Page 185 - 《广西植物》2026年第3期

３ 期 王飞等: 花椒主要栽培种叶绿体基因组比较及密码子使用偏好分析 ５ ６ １

属 ( Ｐｒｉｎｓｅｐｉａ)、 青 冈 亚 属 ( Ｃｙｃｌｏｂａｌａｎｏｐｓｉｓ)、 榛 属 ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ａｐｏｍｉｘｉｓ ｉｎ Ｚａｎｔｈｏｘｙｌｕｍ ｂｕｎｇｅａｎｕｍ [ Ｊ].
(Ｃｏｒｙｌｕｓ)植物中均变异丰富( 卫永乐等ꎬ２０１８ꎻ陈 ＢＭＣ Ｐｌａｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ ２１(１): １７８.
ＦＥＮＧ Ｓ Ｊꎬ ２０１７. Ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ
晓丽等ꎬ２０２４)ꎬ可作为变异热点区进行后续研究ꎮ
Ｚａｎｔｈｏｘｙｌｕｍ ｓｐｅｃｉｅｓ [ Ｄ]. Ｙａｎｇｌｉｎｇ: Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ Ａ ＆ Ｆ
同时ꎬ本研究基于 ｒｐｏＢ －ｔｒｎＣ￣ＧＣＡ－ｐｅｔＮ 高变区序 Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ. [冯世静ꎬ ２０１７. 花椒遗传结构及系统发育的
列ꎬ构建了花椒主要栽培种的系统发育树ꎮ 该系 研究 [Ｄ]. 杨凌: 西北农林科技大学.]
统发育树以极高的支持率对花椒属的 ６ 种植物进 ＧＡＯ Ｘ Ｚꎬ ＴＡＮＧ Ｌꎬ ＷＡＮＧ Ｙꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｉｎｔｒａｓｐｅｃｉｆｉｃ
ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｗｉｔｈｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ ａ ｒａｒｅ ａｎｄ
行了划分ꎬ３ 个花椒品种和 ３ 个竹叶花椒品种均准
ｅｎｄａｎｇｅｒｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓ Ｐａｐｈｉｏｐｅｄｉｌｕｍ ｐａｒｉｓｈｉｉ ( Ｏｒｃｈｉｄａｃｅａｅ)
确归类至各自的种分支下ꎮ 同时ꎬ发现川陕花椒 [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４４(１): １－１４. [高鑫祯ꎬ 唐露ꎬ 汪雨ꎬ 等ꎬ
２０２４. 珍稀濒危飘带兜兰叶绿体全基因组种内变异研究
和花椒在同一个小分支上ꎬ表明其亲缘关系较近ꎬ
可能两者为同一起源地或起源地距离较近( 冯世 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４４(１): １－１４.]
ＧＵＯ Ｊ Ｘꎬ ＨＵＡＮＧ Ｘꎬ ＹＡＮＧ Ｍ Ｈꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ
静ꎬ２０１７)ꎮ 这与刘涵等(２０２３)基于全长叶绿体基
ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ
因组构建的芸香科系统发育树中花椒属植物分类 Ｂｅｔｕｌａｃｅａｅ [ Ｊ ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ
结果基本一致ꎬ说明筛选到的高变区在花椒属中 Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬ ２５(１０): ７４－ ８３. [郭佳星ꎬ 黄祥ꎬ 杨梅花ꎬ
等ꎬ ２０２３. 桦木科叶绿体基因组密码子偏好性及系统发育
具有较强的特异性ꎬ这也从侧面验证了研究结果
分析 [Ｊ]. 中国农业科技导报ꎬ ２５(１０): ７４－８３.]
的可靠性ꎮ ＨＥＮＲＩＱＵＥＺ Ｌ Ｃꎬ ＡＢＤＵＬＬＡＨꎬ ＡＨＭＥＤ Ｉꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０.
花椒和竹叶花椒叶绿体基因组结构、基因数 Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｉｎ ｓｕｂｆａｍｉｌｙ
目和功能类别等具有较高的相似性ꎬ基因组中的 Ａｒｏｉｄｅａｅ (Ａｒａｃｅａｅ) [Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ １１２(３): ２３４９－２３６０.
ＨＥＲＬＩＡＮＡ Ｌꎬ ＣＨＡＩＲＵＮＩＳＡꎬ ＷＡＨＹＵＮＩꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３.
重复序列和 ＳＳＲ 较为丰富ꎻ其密码子具有较明显
Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｌｉｔｈｏｃａｒｐｕｓ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ
的 Ａ / Ｔ 偏好性且多是受自然选择的影响ꎻ基因组 ｒｅｖｅａｌｓ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ ｌｏｃｉ [Ｊ]. ＩＯＰ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ
序列变异位点丰富且集中分布在少数编码基因上 Ｓｅｒｉｅｓ: Ｅａｒｔｈ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ １２７１(１): １７５５.
ＨＯＵ Ｎꎬ ２０１９. Ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｕｌｔｉｌｅｖｅｌ
和几个特定的基因间隔区内ꎬ如 ｙｃｆ１ 和 ｒｐｏＢ－ｔｒｎＣ￣
ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｏｆ Ｚａｎｔｈｏｘｙｌｕｍ [ Ｄ ]. Ｙａｎｇｌｉｎｇ:
ＧＣＡ－ｐｅｔＮꎻ基于此特异性区间构建的系统发育树 Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ Ａ ＆ Ｆ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ. [侯娜ꎬ ２０１９. 花椒多层次种
能对花椒主要栽培种及品种进行较为准确的归类 质资源遗传变异分析 [Ｄ]. 杨凌: 西北农林科技大学.]
