Page 90 - 《广西植物》2020年第12期
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ϟ԰ 期            朱晓林等᧥ 沙特番茄黄化曲叶病毒 ዛࣷ԰ 基因编码蛋白的生物信息学分析                                       ϟ Ꭾ Ꭾ ጢ
            ϟ঎԰঎ጢ 三级结构জ 通过 ୩ۼ᧧୩୩ᥘᨃ᧕ጶᓂྉ ᓂᔽႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ
            ԰ԡϟऐɯ对沙特番茄黄化曲叶病病毒基因 ዛࣷ԰ 编码
            蛋白的三维结构进行同源建模ᤥ
            ϓॹᇺ 系统发育树的构建
                 通过 શऊା᧧ 对 ϟሕ 个物种 ዛࣷ԰ 基因编码蛋白序
            列进行同源比对分析ᖔ再利用 ᥘጶ᥈ዶ ᣮྉ ۼᑕႿ੫ ᔀᡷ
            ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟᎮ ɯ 软件中的邻接法 ྉ Ⴟᔀᔽ੫ၤᤦᆍʢ᥋ᢼᆍᔽႿᔽႿ੫
            ቝᔀᡷၤᆍʛᖔશȮɯ构建系统发育树ᤥ


            ԰জ 结果与分析
                                                                ዛ঎ 丙氨酸ଫ ቴ঎ 精氨酸ଫ ટ঎ 天冬酰胺ଫ ᦵ঎天冬氨酸ଫ ࣷ঎半胱氨
            ԣॹϓ 沙特番茄黄化曲叶病毒 ௴ʗዛۗ 氨基酸序列                           酸ଫ ͅ঎ 谷氨酰胺ଫ ጛ঎ 谷氨酸ଫ ᤩ঎ 甘氨酸ଫ ̵঎ 组氨酸ଫ ᧇ঎ 异亮氨
                                                                酸ଫ ᒦ঎ 亮氨酸ଫ ᣞ঎ 赖氨酸ଫ ᤹঎ 蛋氨酸ଫ Þ঎ 苯丙氨酸ଫ ۗ঎ 脯氨
                 沙特番茄黄化曲叶病毒 ዛࣷ԰ 基因 ᥈ᔀႿାᑕႿҴ 登
                                                                酸ଫ ୒঎ 丝氨酸ଫ ௴঎ 苏氨酸ଫ ۩঎ 色氨酸ଫ ɔ঎ 酪氨酸ଫ Ⴌ঎ 缬氨酸ଫ
            录号为 શऊᡸԡ԰԰԰԰ँ঎ϟᖔ其编码的蛋白 ఋʢዶ۪ 氨基酸                     ᧣঎ 吡咯赖氨酸ଫ І঎ 硒代半胱氨酸ᤥ
            序列为 ᥘ۪͐୩୩۪୩ఋ୩̀ऊ୩͐჆۪᧧᣽჆͐̀᣽ᓂዶ᣽᣽᣽᧧᧧኏኏኏                 ዛ঎ዶ᤟ᑕଫ ቴ঎ዶʢ੫ଫ ટ঎ዶ༁Ⴟଫ ᦵ঎ዶ༁ᡱଫ ࣷ঎ऊᢃ༁ଫ ͅ঎᥈᤟Ⴟଫ ጛ঎᥈᤟ࣼଫ
                                                                ᤩ঎᥈᤟ᢃଫ ̵঎̀ᔽ༁ଫ ᧇ঎᧧᤟ᔀଫ ᒦ঎ᓂᔀࣼଫ ᣞ঎ᓂᢃ༁ଫ ᤹঎ᥘᔀᡷଫ Þ঎۪ၤᔀଫ ۗ঎۪ʢᆍଫ
            ኏ᓂ᧕ᓂ᧕ऊ᥈ऊ୩ɟɟᓂ̀᧧શऊఋશ̀᥈èఋ̀኏᥈ఋ̀̀ऊ୩୩᥈શጶۼ
                                                                ୒঎୩ᔀʢଫ ௴঎ఋၤʢଫ ۩঎ఋʢᡱଫ ɔ঎ఋᢃʢଫ Ⴌ঎჆ᑕ᤟ଫ ᧣঎۪ᢃ᤟ଫ І঎୩ᔀዹ঎
            ኏èɟᓂ᥈᧕᣽͐୩۪ᓂè͐᧕۪̀͐͐኏ጶዶఋ͐̀ጶ͐኏̀શèશఋશ۪
                                                                  图 ϟজ 番茄 ዛࣷ԰ 基因编码蛋白的各氨基酸成分
            ᧧͐୩͐̀͐ጶ᥈჆᥈᧕୩͐ᥘè୩͐ᓂ۪શᓂ᧕᧕ᓂఋዶ୩᧕ۼ୩èᓂ᣽୩᧧ᤥ
                                                                   èᔽ੫঎ ϟজ ዶቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ዹᆍቝᡱᆍႿᔀႿᡷ༁ ᆍ஦ ᡷᆍቝᑕᡷᆍ ዛࣷ԰
            对沙特番茄黄化曲叶病毒 ዛࣷ԰ 基因完整编码蛋白
                                                                             ੫ᔀႿᔀ ᔀႿዹᆍʛᔽႿ੫ ᡱʢᆍᡷᔀᔽႿ
            序列进行 ାᓂዶ୩ఋ 分析ᖔ将其与同源性较高的从
            શऊା᧧ 里下载的卷心菜ྉ 序列号᧥ શ۪ᡸᤃ԰ԡऐऐᎮ঎ϟɯܦ南                  ԻᔽቝቝᔀʢቝᑕႿ 方案ྉ图 ԰᧥ାɯ评分位于 ϟ঎Ꭾ࿗ऐ ጲ ሕँ঎ᤃ࿗ԡ

            非木薯 ྉ 序列号᧥ શ۪ ᡸᤃ԰ԡᤃᤃ࿗঎ ϟɯܦ棉花 ྉ 序列号᧥                间ᖔ因此可预测该蛋白高极性区位于 ԰ϟ ጲ ሕ࿗ 位氨
            ऊ᧕ᨃጢԡԡሕጢ঎ϟɯܦ云南烟草 ྉ序列号᧥ શ۪ᡸᎮ԰԰ጢጢጢ঎ϟɯܦ               基酸间ଫ̀ᆍᡱᡱ ᪲ ۼᆍᆍʛ༁ 方案ྉ 图 ԰᧥ऊɯ 评分表明其
            甘薯 ྉ 序列号᧥ શ۪ ᡸ ऐԡऐᎮᎮԡ঎ ϟɯܦ 胡椒 ྉ 序列号᧥               最大值为 ϟ঎ँሕሕᖔ最小值为ͱϟ঎ϟጢᤃᖔ因此该蛋白高
            શ۪ᡸԡጢԡԡϟᤃ঎ϟɯܦ台湾番茄ྉ序列号᧥ɟ۪ᡸԡԡϟँጢԡ԰ሕᤃ঎ϟɯܦ豆            亲水性区域位于 ԰ϟ ጲ ሕጢ 位氨基酸间ଫାࣼ᤟ҴᔽႿᔀ༁༁ 参

            类 ྉ 序列号᧥ શ۪ ᡸ ᤃϟ԰ጢँᤃ঎ ϟ ɯܦ 土豆 ྉ 序列号᧥               数ྉ图 ԰᧥᧕ɯ 位于 ϟԡ঎ጢᎮ࿗ ጲ ϟऐ঎ϟԡሕ 之间ᖔ其蛋白的
            શ۪ᡸऐԡऐᎮጢᎮ঎ϟɯܦ海南番茄ྉ序列号᧥ɟ۪ᡸԡԡሕϟԡ࿗Ꭾ࿗ँ঎ϟɯܦ番            高松 散区域位于 ϟ԰ ጲ ሕሕ 位氨基酸间ଫ ዶ׹ᔀʢᑕ੫ᔀ

            木瓜 ྉ序列号᧥શ۪ᡸᤃऐँ࿗ᤃԡ঎ϟɯ 和云南番茄ྉ序列号᧥                    ஦᤟ᔀ଴ᔽᤦᔽ᤟ᔽᡷᢃ 参数ྉ图 ԰᧥ጶɯ得分位于 ԡ঎ሕँᎮ ጲ ԡ঎࿗ँ࿗ 间ᖔ
            ɟ۪ᡸԡԡऐԡᤃԡ࿗ԡϟ঎ϟɯ等序列构建系统发育树ᤥ                         因此其高柔韧 性 区 域 在 ԰ጢ ጲ ሕᎮ 位氨基酸之间ଫ
