Page 8 - 《广西植物》2025年第5期
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８ １ ２ 广 西 植 物 ４５ 卷
(Ｒ. ｈｏｂｓｏｎｉｉ) 和大果红景天( Ｒ. ｍａｃｒｏｃａｒｐａ) 的分 表 １ 唐古红景天叶绿体基因组特征信息
歧时间为 ６.３２ ~ ２０.２３ Ｍｙａꎮ 利用 ＰＡＭＬ 软件包中 Ｔａｂｌｅ １ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
的 ＭＣＭＣＴｒｅｅ 软 件 估 算 红 景 天 属 物 种 的 分 化 时 ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｒｈｏｄｉｏｌａ ｔａｎｇｕｔｉｃａ
间ꎬ获取参数使用 Ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅ 方法ꎬ速率相关的分 指标 项目 数值
Ｉｎｄｅｘ Ｉｔｅｍ Ｖａｌｕｅ
子钟和 ＪＣ６９ 替代模型ꎬ做 ２ 次重复计算ꎬ观察其
基因组大小 ＬＳＣ 区域 ８２ １２１
一致性( 本次试验 ２ 次重复的相关性是 １)ꎬ验证 Ｇｅｎｏｍｅ ｓｉｚｅ (ｂｐ) ＬＳＣ ｒｅｇｉｏｎ
ＭＣＭＣＴｒｅｅ 软件结果是否收敛ꎮ ＩＲＡ 和 ＩＲＢ 区域 ２５ ８７３
ＩＲＡ ａｎｄ ＩＲＢ ｒｅｇｉｏｎｓ
２ 结果与分析 ＳＳＣ 区域 １６ ９９６
ＳＳＣ ｒｅｇｉｏｎ
叶绿体基因组大小 １５０ ８６３
２.１ 叶绿体基因组基本特征 Ｓｉｚｅ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ
本研 究 测 序 获 得 ８ ７０４ ７０１ 条 ２. ６ Ｇ Ｒａｗ 基因数量 基因总数 １３１
Ｇｅｎｅ ｎｕｍｂｅｒ Ｔｏｔａｌ ｇｅｎｅｓ
Ｒｅａｄｓꎬ数据过滤后得到 ８ ４８９ ４４７ 条 ２.５５ Ｇ Ｃｌｅａｎ
蛋白编码基因 ８５
Ｒｅａｄｓꎮ 唐古 红 景 天 叶 绿 体 基 因 组 组 装 后 全 长
Ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓ
１５０ ８６３ ｂｐꎬ由一对反向重复序列( ＩＲＡ 和 ＩＲＢꎬ各
转运 ＲＮＡ ３８
２５ ８７３ ｂｐ)、一个大单拷贝( ＬＳＣꎬ８２ １２１ ｂｐ) 和一 ｔＲＮＡ
个小单拷贝(ＳＳＣꎬ１６ ９９６ ｂｐ) 组成ꎬ隶属于典型的 核糖体 ＲＮＡ ８
ｒＲＮＡ
四分 体 环 状 结 构 ( 表 １、 图 １ )ꎻ 总 ＧＣ 含 量 为
重复基因 １８
３７.８％ꎬ其中 ＩＲ 区 ＧＣ 含量最高(４２.９％)ꎬＬＳＣ 和 Ｄｕｐｌｉｃａｔｅ ｇｅｎｅｓ
ＳＳＣ 区 ＧＣ 含量分别为 ３５.８％和 ３１.８％ꎻ唐古红景 ＬＳＣ 区域的基因 ８６
天叶绿体基因组共编码 １３１ 个基因ꎬ包含 ８ 个核糖 Ｇｅｎｅｓ ｏｎ ＬＳＣ ｒｅｇｉｏｎ
体 ＲＮＡ(ｒＲＮＡｓ)、３８ 个转运 ＲＮＡ(ｔＲＮＡｓ)和 ８５ 个 ＩＲＡ 和 ＩＲＢ 区域的基因 １８
Ｇｅｎｅｓ ｏｎ ＩＲＡ ａｎｄ ＩＲＢ ｒｅｇｉｏｎｓ
蛋白编码基因( ＰＣＧｓ)ꎬ其中 ８６ 个基因位于 ＬＳＣ
ＳＳＣ 区域的基因 １３
区、１３ 个基因位于 ＳＳＣ 区、１８ 个基因位于 ＩＲ 区ꎻ Ｇｅｎｅｓ ｏｎ ＳＳＣ ｒｅｇｉｏｎ