ＨＵ Ｘ Ｙꎬ ＸＵ Ｙ Ｑꎬ ＨＡＮ Ｙ Ｚꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９. Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ
划分和亲缘关系鉴定ꎮ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｚｉｚｉｐｈｕｓ ｊｕｊｕｂａ ｖａｒ.
ｓｐｉｎｏｓａ [Ｊ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔꎬ ３９(６):
６２１－６２８. [胡晓艳ꎬ 许艳秋ꎬ 韩有志ꎬ 等ꎬ ２０１９. 酸枣叶绿
参考文献:
体基因组密码子使用偏性分析 [Ｊ]. 森林与环境学报ꎬ
３９(６): ６２１－６２８.]
ＣＨＥＮ Ｘ Ｌꎬ ＨＵＡＮＧ Ｔꎬ ＬＩ Ｂ Ｙꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
ＨＵＡＮＧ Ｐ Ｘꎬ ＧＡＯ Ｙ Ｍꎬ ＬＩＵ Ｎ Ｘꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０. ＩｎＤｅｌ ｍａｒｋｅｒ
ｇｅｎｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｕｄｙ ｏｆ Ｑｕｅｒｃｕｓ ｇｌａｕｃｏｉｄｅｓ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｉｎ ｓｕｇａｒ ｂｅｅｔ
[Ｊ]. Ｍｏｄｅｒｎ Ｈｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒｅꎬ ４７(１１): ３７－４０. [陈晓丽ꎬ 黄 [Ｊ]. Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｓｕｇａｒꎬ ４２(３): １－６. [黄平仙ꎬ 高
婷ꎬ 李卜宇ꎬ 等ꎬ ２０２４. 滇青冈叶绿体基因组分析及系统 永明ꎬ 刘乃新ꎬ 等ꎬ ２０２０. 基于全基因组重测序技术分析
发育研究 [Ｊ]. 现代园艺ꎬ ４７(１１): ３７－４０.] 甜菜 ＩｎＤｅｌ 标记 [Ｊ]. 中国糖料ꎬ ４２(３): １－６.]
ＤＡＩ Ｇ Ｎꎬ ＳＨＡＮＧ Ｍ Ｙꎬ ＷＡＮＧ Ｊ Ｌꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｃｏｄｏｎ ｂｉａｓ ＨＵＡＮＧ Ｑ Ｑꎬ ２０２３. Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ ａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ
ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓｉｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｉｎ ｍｅｄｉｃｉｎａｌ ｈｉｓｔｏｒｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｚａｎｔｈｏｘｙｌｕｍ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｗｈｏｌｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
ｐｌａｎｔｓ ｏｆ Ｌｉｌｉｕｍ [Ｊ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ ５５(１１): ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ [Ｄ]. Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ: Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ Ｔｈｒｅｅ Ｇｏｒｇｅｓ
３８３５－３８４４. [代国娜ꎬ 尚明越ꎬ 王嘉乐ꎬ 等ꎬ ２０２４. 百合属 Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ. [黄勤琴ꎬ ２０２３. 基于叶绿体全基因组序列的
药用植物叶绿体基因组密码子偏好性及系统发育研究 花椒属系统发育关系及其演化历史分析 [Ｄ]. 重庆: 重
[Ｊ]. 中草药ꎬ ５５(１１): ３８３５－３８４４.] 庆三峡学院.]
ＤＡＩ Ｑ Ｌꎬ ＺＨＵ Ｈ Ｘꎬ ＷＥＩ Ｚꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ＫＥＡＲＳＥ Ｍꎬ ＭＯＩＲ Ｒꎬ ＷＩＬＳＯＮ Ａꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２. Ｇｅｎｅｉｏｕｓ
ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｔｗｏ Ｐｈｏｅｂｅ ｐｌａｎｔｓ ｂａｓｉｃ: ａｎ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ａｎｄ ｅｘｔｅｎｄａｂｌｅ ｄｅｓｋｔｏｐ ｓｏｆｔｗａｒｅ
[Ｊ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎｏｒｔｈｅａｓｔ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ ５２(６): ５８－ ｐｌａｔｆｏｒｍ ｆｏｒ ｔｈｅ ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ
６３ꎬ ８４. [戴前莉ꎬ 朱恒星ꎬ 魏卓ꎬ 等ꎬ ２０２４. ２ 种楠属植物 [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ ２８(１２): １６４７－１６４９.
叶绿体基因组特征及系统发育 [Ｊ]. 东北林业大学学报ꎬ ＬＥＥ Ｊꎬ ＫＡＮＧ Ｊ Ｓꎬ ＳＨＩＭ Ｈꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９. Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ
５２(６): ５８－６３ꎬ ８４.] ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓꎬ ｎｕｃｌｅａｒ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＤＮＡｓꎬ ａｎｄ
ＦＥＩ Ｘ Ｔꎬ ＬＥＩ Ｙꎬ ＱＩ Ｙ Ｃꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１. Ｓｍａｌｌ ＲＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｕｓｉｎｇ ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ
ｐｒｏｖｉｄｅｓ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｍｉＲＮＡ￣ｔａｒｇｅｔ ｐａｉｒｓ ｆｏｒ ｒｅｖｅａｌｉｎｇ ｔｈｅ ｔｗｏ Ｅｕｏｎｙｍｕｓ ｈａｍｉｌｔｏｎｉａｎｕｓ ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｂｒｅｅｄｉｎｇ