Page 33 - 《广西植物》2020年第7期

７ 期 唐向民等: 栽培大豆和野生大豆线粒体基因组密码子使用偏性的比较分析 ９ ２ ９

基因组编码序列的 ＧＣ１、ＧＣ２ 和 ＧＣ３ꎬ在野生大豆 成相似ꎮ 在野生大豆中ꎬＮｃ 还与线粒体基因组编
中呈两两显著相关ꎬ表明其密码子第 １ 位、第 ２ 位 码基因的 ＧＣ 含量( ＧＣｃｄｓ) 及最优密码子使用频
和第 ３ 位的碱基组成相似ꎻ而在栽培大豆中 ＧＣ１ 率(Ｆｏｐ)呈极显著相关ꎬ与 ＣＢＩ 呈显著相关ꎻ而在
与 ＧＣ２ 及 ＧＣ３ 的相关性均未达显著水平ꎬ仅 ＧＣ２ 栽培大豆中ꎬＮｃ 与 ＧＣｃｄｓ 及 Ｆｏｐ 均不显著( 表 ２)ꎮ

和 ＧＣ３ 显著相关ꎬ表明其密码子第 １ 位与第 ２ 位、 这表明两种大豆属植物线粒体基因组密码子偏性
第 ３ 位的碱基组成不同ꎬ第 ２ 位和第 ３ 位的碱基组 的影响因素有所差异ꎮ

表 ２ 大豆线粒体基因密码子偏性相关参数的相关性
Ｔａｂｌｅ ２ Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｍａｉｎ ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｃｏｄｏｎｓ ｉｎ Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍｔＤＮＡ

栽培大豆 Ｇ. ｍａｘ
野生大豆
Ｇ. ｓｏｊａ
ＧＣ１ ＧＣ２ ＧＣ３ Ｎｃ ＧＣ３ｓ Ｌ＿ａａ ＧＣｃｄｓ Ｇｒａｖｙ ＣＡＩ ＣＢＩ Ｆｏｐ
ＧＣ１ － ０.１２５ ０.１８７ ０.１３６ ０.２０４ ０.１７６ ０.５７１∗∗ －０.２３９∗ ０.０９４ ０.０３４ ０.０２９
ＧＣ２ ０.２２６∗ － ０.２４７∗ －０.１２６ ０.２７２∗ －０.０６３ ０.６８０∗∗ －０.１０５ ０.１７０ ０.４０８∗∗ ０.４４９∗∗

ＧＣ３ ０.２９２∗ ０.２２６∗ － ０.２６４∗ ０.９８９∗∗ －０.３０１∗∗ ０.７６６∗∗ －０.２２２∗ ０.０７８ ０.５６４∗∗ ０.５６６∗∗
Ｎｃ ０.１２４ ０.１０４ ０.３９８∗∗ － ０.２６７∗ ０.０５６ ０.１４４ －０.２１４ －０.１３７ －０.００９ ０.００８
ＧＣ３ｓ ０.２９８∗∗ ０.２３４∗ ０.９９２∗∗ ０.４１０∗∗ － －０.３０３∗∗ ０.７８０∗∗ －０.２６４∗ ０.０７７ ０.５８４∗∗ ０.５８８∗∗
Ｌ＿ａａ ０.１８１ －０.０６０ －０.２２５∗ ０.０４２ －０.２２８∗ － －０.１４３ ０.１９０ －０.１１６ －０.３０８∗∗ －０.２９５∗∗
ＧＣｃｄｓ ０.６８４∗∗ ０.６８３∗∗ ０.７４８∗∗ ０.３０８∗∗ ０.７５０∗∗ －０.０６８ － －０.２７６∗ ０.１６６ ０.５３６∗∗ ０.５５５∗∗
Ｇｒａｖｙ －０.１５２ －０.２１０ －０.３２２∗∗ －０.１２４ －０.３４８∗∗ ０.２２０∗ －０.３３０∗∗ － ０.３１１∗∗ ０.０１７ －０.０９５
ＣＡＩ ０.１８２ －０.１０４ －０.００７ ０.１０４ －０.０１０ －０.０２８ ０.０２５ ０.２３２∗ － ０.５６４∗∗ ０.５６４∗∗
ＣＢＩ ０.１９３ ０.２７９∗ ０.４５５∗∗ ０.２７３∗ ０.４７８∗∗ －０.１６５ ０.４４９∗∗ －０.１０４ ０.４３５∗∗ － ０.９７６∗∗

Ｆｏｐ ０.１６９ ０.３２７∗∗ ０.４７４∗∗ ０.２９０∗∗ ０.４９９∗∗ －０.１７１ ０.４７１∗∗ －０.２４５∗ ０.４５８∗∗ ０.９６６∗∗ －
注: ∗∗. 在 ０.０１ 水平上显著相关ꎻ∗. 在 ０.０５ 水平上显著相关ꎮ
Ｎｏｔｅ: Ｏｎｅ ａｓｔｅｒｉｓｋ (∗) ａｎｄ ｔｗｏ ａｓｔｅｒｉｓｋｓ (∗∗) ｉｎｄｉｃａｔｅ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎｓ ａｔ ０.０５ ａｎｄ ０.０１ꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ.

Ａ. 栽培大豆ꎻ Ｂ. 野生大豆ꎮ ＧＣ１２ 表示密码子第 １ 位、第 ２ 位碱基 ＧＣ 平均含量ꎻＧＣ３ 表示第 ３ 位碱基 ＧＣ 含量ꎮ
Ａ. Ｇ. ｍａｘꎻ Ｂ. Ｇ. ｓｏｊａ. ＧＣ１２ ｍｅａｎｓ ａｖｅｒａｇｅ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｆｉｒｓｔ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｅｃｏｎｄ ｐｏｓｉｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅｓｅ ｃｏｄｏｎｓꎬ ＧＣ３ ｍｅａｎｓ ｔｈｅ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ
ｔｈｉｒｄ ｐｏｓｉｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｄｏｎｓ.
图 １ 碱基组成对密码子偏性影响的中性绘图分析
Ｆｉｇ. １ Ｎｅｕｔｒａｌｉｔｙ ｐｌｏｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｂａｓｅ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｏｎ ｃｏｄｏｎ ｂｉａｓ