Page 137 - 《广西植物》2021年第11期

ϟϟ 期 李江莹等᧥ 印度血桐与中平树基因组调查及 ୩୩኏ 分子标记分析 ϟ ऐ ँ ँ
结果的野生植株ᖔ于 ԰ԡϟँ 年 Ꭾ 月采自西双版纳傣 ϓॹᣤ ୒୒ቴ 分析
族自治州景洪市勐龙镇勐宋村公路边ᖔ带回实验 采 用 微卫星识别工具 ྉ ቝᔽዹʢᆍ༁ᑕᡷᔀ᤟᤟ᔽᡷᔀ ᔽʛᔀႿᡷᔽ᥋
室ᖔ液氮速冻后放置于 ͱ ऐԡ ቩ 超低温冰箱保存ᖔ ஦ᔽዹᑕᡷᔽᆍႿ ᡷᆍᆍ᤟ᖔ ᥘ᧧୩ዶ ɯ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ ᡱ੫ʢዹ঎ ᧧ᡱҴ᥋੫ᑕᡷᔀʢ༁᤟ᔀᤦᔀႿ঎
备用ᤥ ʛᔀ ᣰ ቝᔽ༁ᑕ ᣰ ɯ在所有序列中搜索 ୩୩኏ 位点ᖔ搜索参数如
ϓॹԣ 样品基因组 ᦵટዛ 的提取ܓ检测与测序 下᧥ቝᆍႿᆍ᥋ϟԡܦʛᔽ᥋ᤃܦᡷʢᔽ᥋ጢܦఋᔀᡷʢᑕ᥋ጢܦᡱᔀႿᡷᑕ᥋ጢܦၤᔀ଴ᑕ᥋ᤃᤥ 其
采用 ऊఋዶା 法提取印度血桐与中平树叶片基 中ᖔ复合序列中两个不同 ୩୩኏ 之间允许的最大间隔
因组 ᧕શዶᖔ紫外分光光度计检测样品浓度ᖔ琼脂糖 设置为 ϟԡԡ ᤦᡱ ྉ张璟璇等ᖔ԰ԡϟँɯᤥ
凝胶电泳检测完整性ଫ将提取的 ᧕શዶ 样品送至公
司进行建库测序ᖔ参考其他木本植物的基因组大 ԰জ 结果与分析
小及大戟科植物的 ऊ 值范围ᖔ选取 ϟ᥈ᤦ 左右的基
因组大小来评估印度血桐与中平树的基因组测序 ԣॹϓ 材料的 ᦵટዛ 提取
覆盖度ᤥ 采用 ऊఋዶା 法提取印度血桐与中平树幼嫩叶
ϓॹᇺ 建库信息及数据量统计 片的基因组 ᧕શዶᤥ 电泳图显示提取的两种材料基
印度血桐与中平树基因 组采用二代测序技 因组 ᧕શዶ 质量良好 ྉ 图 ϟɯᤥ 其中ᖔ 印度血桐的
术ᖔ利用 ۼ᥈୩ ྉ 全基因组鸟枪法ɯᖔ分别构建插入 ᧕શዶ 浓度为 ϟጢ঎࿗԰ Ⴟ੫ኼဂᓂ ᖔ中平树的 ᧕શዶ 浓度
᥋ϟ
᥋ϟ
片段为 ሕጢԡ 和 ጢԡԡ ᤦᡱ 的 ᧕શዶ 文库ᖔ再用 ᧧᤟᤟ࣼቝᔽႿᑕ 为 ϟԡ঎࿗ᤃ Ⴟ੫ኼဂᓂ ᖔ可用于后续实验分析ᤥ
̀ᔽ༁ᔀी ԰ԡԡԡ 平台进行双末端ྉ۪ᑕᔽʢ᥋ጶႿʛɯ 测序ᖔ最
ఋᥘ
终得到原始测序数据ྉ ʢᑕऔ ʢᔀᑕʛ༁ɯᖔ取全部原始数
据对测序结果进行图像识别ᖔ去污染ᖔ去接头ଫ统
计结果包括测序 ʢᔀᑕʛ 数量ܦ数据产量ܦ测序错误

率ܦ͐԰ԡܦ͐ሕԡܦ᥈ऊ 含量等ᤥ
ϓॹ྽ 基因组大小预测和杂合度估计
