Page 22 - 《广西植物》2021年第12期

ϟ ँ ᤃ ᤃ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ϟ 卷
物种间系统发育树ᖔᤦᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ 设置为 ϟ ԡԡԡᖔ并通过 ϓॹ᎒ ዛۗᣏ 基因家族染色体定位及共线性分析
۪஦ᑕቝ 数据库预测全部 ዛۗᣏ 基因的蛋白保守结构 通过 ᥘዹ༁ዹᑕႿ଴ 分析拟南芥ܦ毛竹ܦ水稻之间的
域ᖔᔀ׹ᆍ᤟׹ᔽᔀऔྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ঎ ᔀ׹ᆍ᤟੫ᔀႿᔽࣼ༁঎ ᔽႿ஦ᆍ ᣰ ᔀ׹ᆍ᤟׹ᔽᔀऔ ᣰ 共线性关系ᖔ并进行数据可视化ᖔ኏ 中的 ዹᔽʢዹ᤟ᔽझᔀ 包
ᖛ᤟ᆍ੫ᔽႿɯ在线网站进行数据可视化ᤥ 绘制毛竹的染色体定位图ᤥ
ϓॹ྽ ዛۗᣏ 基因家族 ᤩ᧣ 注释 ϓॹࣽ ዛۗᣏ 基因家族的组织特异性表达热图绘制
利用在线软件 ᔀ੫੫Ⴟᆍ੫᥋ቝᑕᡱᡱᔀʢ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ᔀ੫੫Ⴟᆍ੫᥋ 通过 શऊା᧧ ୩኏ዶ 数据库下载毛竹幼苗根组织
ቝᑕᡱᡱᔀʢ঎ᔀቝᤦ᤟঎ʛᔀ ᣰ ɯ 对 ۗᓣዛۗᣏ 基因的生物学功能进 经萘乙酸ྉႿᑕᡱၤᡷၤᑕ᤟ᔀႿᔀ ᑕዹᔀᡷᔽዹ ᑕዹᔽʛᖔ શዶዶɯ 处理的 ᤃ
行 ᥈ᨃ ྉ ᥈ᔀႿᔀ ᆍႿᡷᆍ᤟ᆍ੫ᢃ ɯ 注释ᖔ 并通过 ኏ 中的 组转录组数据ྉ登录号᧥୩኏኏ጢᎮϟԡᎮԡ԰ᖔ ୩኏኏ጢᎮϟԡᎮԡϟᖔ
੫੫ᡱ᤟ᆍᡷ԰ 包绘制 ᥈ᨃ 注释图ᤥ ୩኏኏ጢᎮϟԡᎮԡԡᖔ୩኏኏ጢᎮϟԡᤃँँᖔ୩኏኏ጢᎮϟԡᤃँऐᖔ୩኏኏ጢᎮϟԡᤃँᎮɯᖔ
ϓॹጇ ዛۗᣏ 基因家族启动子特征分析 并根据转录组数据库提供的基因表达矩阵利用 ኏
从毛竹全基因数据库中提取每个 ዛۗᣏ 基因起 中的 ᡱၤᔀᑕᡷቝᑕᡱ 包绘制 ዛۗᣏ 基因表达热图ᤥ
始密码子上游 ԰Ҵᤦ ᧕શዶ 序列ᖔ运用在线数据库

۪᤟ᑕႿᡷऊዶ኏ጶ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ᤦᔽᆍᔽႿ஦ᆍʢቝᑕᡷᔽዹ༁঎ ᡱ༁ᤦ঎ ࣼ੫ᔀႿᡷ঎ ᤦᔀ ᣰ ԰জ 结果与分析
औᔀᤦᡷᆍᆍ᤟༁ᣰ ᡱ᤟ᑕႿᡷዹᑕʢᔀ ᣰ ၤᡷቝ᤟ᣰ ༁ᔀᑕʢዹၤᡸऊዶ኏ጶ঎ၤᡷቝ᤟ɯ 预测每
条基因所含有的顺势作用元件ᖔ通过 ੫੫ᡱ᤟ᆍᡷ԰ 包绘 ԣॹϓ 毛竹 ۗᓣዛۗᣏ 基因家族成员鉴定及理化性质分析
在毛竹基因组数据库中检索到 ԰ϟ 个非冗余的
制顺势作用元件分布图与作用元件数目统计图ᤥ
ϓॹᣤ ዛۗᣏ 串联重复基因分析 ۗᓣዛۗᣏ 基因ᖔ该基因所编码的蛋白序列理化性质分
使用 ᥘऊ༁ዹᑕႿ଴ 筛选 ۗᓣዛۗᣏ 基因家族中的串联 析发现ᖔ԰ϟ 个 ۪ᔀዶ۪ᣮ༁ 成员的蛋白序列存在较大差
重复基因ᖔ并根据 ੫஦஦ 基因注释信息运用 ऊᔽʢዹᆍ༁ 软 异 ྉ 表 ϟɯᤥ 毛竹 ۪ᔀዶ۪ᣮ 蛋 白 序列长度在 ँጢ
件 绘制串联重复基因的 ऊᔽʢዹᆍ༁ 图ᖔ 用 ᣽ᑕ᣽༁ ᡸ ྉ۪̀ԡ԰᥈ᔀႿᔀሕጢጢँ࿗঎ᡷϟɯ ጲ ᤃԡሕ 个 ྉ۪̀ԡ԰᥈ᔀႿᔀԡᎮԡጢँ঎ ᡷϟɯ
ऊᑕ᤟ዹࣼ᤟ᑕᡷᆍʢ 软件计算串联重复基因的 ᣽ᑕ ᣰ ᣽༁ 值ᖔ用 不等ᖔ蛋白分子量为 ϟԡ঎ँጲᤃᤃ঎ԡ Ҵ᧕ᑕᖔ其中以 ۪ᔀዶ۪ᣮጢ
最大ᖔ۪ᔀዶ۪ᣮϟᎮ 最小ᤥ 等电点在 ࿗঎࿗ᤃጲँ঎ԡᎮ 之间ᖔ 其
੫੫ᡱࣼᤦʢ 包进行数据可视化ᤥ
表 ϓই ۗᓣዛۗᣏ໧ 理化性质
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分子质量 亲水性平均值
氨基酸数 不稳定系数 磷酸化位点
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