ＩＲ 区 基 因 由 ４ 个 ｒＲＮＡ ( ｒｒｎ２３、 ｒｒｎ４. ５、 ｒｒｎ１６、 ＧＣ 含量 ＬＳＣ 区域 ３５.８
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ (％) ＬＳＣ ｒｅｇｉｏｎ
ｒｒｎ５)ꎬ ７ 个 ｔＲＮＡ ( ｔｒｎＩ￣ＧＡＵ、 ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ、 ｔｒｎＩ￣ＣＡＵ、
ＩＲＡ 和 ＩＲＢ 区域 ４２.９
ｔｒｎＲ￣ＡＣＧ、 ｔｒｎＶ￣ＧＡＣ、 ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、 ｔｒｎＮ￣ＵＧＧ )ꎬ ５ 个 ＩＲＡ ａｎｄ ＩＲＢ ｒｅｇｉｏｎｓ
ＰＣＧｓ(ｒｐｌ２３、ｒｐｓ１２、ｒｐｌ２、ｎｄｈＢ、ｒｐｓ７) 和 ２ 个功能未 ＳＳＣ 区域 ３１.８
ＳＳＣ ｒｅｇｉｏｎ
知的基因( ｙｃｆ２ 和 ｙｃｆ１) 组成( 表 １、表 ２)ꎮ 此外ꎬ
总 ＧＣ 含量 ３７.８
唐古红景天叶绿体基因组中 ｃｌｐＰ１ 和 ｒｐｓ１２ 含有 ２
Ｔｏｔａｌ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ
个内含子ꎬｐｅｔＢ、ｐｅｔＤ、ａｔｐＦ、ｎｄｈＡ、ｎｄｈＢ、ｒｐｏＣ１、ｒｐｌ２、
ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ、 ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ、 ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、 ｔｒｎＧ￣ＵＣＣ、 ｔｒｎＩ￣
ＧＡＵ、ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ 均含 １ 个内含子ꎬ上述这些基因包 ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅꎬ ＲＳＣＵ) 值大于 １ 的简并
含 ９ 个蛋白编码基因和 ６ 个 ｔＲＮＡｓꎬ而其他基因均 密码子共 ２９ 种( 表 ３)ꎬ表明唐古红景天叶绿体基
因组中 密 码 子 存 在 使 用 偏 倚ꎬ 其 中 编 码 精 氨 酸
不含内含子(表 ２)ꎮ
２.２ 密码子偏好性 (Ａｒｇ)的密码子 ＡＧＡ 使用偏倚最高ꎬＲＳＣＵ 值为
唐古红景天叶绿体基因组密码子偏好性分析 １.８０３ꎻ几 乎 所 有 ＲＳＣＵ 值 大 于 １ 的 密 码 子 均 以
Ａ / Ｕ结尾(ＵＵＧ 除外)ꎮ 此外ꎬ色氨酸(Ｔｒｐ) 和甲硫
结果显示ꎬ１０４ 条 ＣＤＳ 序列的编码基因包含３２ ４７１
个密码子ꎬ代表 ２３ 种氨基酸(表 ３、图 ２)ꎮ 这些密 氨酸(Ｍｅｔ)仅由 １ 个密码子编码ꎬ没有密码子偏好
码子中ꎬ 编 码 亮 氨 酸 ( Ｌｅｕ) 的 密 码 子 占 比 最 多 (图 ２)ꎮ
(１０.７９％)ꎬ其次是编码丝氨酸(Ｓｅｒ)(８.３９％) 和异 ２.３ 简单重复位点(ＳＳＲ)分析
亮氨酸(Ｉｌｅ)(８.２４％)的密码子ꎬ半胱氨酸(Ｃｙｓ)最 唐古红景天叶绿体基因组检测到 ２ 种不同重
少ꎬ仅 １.１８％(表 ３)ꎮ 相对同义密码子使用(ｒｅｌａｔｉｖｅ 复单元类型的 ＳＳＲ ( 单核苷酸和双核苷酸) 共 ３８