            ԣॹԣ 蛋白结构分析                                         ȮᑕႿᔽႿ 方案ྉ图 ԰᧥èɯ评分位于ͱϟ঎ԡᤃᎮ ጲ ԡ঎԰ጢᤃ 间ᖔ其
            ԰঎԰঎ϟ 一级结构জ 预测结果显示ᖔ该蛋白共含 ϟሕጢ                       高可及性区位于 ሕᤃ ጲ ࿗࿗ 位氨基酸间ᤥ
            个氨基酸ᖔ其分子量为ϟጢ ᤃ࿗ԡ঎ሕऐᖔ等电点为 ऐ঎ᤃᎮᖔ                     ԰঎԰঎԰ 二级结构分析预测জ 由图 ሕ 可知ᖔ无规则卷
            带负电荷氨基酸残基数为ྉዶ༁ᡱ շ ᥈᤟ࣼɯϟ԰ 个ᖔ带正                      曲在整 个 多 肽 链 主 链骨架上所占比例最大ᖔ 为
            电荷残基数为 ྉዶʢ੫ շ ᓂᢃ༁ɯ ϟጢ 个ଫ 分子式为                      ጢऐ঎ጢ԰ᠮᖔ由 Ꭾँ 个氨基酸构成ᖔ且其较为突出的区
            ऊ   ̀   શ  ᨃ   ୩ ᖔ原子总数为԰ ϟሕᎮ个ଫ不稳定指                 域是 ϟ ጲ ϟጢܦᎮϟ ጲ ऐሕܦँጢ ጲ ϟϟϟᖔ其次为 ም᥋螺旋ᖔ为
              ᤃᎮᤃ  ϟԡሕᎮ  ԰ϟϟ  ԰ԡᤃ  Ꭾ
            数为 ᤃϟ঎ሕᎮଫ消光系数为ϟጢ ࿗Ꭾԡ ቝᆍ᤟ኼᓂ ᖔ 对应吸                   ԰ጢ঎ϟँᠮᖔ由 ሕ࿗ 个氨基酸构成ᖔ 其较突出 部 位 为
                                                 ᥋ϟ
            光值是 ԡ঎ँऐँᤥ 脂肪族氨基酸指数为 ጢ࿗঎ऐँଫ各个                      ϟᤃ ጲ ሕ࿗ܦऐ࿗ ጲ ँ࿗ᖔ而该氨基酸序列无 Ꮗ᥋转角与 Ꮗ᥋折
            氨基酸组成如图 ϟ 所示ᖔ其中丝氨酸ܦ谷氨酰胺的                           叠ᖔ而延伸链占 ϟᤃ঎ሕԡᠮᤥ 则该番茄蛋白主要二级
            比例最高ᖔ分别为 ϟϟ঎ϟᠮܦϟԡ঎࿗ᠮᖔ蛋氨酸ܦ色氨酸                       结构元件为无规则卷曲与 ም᥋螺旋ᤥ 按照蛋白质二
                                                               级结构划分标准来看ᖔ沙特番茄黄化曲叶病毒基
            的比例最低ᖔ均为 ϟ঎ጢᠮᤥ
                 ጶ଴ᡱᑕ༁ᢃ 平台预测结果显示 ኏ᔀ᤟ᑕᡷᔽ׹ᔀ ቝࣼᡷᑕᤦᔽ᤟ᔽᡷᢃ           因编 码产物在结构上 属 于 混 合 型 ྉ ୩Ҵᆍ᤟ႿᔽዹҴ ᪲
            参数ྉ图 ԰᧥ዶɯ得分位于 ጢሕ঎ԡԡԡ ጲ ϟԡԡ঎ጢጢᤃ 间ᖔ即该                èᔀᡷʢᆍऔᖔ ԰ԡԡԡଫ 曹建等ᖔ԰ԡϟ԰ɯᤥ
                                                                   如图 ࿗ 所示ᖔ 经预测ᖔఋʢዶ۪ 的 ϟ ጲ ϟሕጢ 位氨基
            蛋 白高突变区位于 ँጢ ጲ ϟԡሕ 位 氨 基酸间ଫ
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