Page 47 - 《广西植物）》2021年第1期
P. 47

ϟ 期                 申长卫等᧥ 南瓜 ୩ۼጶጶఋ 蛋白家族的全基因组鉴定与进化分析                                          ࿗ ሕ
            为是 串联复制基因 ྉ ۼᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟԡɯᤥ 使用                 员的氨基酸序列ᤥ 图 ԰ 结果显示ᖔϟᎮ 个 ऊቝ୩ۼጶጶఋ
            ᣞᐹᣞ໧ ዹᑕ᤟ዹࣼ᤟ᑕᡷᆍʢ 计 算 同义替换率 ྉ ᣞ໧ɯᖔ 依据公式              蛋白有 Ꭾ 个 ఋᥘ༁ᖔϟ 个 ऊቝ୩ۼጶጶఋ 蛋白有 ጢ 个 ఋᥘ༁ᖔ
                          ᥋ᤃ
            ௴ ᢉ ᣞ໧ ᣰ԰ڙġϟԡ ྉᥘɟዶɯྉጶቝᑕႿࣼᔀ᤟༁༁ᆍႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡԡԡɯ      其余 的 ሕ 个 ऊቝ୩ۼጶጶఋ 蛋白 ྉऊቝ୩ۼጶጶఋϟᤦܦ
            来计 算 ୒۩ጛጛ௴ 基因的分化时间 ྉ ௴ɯᖔ 式中 ڙ 为                    ऊቝ୩ۼጶጶఋጢᤦ 和 ऊቝ୩ۼጶጶఋᎮᤦɯ有 ᤃ 个 ఋᥘ༁ᤥ

                   ᥋ऐ                                          ԣॹᇺ 中国南瓜 ୒۩ጛጛ௴ 蛋白的系统发育及结构分析
            ϟ঎ጢġϟԡ ᤥ
                                                                   为更好地了解南瓜 ୒۩ጛጛ௴ 基因的进化起源和
            ԰জ 结果与分析                                           功能ᖔ利用 ऊ᤟ࣼ༁ᡷᑕ᤟ ᨃቝᔀ੫ᑕ 和 ᥘጶ᥈ዶ ጢ঎ϟԡ 软件ᖔ通过

                                                               对 ԰ϟ 个 ऊቝ୩ۼጶጶఋ 蛋白序列和 ϟᎮ 个 ዶᡷ୩ۼጶጶఋ 蛋
            ԣॹϓ 南瓜 ୒۩ጛጛ௴ 基因家族成员的鉴定及其在染色                        白序列进行比对ᖔ构建了无根系统发育树ᤥ 这些
            体上的分布                                              ୩ۼጶጶఋ 蛋白序列被分为 ࿗ 个亚族ྉ图 ሕɯᤥ 图 ሕ 比
                 由表 ϟ 可知ᖔ从中国南瓜基因组中共鉴定出                         较了中国南瓜和拟南芥四个不同分支中的 ୩ۼጶጶఋ
            ԰ϟ 个具有保守结构域的 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因ᤥ԰ϟ 个                       蛋 白数量ᤥ 每 个分支都包含 ऊቝ୩ۼጶጶఋ 和
            ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因根据其在拟南芥中的同源基因命                           ዶᡷ୩ۼጶጶఋᤥ 详细地说ᖔ第 ᧧ 亚族包含 ሕ 个 ऊቝ୩ۼጶጶఋ༁

            名ᤥ 每个 ዛᡙ୒۩ጛጛ௴ 基因对应 ϟጲጢ 个 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基                 ྉऊ༁୩ۼጶጶఋϟᑕܦ ऊ༁୩ۼጶጶఋϟᤦ 和 ऊ༁୩ۼጶጶఋሕɯ 和 ሕ 个
            因ᤥ ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因的开放阅读框ྉᨃ኏èɯ 的长度                       ዶᡷ୩ۼጶጶఋ༁ ྉ ዶᡷ୩ۼጶጶఋϟ᥋ሕɯଫ 第֒亚族包含 ጢ 个
            在 ጢँᎮ ጲ ँϟऐ ᤦᡱ 之间ᖔ编码多肽的长度在 ϟँऐ ጲ ሕԡጢ               ऊቝ୩ۼጶጶఋ༁ ྉऊቝ୩ۼጶጶఋጢᑕ᥋ጢᤦܦऊቝ୩ۼጶጶఋᎮᑕ᥋Ꭾዹɯ和 ጢ 个
            ᑕᑕ 之间ᤥ 这些 ୩ۼጶጶఋ 多肽的分子量ྉ᧕ᑕɯ 和等电                     ዶᡷ୩ۼጶጶఋ༁ ྉ ዶᡷ୩ۼጶጶఋ࿗᥋ऐɯଫ 第 ᎏ 亚族包含 ँ 个
            点ྉᡱ᧧ɯ 分别为԰ϟ ँँऐ঎Ꭾϟ ጲ ሕሕ ँᎮ࿗঎ጢँ ᧕ᑕ 和 Ꭾ঎ጢϟ ጲ         ऊቝ୩ۼጶጶఋ༁ ྉऊ༁୩ۼጶጶఋँܦऊ༁୩ۼጶጶఋϟԡᑕ᥋ϟԡᤦܦऊ༁୩ۼጶጶఋϟ԰ᑕ᥋
            ँ঎ ऐሕᤥ 此外ᖔ 除了 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟ԰ዞ 在线粒体中ܦ                    ϟ԰ᔀ 和 ऊ༁୩ۼጶጶఋϟጢᑕ᥋ϟጢᤦɯ和Ꭾ 个 ዶᡷ୩ۼጶጶఋ༁ ྉዶᡷ୩ۼጶጶఋँ᥋
            ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟᎮᐹ 在细胞膜 ᣰ 高尔基体 ᣰ 过氧化物酶体                    ϟጢɯଫ第 ᧧჆ 亚族包含 ሕ 个 ऊቝ୩ۼጶጶఋ༁ ྉऊቝ୩ۼጶጶఋϟᎮᑕ᥋

