Page 13 - 《广西植物》2021年第12期

ϟ԰ 期 韩利红等᧥ 菠萝磷转运蛋白 ϟ 家族基因鉴定及特征分析 ϟ ँ ጢ Ꭾ
ᥘጶᥘጶ 在线程序预测氨基酸保守基序ᖔ搜索基序
数目为 ϟԡᖔ其他参数默认ᤥ ԰জ 结果与分析
ϓॹᇺ ቂᔠቴટዛ 靶标 ̵ۗ௴ϓ 基因的预测
根据 ቝᔽ኏શዶ 与其靶基因的互补性可预 测 ԣॹϓ 菠萝 ̵ۗ௴ϓ 家族基因的鉴定
ቝᔽ኏શዶ 的靶基因ᖔ使用在线软件 ᡱ༁኏શዶఋᑕʢ੫ᔀᡷ 对文 以拟南芥和水稻 ۪̀ఋϟ 蛋白作为查询序列搜索
献中菠萝 ቝᔽ኏શዶྉԻၤᔀႿ੫ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟᤃɯ的靶标 ̵ۗ௴ϟ 菠萝蛋白数据库ᖔ共获得 ँ 个菠萝 ۪̀ఋϟ 蛋白ᖔ均含
基因进行预测ᤥ 有保守的糖转运功能域 ୩ࣼ੫ᑕʢᡸᡷʢ ྉ۪èԡԡԡऐሕɯᤥ 根据
ϓॹ྽ ̵ۗ௴ϓ 家族序列比对及进化分析 搜索比对得分ᖔ 依次将基因命名为 ዛዞᅳ̵ۗ௴ϟॹ ϟ ͱ
使用 ᥘጶ᥈ዶ Ꭾ঎ԡ 选择最大似然法和邻接法构 ዛዞᅳ̵ۗ௴ϟॹँᤥ 这 ँ 个基因分别位于连锁群ྉ ᤟ᔽႿҴᑕ੫ᔀ
建系统聚类树ᖔ主要参数步长为 ϟ ԡԡԡᖔ替代模型 ੫ʢᆍࣼᡱ༁ᖔᓂ᥈ɯϟܦሕܦᤃܦऐܦϟ࿗ܦ԰ԡ 和 ԰԰ 上ᤥ 所有成员氨基
为泊松模型ᖔ空位缺失数据的处理为部分删除ଫ使 酸数 为 ࿗ँँ ጲ ᤃԡ԰ᖔ 包含 ϟԡ ጲ ϟሕ 个 ఋᥘ᧕ᤥ 除
用 ጶ׹ᆍ᤟჆ᔽᔀऔ 软件绘制聚类树ଫ使用序列相似性分 ዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎ऐ 为酸性蛋白外ᖔ其他蛋白均为碱性蛋白ᖔ
析工具 ऊᔽʢዹᆍ᤟ᔀᡷᡷᆍ 对拟南芥ܦ水稻和菠萝 ۪̀ఋϟ 蛋 等电点为 Ꭾ঎ँँ ጲ ँ঎ԡሕᤥ 所有蛋白平均疏水指数为
白序列相似性进行分析ᤥ ԡ঎ϟϟሕጲԡ঎࿗ԡሕᖔ均为正值ᖔ属亲水性蛋白ᤥ 蛋白定位
ϓॹጇ 基因启动子区特征分析 预测分析显示ᖔዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎ሕܦዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎ᤃܦዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎Ꭾ
从菠萝基因组数据库下载 ዛዞᅳ̵ۗ௴ϟ 基因转录 和 ዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎ँ 主要定位于叶绿体中ᖔዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎ ࿗ܦ
起始位点上游 ϟ঎ጢ Ҵᤦ 序列ᖔ使用 ۪ᓂዶऊጶ 软件对基 ዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎ጢ 和 ዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎ ऐ 主要定位于细胞质中ᖔ
因启动子区顺式作用元件进行分析ᤥ ዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎ϟ 和 ዶዹᆍ۪̀ఋϟ঎԰ 主要定位于细胞膜上ᖔ部
ϓॹᣤ 基因的组织表达分析 分蛋白可能定位于多个细胞器中ྉ表 ϟɯᤥ
菠萝 ̵ۗ௴ϟ 基因转录组数据于菠萝基因组数 ԣॹԣ ቂᔠቴટዛ 对菠萝 ̵ۗ௴ϓ 家族基因的调控分析
据库下载ᖔ基因组织特异性表达取样部位分别为 ቝᔽ኏શዶ༁ 在转录水平和转录后水平上调节基
根ܦ叶的 ᤃ 个片段ᖔ花和果实的 ጢ 个成熟阶段ᤥ 使 因表达ᖔ在植物生长ܦ发育ܦ成熟ܦ生物和非生物胁
用 ̀ᔀቝ᧧ ϟ঎ԡ 软件ᖔ根据 ᤟ᆍ੫ ྉè۪᣽ᥘշϟɯ值的转换数 迫反应等方面发挥重要作用ྉ ऊၤᔀႿᖔ ԰ԡԡँɯᤥ 本研
԰
据绘制基因表达热图ᤥ 究对 ቝᔽ኏શዶ 及其 ۪̀ఋϟ 家族靶基因的互作及调控
表 ϓই 菠萝 ̵ۗ௴ 家族成员信息

