2  23 907 478  7 161 953 166  55.08  94.09
                                                               AGGARWAL Pꎬ DAS GUPTA Mꎬ JOSEPH APꎬ et al.ꎬ
             6 ̄BA ̄6 ̄3  25 166 257  7 539 534 454  55.50  93.88
                                                                 2010. Identification of specific DNA binding residues in the
             ABA ̄1 ̄1  26 633 239  7 976 245 194  55.42  92.42
                                                                 TCP family of transcription factors in Arabidopsis [J]. Plant
             ABA ̄1 ̄2  20 451 305  6 123 372 210  55.70  93.36
                                                                 Cellꎬ 22(4): 1174-1189.
             ABA ̄1 ̄3  23 857 960  7 144 896 962  55.63  92.48
                                                               BALLESTER Pꎬ NAVARRETEGÓMEZ Mꎬ CARBONERO Pꎬ
             ABA ̄6 ̄1  20 763 945  6 218 258 426  55.58  92.24
                                                                 et al.ꎬ 2015. Leaf expansion in Arabidopsis is controlled by a
             ABA ̄6 ̄2  27 794 030  8 316 177 302  55.22  92.70
                                                                 TCP ̄NGA regulatory module likely conserved in distantly
             ABA ̄6 ̄3  26 660 036  7 987 027 752  55.13  94.09
                                                                 related species [ J ]. Physiologia Plantarumꎬ 155(1):
              JA ̄1 ̄1  27 263 233  8 164 288 718  55.55  91.88
                                                                 21-32.
              JA ̄1 ̄2  20 375 650  6 098 831 692  56.06  93.62
                                                               CUBAS Pꎬ LAUTER Nꎬ DOEBLEY Jꎬ et al.ꎬ 1999. The TCP
              JA ̄1 ̄3  21 490 554  6 435 247 690  55.84  93.49
                                                                 domain: a motif found in proteins regulating plant growth and
              JA ̄6 ̄1  20 066 917  6 005 514 796  55.43  94.47
                                                                 development [J]. The Plant Journalꎬ 18(2): 215-222.
              JA ̄6 ̄2  20 014 216  5 989 140 730  54.95  92.69
                                                               CUI GWꎬ CHAI Hꎬ YIN Hꎬ et al.ꎬ 2019. Full ̄length
              JA ̄6 ̄3  20 593 575  6 165 306 832  56.42  94.50
                                                                 transcriptome sequencing  reveals  the  low ̄temperature ̄
              注: 设置 3 个生物学重复ꎮ IAA ̄1 ̄1 表示 IAA 处理 1 h 的第 1         tolerance mechanism of Medicago falcata roots [ J]. BMC
            个重复ꎬ以此类推其他ꎮ
                                                                 Plant Biologyꎬ 19: 575.
              Note: Set up three biological replicates. IAA ̄1 ̄1 represents the
                                                               DANISMAN Sꎬ IMMINK RGHꎬ 2012. Arabidopsis ClassⅠand
            first replicate of IAA treatment for 1 hꎬ and so on.
                                                                 Class Ⅱ TCP transcription factors regulate jasmonic acid
                                                                 metabolism and leaf development antagonistically [J]. Plant
            分裂素信号转导过程ꎻEn14028 可能参与脱落酸响                           Physiologyꎬ 159(4): 1511-1523.
            应ꎬ系统进化分析表明其与 AtTCP14 亲缘较近ꎬ推                        DANISMAN Sꎬ VAN DIJK ADꎬ BIMBO Aꎬ et al.ꎬ 2013.
                                                                 Analysis of functional redundancies within the Arabidopsis
            测 En14028 通过抑制脱落酸合成基因 ABA1 的转
                                                                 TCP transcription factor family [J]. Journal of Experimental
            录来阻碍 ABA 信号转导ꎻEn108950 可能参与茉莉                        Botanyꎬ 64(18): 5673-5685.
            酸响应ꎬ它与 AtTCP1 亲缘较近ꎬ而 AtTCP1 主要参                    DING SCꎬ CAI ZZꎬ DU HWꎬ et al.ꎬ 2019. Genome ̄wide
            与油菜素类固醇的合成ꎻEn16325 可能参与多种激                           analysis of TCP family genes in Zea mays L. identified a role
                                                                 for ZmTCP42 in drought tolerance [J]. International Journal
            素 信 号 转 导 通 路ꎬ 它 与 AtTCP9、 AtTCP19 和
                                                                 of Molecular Sciencesꎬ 20(11): 2762.
            AtTCP11 亲缘关系较近ꎬ其中 AtTCP9 参与茉莉酸                     DUAN Qꎬ LUO Qꎬ TANG Qꎬ et al.ꎬ 2023. Comprehensive
            信号转导ꎬ而 AtTCP19 和 AtTCP11 参与激素调控                      transcripts analysis based on single ̄molecule real ̄time
                                                                 sequencing and Illumina sequencing provides insights into
            通路的分子机制暂不清晰ꎮ 此外ꎬ本研究发现 7
                                                                 the mining of Toll ̄like receptor family in Schizothorax
            个 EnTCPs 家族成员表达量上调或下调并未呈现                            lissolabiatus  [ J ].  Fish  &  Shellfish  Immunologyꎬ
            出规律性变化ꎬ这可能是由于 TCP 转录因子与激                             140(1): 108963.
   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128