            中ᖔ其他 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴໧ 都定位在细胞膜上ᤥ                            ϟᎮዹɯ和 ԰ 个 ዶᡷ୩ۼጶጶఋ༁ ྉዶᡷ୩ۼጶጶఋϟᤃ᥋ϟᎮɯྉ图 ሕɯᤥ
                 由图 ϟ 可知ᖔ共有 ԰ϟ 个 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因位于 ԰ϟ                   对基因结构的分析可以为 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因家
            条染色体中的 ϟሕ 条染色体上ᤥ 染色体 ऊቝᆍϟጢ 含有                      族的外显子ͱ内含子和系统发育关系提供有价值

            最多 的 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因 ྉ࿗ 个ᖔϟँᠮɯᖔ 而染色体                    的信 息ᤥ 在构建的系统发育树的 基 础 上ᖔ 利用
            ऊቝᆍԡԡܦऊቝᆍԡϟܦऊቝᆍԡሕܦऊቝᆍԡጢܦऊቝᆍԡᎮܦऊቝᆍԡँܦऊቝᆍϟँ          ᥈୩᧕୩ 工具分析了 ԰ϟ 个 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因的外显子ͱ
            和 ऊቝᆍ԰ԡ 上没有 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因ᤥ 染色体 ऊቝᆍϟԡ 上                内含子结构ܦ内含子阶段和保守基序ྉ 图 ࿗ɯᤥ 基
            含有 ሕ 个 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因ᖔ染色体 ऊቝᆍϟϟܦऊቝᆍϟ԰ 和                序分析发现基序 ϟܦ԰ܦሕ 和 ጢ 在所有的中国南瓜
            ऊቝᆍϟሕ 上都含有 ԰ 个 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因ᖔ其余每一条                    ୩ۼጶጶఋ 蛋白中都存在ྉ 图 ࿗᧥ ዶᖔ ାଫ图 ጢɯଫ基序 ࿗
            染色体含有 ϟ 个 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基因ᤥ 由表 ԰ 可知ᖔ共                    只在 ऊቝ୩ۼጶጶఋϟᎮᤦ 中不存在ᖔ 基序 Ꭾ 除在
            线性 分析发现共有 ࿗ 对同源基因 对ᖔ 分别是                           ऊቝ୩ۼጶጶఋϟ԰ᑕܦऊቝ୩ۼጶጶఋϟᎮᤦ 蛋白中缺失ᖔ 在其他

            ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟᐹᡸࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟᤇܦࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟ԰ᐹᡸࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟ԰ʐܦ         蛋白中都存在ଫ基序 ᤃ 只在第ᎏܦ第 ᧧჆ 亚族中存在ଫ
            ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟԡᐹᡸࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟԡᤇܦࣷቂ୒۩ጛጛ௴Ꭾᤇᡸࣷቂ୒۩ጛጛ௴Ꭾዞᖔ         基序 ऐܦँܦ和 ϟԡ 只存在个别蛋白中ྉ图 ࿗᧥ ାɯᤥ 外显
            其中依据氨基酸序列一致性ᢦऐԡᠮ和基因比对覆                             子ͱ内含子分类模式与系统发育树一致ྉ图 ࿗᧥ ऊɯᤥ
            盖率ᢦԡ঎Ꭾጢᖔ本研究在中国南瓜染色体上共发现                            在中国南瓜 ୒۩ጛጛ௴ 基因家族中ᖔ所有 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ 基
            ϟ 对 片 段复制基因对 ྉ ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟԡᤇ ᡸ                        因的 基因组序列都含有内 含 子ᤥ ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟ԰ᐹ᤬
            ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟԡᐹɯᖔᣞᐹ ᣰ ᣞ໧ጐϟ঎ԡ 表明这些复制对主要                  ϟ԰ʐܦϟጢᐹ᤬ϟጢᤇܦϟԡᐹ᤬ϟԡᤇܦँܦϟᎮᐹܦϟᎮዞܦϟᐹ᤬ϟᤇܦሕ 和 ጢᐹ 包
            经历了纯化选择ᖔ分化时间为 ԰ԡ঎ϟሕ ᥘɟዶᤥ                           含 ᤃ 个外显子ᖔ除 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟጢᐹ 外ᖔ它们的内含子
            ԣॹԣ 中国南瓜 ୒۩ጛጛ௴ 蛋白的跨膜结构分析                           阶段模式相似ྉ图 ࿗᧥ ऊɯᤥ ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟ԰ᓣܦᎮᐹ᤬Ꭾዞ 都包

                 使用默认值以 èዶ୩ఋዶ 格式提交 给 ఋᥘ̀ᥘᥘ                     含 ጢ 个外显子ᖔ除 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟ԰ᓣ 外ᖔ它们的内含子
            ୩ᔀʢ׹ᔀʢ ׹঎ ԰঎ԡ 推测了中国南瓜 ୩ۼጶጶఋ 蛋白 ԰ϟ 个成               阶段模式相似ᤥ 此外ᖔࣷቂ୒۩ጛጛ௴ϟᎮᤇ 和 ࣷቂ୒۩ጛጛ௴ጢᤇ
   42   43   44   45   46   47   48   49   50   51   52