将本实验通过测序得到的序列ᖔ基于 ᣽᥋ቝᔀʢ 的
分析方法估计印度血桐与中平树的基因组大小及
杂合率ᖔ取 ᣽ ᢉ ϟᎮ 进行分析ᤥ᣽᥋ቝᔀʢ 分布图用来判
断基因组的重复序列多少ᖔ如果材料的基因组重
复比例较高ᖔ᣽᥋ቝᔀʢ 分布图右侧将会出现拖尾现
象ᤥቝᔀʢ 深度分布服从泊松分布ᖔ根据曲线获得
୒঎ 标准 品ଫ ᤹ ͦ ϓ঎ ఋʢᑕႿ༁ ԰Ҵ ᡱ᤟ࣼ༁ଫ ᤹ ͦ ԣ঎ఋʢᑕႿ༁ ϟጢҴ ᡱ᤟ࣼ༁ଫ
᣽᥋ቝᔀʢ 深度期望值ᖔ用于估计基因组大小ྉ周媛等ᖔ
ϓ঎ 印度血桐 ᧕શዶ 提取结果ଫ ԣ঎ 中平树 ᧕શዶ 提取结果ᤥ
԰ԡϟँɯᤥ 另外ᖔ在 ᣽᥋ቝᔀʢ 的分布曲线中ᖔ一般会出 ୒঎୩ᑕቝᡱ᤟ᔀଫ ᤹ͦϓ঎ ఋʢᑕႿ༁ ԰Ҵ ᡱ᤟ࣼ༁ଫ ᤹ͦԣ঎ఋʢᑕႿ༁ ϟጢҴ ᡱ᤟ࣼ༁ଫ ϓ঎᧕શዶ
现一个覆盖度最高的主峰ᖔ若在主峰两侧出现另 ᔀ଴ᡷʢᑕዹᡷᔽᆍႿ ʢᔀ༁ࣼ᤟ᡷ༁ ᆍ஦ ᤹ᐹዞᐹʗᐹႥ੖ᐹ ᔠႥʐᔠዞᐹଫ ԣ঎ ᧕શዶ ᔀ଴ᡷʢᑕዹᡷᔽᆍႿ ʢᔀ༁ࣼ᤟ᡷ༁
一个小峰ᖔ则说明该材料的基因组有较高的杂合 ᆍ஦ ᤹ॹ ʐᓣႥᡙᔠዞࣩᤀᐹᡙᐹ঎
图 ϟজ 实验材料 ᧕શዶ 提取结果
度ଫ反之ᖔ则没有ᤥ
ϓॹጇ 样品污染判断 èᔽ੫঎ ϟজ ᧕શዶ ᔀ଴ᡷʢᑕዹᡷᔽᆍႿ ʢᔀ༁ࣼ᤟ᡷ༁ ᆍ஦ ᔀ଴ᡱᔀʢᔽቝᔀႿᡷᑕ᤟ ቝᑕᡷᔀʢᔽᑕ᤟༁
在基因组研究中ᖔ样品是否存在污染问题至关
重要ᤥ 若数据未被污染ᖔ可保证实验样品基因组序 ԣॹԣ 测序数据产量统计
列的完整性ᖔ数据真实有效ᖔ结果可靠ଫ若数据被污 利用 ᧧᤟᤟ࣼቝᔽႿᑕ 平台对两种材料进行高通量双
染ᖔ则无法获得相关信息ᤥ 对过滤后的高质量数据 端测序ᖔ经过对原始测序数据的严格筛选ᖔ得到高
质量的产出数据ྉ ዹ᤟ᔀᑕႿ ʛᑕᡷᑕɯᖔ以下统计是印度血
随机抽取 ϟԡ ԡԡԡ 条 ʢᔀᑕʛ༁ྉ ʢᔀᑕʛϟ 和 ʢᔀᑕʛ԰ 各ጢԡԡԡ
条ɯ数据ᖔ通过 ାᓂዶ୩ఋ 软件比对 શऊା᧧ 核苷酸数据 桐与中平树 ࿗ 个文库的产出数据ྉ 表 ϟɯᤥ 统计结
库ྉશఋ 库ɯᖔ若比对结果是同源比对ᖔ则认为样本不 果包括测序数据数量ܦ 数据产量ܦ 错误率ܦ͐԰ԡܦ
存在外源污染ଫ若比对结果出现亲缘关系较远的物 ͐ሕԡܦ᥈ऊ 含量等ᤥ 过滤掉低质量的数据后ᖔ分别得
到了 ጢሕ঎ጢᤃ 和 ᤃऐ঎ԡᎮ ᥈ᤦ 的印度血桐与中平树的数
种ᖔ说明样品可能存在污染ྉ闫婧ᖔ԰ԡϟऐɯᤥ