Page 5 - 《广西植物》2025年第5期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｍａｙ ２０２５ꎬ ４５(５): ８０９－８２３
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２３０８０６５
曲荣举ꎬ 才让扎西ꎬ 毛轩睿ꎬ 等ꎬ ２０２５. 高山植物唐古红景天叶绿体基因组特征及系统发育分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４５(５):
８０９－８２３
ＱＵ ＲＪꎬ ＣＡＩ Ｒａｎｇｚｈａｘｉꎬ ＭＡＯ ＸＲꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２５. Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｌｐｉｎｅ ｐｌａｎｔ
Ｒｈｏｄｉｏｌａ ｔａｎｇｕｔｉｃａ (Ｃｒａｓｓｕｌａｃｅａｅ) [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４５(５): ８０９－８２３.
高山植物唐古红景天叶绿体基因组特征及系统发育分析
曲荣举 ꎬ 才让扎西 ꎬ 毛轩睿 ꎬ 刘玉萍 １ꎬ２ꎬ３ ꎬ 苏 旭 １ꎬ２ꎬ３∗ ꎬ
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胡夏宇 ꎬ 杨 萍 ꎬ 李小莉 ꎬ 孙成林 ꎬ 靳佳瑞 １
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( １. 青海师范大学 生命科学学院ꎬ 西宁 ８１０００８ꎻ ２. 青海师范大学 青海省青藏高原生物多样性形成机制与
综合利用重点实验室ꎬ 西宁 ８１０００８ꎻ ３. 青海师范大学 高原科学与可持续发展研究院ꎬ 西宁 ８１００１６ )
摘 要: 为明确西北地区重要药用植物唐古红景天(Ｒｈｏｄｉｏｌａ ｔａｎｇｕｔｉｃａ) 的叶绿体基因组结构特点、基因信
息和系统发育关系ꎬ该研究利用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖａＳｅｑ６０００ 对基因组进行了测序ꎬ运用 ＧｅＳｅｑ、ＰＧＡ、ＮＯＶＯＰｌａｓｔｙ、
ＩＲｓｃｏｐｅ、ＭＩＳＡ 等多种生物信息学分析软件对其结构、基因功能和亲缘关系进行分析ꎮ 结果表明:(１) 唐古
红景天的叶绿体基因组呈四分体环状结构ꎬ由 ８２ １２１ ｂｐ ＬＳＣ、１６ ９９６ ｂｐ ＳＳＣ 和 ２５ ８７３ ｂｐ ＩＲ 区构成ꎬ全长
１５０ ８６３ ｂｐꎬ总 ＧＣ 含量为 ３７.８％ꎬＩＲ 区 ＧＣ 含量最高( ４２.９％)ꎻ编码 １３１ 个基因ꎬ包括 ８５ 个 ＰＣＧｓ、３８ 个
ｔＲＮＡｓ 和 ８ 个 ｒＲＮＡｓꎮ (２)检测到 ３２ ４７１ 个密码子ꎬ其中编码半胱氨酸(Ｃｙｓ)最少(１.１８％)、异亮氨酸(Ｉｌｅ)
密码子占比最多(８.２４％)ꎬ２９ 种密码子的 ＲＳＣＵ 值均大于 １ꎮ (３)ＩＲ 区分析显示ꎬｒｐｓ１９ 和 ｎｄｈＦ 均向 ＩＲＢ 扩
张ꎮ (４)系统发育分析表明ꎬ唐古红景天与四裂红景天(Ｒ. ｑｕａｄｒｉｆｉｄａ) 的亲缘最近ꎬ分歧时间估计显示红景
天属(Ｒｈｏｄｉｏｌａ)物种的起源时间平均为 １５.５０ Ｍｙａ(９５％ ＨＰＤ:６.０~ ２１.０ Ｍｙａ)ꎮ 该研究结果明晰了唐古红景
天的叶绿体基因组特征ꎬ获得了红景天属物种较为合理的系统发育关系ꎬ为红景天属遗传多样性研究、适应
性进化机制讨论以及种质资源保护等提供了理论依据ꎮ
关键词: 红景天属ꎬ 唐古红景天ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 系统发育ꎬ 密码子偏好性
中图分类号: Ｑ９４９.４ꎻ Ｑ９４１ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２５)０５￣０８０９￣１５
Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｌｐｉｎｅ ｐｌａｎｔ Ｒｈｏｄｉｏｌａ ｔａｎｇｕｔｉｃａ (Ｃｒａｓｓｕｌａｃｅａｅ)
１ １ １ １ꎬ２ꎬ３ １ꎬ２ꎬ３∗
ＱＵ Ｒｏｎｇｊｕ ꎬ ＣＡＩ Ｒａｎｇｚｈａｘｉ ꎬ ＭＡＯ Ｘｕａｎｒｕｉ ꎬ ＬＩＵ Ｙｕｐｉｎｇ ꎬ ＳＵ Ｘｕ ꎬ
１ １ １ １ １
ＨＵ Ｘｉａｙｕ ꎬ ＹＡＮＧ Ｐｉｎｇ ꎬ ＬＩ Ｘｉａｏｌｉ ꎬ ＳＵＮ Ｃｈｅｎｇｌｉｎ ꎬ ＪＩＮ Ｊｉａｒｕｉ
( １. Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｑｉｎｇｈａｉ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｘｉｎｉｎｇ ８１０００８ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ２. Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ａｎｄ
Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｑｉｎｇｈａｉ￣Ｔｉｂｅｔ Ｐｌａｔｅａｕ ｉｎ Ｑｉｎｇｈａｉ Ｐｒｏｖｉｎｃｅꎬ Ｑｉｎｇｈａｉ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｘｉｎｉｎｇ ８１０００８ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ
３. Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｐｌａｔｅａｕ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｕｓｔａｉｎａｂｉｌｉｔｙꎬ Ｑｉｎｇｈａｉ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｘｉｎｉｎｇ ８１００１６ꎬ Ｃｈｉｎａ )
收稿日期: ２０２４－０８－２１ 接受日期: ２０２４－１０－１７
基金项目: 第二次青藏高原综合科学考察研究项目(２０１９ＱＺＫＫ０５０２)ꎻ 青海省自然科学基金面上项目(２０２２￣ＺＪ￣９１３)ꎮ
第一作者: 曲荣举(２０００—)ꎬ硕士研究生ꎬ研究方向为高山植物遗传多样性和系统进化ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ＱＵ２０３４６２＠ １６３.ｃｏｍꎮ
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通信作者: 苏旭ꎬ博士ꎬ教授ꎬ研究方向为高山植物遗传多样性和系统进化ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｘｕｓｕ８５２７９７２＠ １２６.ｃｏｍꎮ
