Page 19 - 《广西植物》2021年第3期
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ሕ ࿗ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ϟ 卷
燥后带回实验室ᤥ 用该软件对单倍型分布的 Þ༁ᡷ 进行评价ᖔ同时利用
ϓॹԣ ᦵટዛ 提取ܓۗࣷቴ 扩增及测序 该软件包中的 ᥘᑕႿᡷᔀ 统计学检验ᖔ比较地理距离
依据 ऊఋዶା 法 ྉ ᧕ᆍᢃᔀ ᪲ ᧕ᆍᢃᔀᖔ ϟँऐᎮɯ 提取总 矩阵与平均遗传距离矩阵之间的相关性ᖔ并进行
᧕શዶᤥ 对 Ⴟʢ᧕શዶ 的 ᧧ఋ୩ 区段进行 ۪ऊ 扩增ᖔ扩增引 ϟ ԡԡԡ次重复的显著性检验ଫ失配分析 ྉ ቝᔽ༁ቝᑕᡷዹၤ
物为 ᧧ఋ୩࿗ ྉ ఋऊऊఋऊऊ᥈ऊఋఋዶఋఋ᥈ዶఋዶఋ᥈ऊ ɯ 和 ᧧ఋ୩ጢ ʛᔽ༁ᡷʢᔽᤦࣼᡷᔽᆍႿ ᑕႿᑕᢃ༁ᔽ༁ɯ由该软件来完成ᖔ即分别计算
ྉ ᥈᥈ዶዶ᥈ఋዶዶዶዶ᥈ఋऊ᥈ఋዶዶऊዶዶ᥈᥈ɯ ྉ ۼၤᔽᡷᔀ ᔀᡷ ᑕᖔ 歧点观测值与期望值的方差ྉ ୩୩᧕ɯܦ糙度指数ྉ ʗ᧥
ϟँँԡɯଫ对 ዹᡱ᧕શዶ 的 ᡥዞஏᤃ᥋ᡓᤇ᤹ 和 ʗᡓᤀሕᡙʗႥᒦ 区段进行 ʢᑕ੫੫ᔀʛႿᔀ༁༁ ᔽႿʛᔀɯ以及它们的显著性ྉۗ ᑕࣼᔀɯᤥ
۪ऊ 扩增ᖔ扩增引物为 ᡥዞஏᤃèྉዶఋ᥈᥈ዶఋዶఋዶ᥈ఋዶዶ᥈ఋ
ऊఋɟ᥈ऊఋఋ᥈᥈᥈ऊɯ和 ᡓᤇ᤹ྉዶఋ᥈᥈ዶዶ᥈ఋዶዶዶఋዶఋఋऊఋ জ 结果与分析
ɟ᥈ऊዶఋఋఋዶఋఋ᥈ऊఋɯ ྉ ୩ၤᑕऔ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡጢɯ 及 ʗᡓᤀሕè
ྉऊዶ᥈ఋఋऊऊዶዶዶዶዶዶዶऊ᥈ఋዶऊఋఋऊɯ 和 ᡙʗႥᒦྉऊఋ᥈ऊఋ ԣॹϓ ዞᡓᦵટዛ 数据分析
ఋऊऊఋዶዶ᥈ዶ᥈ऊዶ᥈ऊ᥈ఋɯ ྉ୩ၤᑕऔ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡᎮɯᤥ ᧧ఋ୩ 的 共有 ᤃԡ 个样本的 ᡥዞஏᤃ᥋ᡓᤇ᤹ 和 ʗᡓᤀሕ᥋ᡙʗႥᒦ 同
۪ऊ 扩增条件᧥ँጢ ቩ变性 ቝᔽႿଫ以 ँጢ ቩ ሕԡ ༁ᖔጢሕ ቩ 时测序成功ᖔ两个片段联合并比对后矩阵长度为
ϟ ቝᔽႿᖔᤃጢቩ ϟቝᔽႿ 的条件循环 ሕԡ 次ଫ在 ᤃጢ ቩ下延伸 ϟ ϟᎮँ ᤦᡱᤥ ᧕Ⴟᑕ୩۪ ጢϟԡ 分析共生成 ϟϟ 个单倍型ᖔ
ᎮቝᔽႿᤥ ᡥዞஏᤃ᥋ᡓᤇ᤹ 的 ۪ऊ 反应条件与 ᧧ఋ୩ 基本一致ᖔ 每个居群的核苷酸 多 样 性 ྉ ûɯܦ 单倍型多样性
但其退火温度为 ጢ ቩᤥ ʗᡓᤀሕ᥋ᡙʗႥᒦ 的 ۪ऊ 扩增条件᧥ ྉ̵ʛɯ见表 ϟᤥ 物种水平单倍型多态性指数ྉ ̵ʛɯ
ऐԡ ቩ变性 ቝᔽႿଫ以 ँጢ ቩϟ ቝᔽႿᖔ ጢԡ ቩϟቝᔽႿᖔᤃጢ ቩ 为 ԡᤃጢᤃᖔ核苷酸多态性ྉûɯ为 ԡԡԡϟ ᤃϟᤥ
ϟጢ ቝᔽႿ 的条件循环 ሕሕ 次ଫ在 ᤃጢ ቩ 下延伸 ጢቝᔽႿᤥ 单倍型 ̀ϟ 主要分布在云南西北部ܦ四川西南