ఋᑕᤦ᤟ᔀ ϟজ ᧧Ⴟ஦ᆍʢቝᑕᡷᔽᆍႿ ᆍ஦ ᡱᔽႿᔀᑕᡱᡱ᤟ᔀ ۪̀ఋϟ ஦ᑕቝᔽ᤟ᢃ

跨膜域 ఋᥘ᧕
氨基酸长度
基因登录号 平均疏水
基因名称 染色体位置 ዶቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ 等电点 亚细胞定位
᥈ᔀႿᔀ ᑕዹዹᔀ༁༁ᔽᆍႿ 指数 由内到外 由外到内
᥈ᔀႿᔀ Ⴟᑕቝᔀ ऊၤʢᆍቝᆍ༁ᆍቝᔀ ᤟ᆍዹᑕᡷᔽᆍႿ ᤟ᔀႿ੫ᡷၤ ᡱ᧧ ୩ࣼᤦዹᔀ᤟᤟ࣼ᤟ᑕʢ ᤟ᆍዹᑕᡷᔽᆍႿ
Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᥈኏ዶ჆ɟ ᧧Ⴟ༁ᔽʛᔀ ᡷᆍ ᨃࣼᡷ༁ᔽʛᔀ ᡷᆍ
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ዛዞᅳ̵ۗ௴ϟॹ࿗ ዶዹᆍԡϟԡ࿗԰࿗঎ϟ ᓂ᥈ԡሕ᧥԰԰Ꭾԡँᤃँͱ԰԰Ꭾ԰ጢ࿗ऐ ࿗ँँ ऐ঎Ꭾऐ ԡ঎԰ँᎮ ϟԡ ϟԡ ዹᢃᡷᆍ᧥ ऐ
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জ 注᧥ ዞ၊ᤀᅳ঎ 叶绿体ଫ ዞᡥᡙᅳ঎ 胞浆ଫ ዞᡥᡙᅳᡸႥࣩዞᤀ঎ 胞浆和细胞核ଫ ᡓᤀᐹ໧঎ 质膜ᤥ
জશᆍᡷᔀ᧥ ዞ၊ᤀᅳ঎ऊၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷଫ ዞᡥᡙᅳ঎ ऊᢃᡷᆍ༁ᆍ᤟ଫ ዞᡥᡙᅳᡸႥࣩዞᤀ঎ ऊᢃᡷᆍ༁ᆍ᤟ ᑕႿʛ Ⴟࣼዹ᤟ᔀࣼ༁ଫ ᡓᤀᐹ໧঎ ۪᤟ᑕ༁ቝᑕ ቝᔀቝᤦʢᑕႿᔀ঎