۪ऊ 产物用上海生工生物技术有限公司的纯化试剂 部以及甘肃文县和贵州施秉县的 ϟϟ 个居群中ᖔ昆
盒 ۼጢϟϟ 进行纯化ᖔ纯化产物用 ዶା᧧ሕᎮሕԡ 测序仪进 明ྉ居群 ࿗ɯ及东川ྉ居群 ሕɯ有少量分布ଫ单倍型
行双向测序ᤥ ̀࿗ 则分布在云南中部的 ጢ 个居群中ଫ̀ጢ 仅分布
ϓॹᇺ 数据分析 在云南昆明的居群 ࿗ 中ଫ̀ँ 仅分布在丽江玉龙
测序的原始数据用 ᧕શዶ୩ᡷᑕʢ 软件包的 ୩ᔀीቝᑕႿ 县的居群 ϟሕ 中ଫ̀ϟԡ 仅分布在昆明东川居群 中
ྉ᧕શዶ୩ᡷᑕʢᖔ᧧Ⴟዹᖔᥘᑕʛᔽ༁ᆍႿᖔВ୩ዶɯ进行拼接ᖔ用 ऊࣼ༁ᡷᑕ ྉ图 ϟᖔ表 ϟɯᤥ શᔀᡷऔᆍʢҴ 分析表明ᖔ发生频率最高的
ᣮ ྉఋၤᆍቝᡱ༁ᆍႿ ᔀᡷ ᑕᖔ ϟँँᎮɯ 进行比对ᤥ 用 ۪ዶВ۪ ᥍ 单倍型 ̀ϟ 和 ̀࿗ 位于网状结构的中间位置ᖔ单倍
࿗ԡᤦϟԡྉ ୩औᆍᆍʢʛᖔԡԡɯ 将两个叶绿体片段的序列 型 ̀ሕܦ̀ϟԡܦ̀ϟϟܦ̀ऐܦ̀ጢܦ̀ᤃ 和 ̀ጢ 位于网状结构
进行联合ᤥ 用 ᧕Ⴟᑕ୩۪ ጢϟԡྉᓂᔽᤦʢᑕʛᆍ ᪲ ᆍझᑕ༁ᖔ ԡԡँɯ 的末端位置ྉ图 ሕɯᤥ
统计单倍型数目和变异位点特征ᖔ以及单倍型多 居群的 ୩୩᧕ 值以及糙度指数 ʗ 值都为不显著
样性ྉ̵ʛɯ 和核苷酸多样性ྉ ûɯଫ利用该软件进行 的正 值 ྉ ۗ ᢦԡ ԡጢɯᖔ 中 性 检验表明 ఋᑕᢼᔽቝᑕᆥ ༁ ᦵ
中性检验ᖔ包括 ఋᑕᢼᔽቝᑕᆥ ༁ ᦵ 和 èࣼ ᑕႿʛ ᓂᔽᆥ ༁ Þ᥍检 ྉ ͱԡጢँɯ与 èࣼ ᑕႿʛ ᓂᔽᆥ ༁ Þྉ ͱԡԡᤃɯ 值虽然均为负
验ᖔ在居群扩张模型下推测居群大小变化ᤥ 运用 值ᖔ但不显著小于零 ྉۗ ᢦԡԡጢɯᖔ失配分布曲线为
ዶʢዹ᥈ᔽ༁ϟԡ 编辑各单倍型在地形图上的地理分布ᤥ 多峰曲线ྉ 图 ࿗᧥左ɯᖔ观测值背离了期望值ᖔ违背
利用 શᔀᡷऔᆍʢҴጢԡϟϟ ྉၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔࣼࣼ༁᥋ᔀႿ੫ᔽႿᔀᔀʢᔽႿ੫ዹᆍቝɯ 了居群扩张模型ᤥ 这些结果都表明ᖔ异叶泽兰居
构建单倍型网状进化关系ᤥ 群未发生显著居群扩张ᤥ
用 ۪ᔀʢቝࣼᡷྉ۪ᆍႿ༁ ᪲ ۪ᔀᡷᔽᡷᖔ ϟँँᤃɯ 软件计算居群 异叶泽兰总遗传多样性ྉ̵ᡷɯ 为 ԡᤃऐᖔ居群内
内平均遗传遗传多样性 ̵༁ܦ总的遗传多样性 ̵ᡷ 和 平均遗传多样性ྉ̵༁ɯ为 ԡϟँᖔ居群间遗传分化系
居群间遗传分化系数 ᤩ༁ᡷ 值和 ટ༁ᡷ 值ᤥ 数 ᤩ༁ᡷ 值和 ટ༁ᡷ 值分别为 ԡᤃᎮँ 和 ԡᤃጢጢᖔટ༁ᡷ 小于
应用 ዶʢᔀीࣼᔽႿ ሕጢྉ ጶዹᆍᔽᔀʢ ᪲ ᓂᔽ༁ዹၤᔀʢᖔ ԡϟԡɯ ᤩ༁ᡷᤥ ዶᥘᨃዶ 分析结果表明ᖔ异叶泽兰较多的遗
软件包中的分子变异分析ྉዶᥘᨃዶɯᖔ分别检测该 传变异ྉᤃጢጢጢᠮɯ 发生在居群间ᖔ 仅 ሕ࿗࿗ጢᠮ的变
研究物种在居群间和居群内的遗传变异水平ᤥ 利 异发生在居群内ᖔ 固定指数 Þ༁ᡷ ᢉ ԡᤃጢጢᤥ 遗传距离
