Page 34 - 《广西植物》2021年第8期
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ϟ ԰ ࿗ ऐ                                广জ 西জ 植জ 物                                         ࿗ϟ 卷
            基因表达的有序调控是密切相关的ᤥ 前期研究表                             弥补了以近缘种菠萝基因组作为参考基因组鉴定
            明ᖔ转录后调控在红苞凤梨金边嵌合性状形成过                              ᤟Ⴟዹ኏શዶ 所带来的缺陷ᖔ鉴定得到的 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 数量
            程中具有重要作用ᖔ而 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 可在表观遗传调                          极显著提高ᖔ丰富了红苞凤梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 数据库信
            控ܦ转录调控ܦ转录后调控等水平发挥功能ᖔ构建                             息ᤥ 联合分析结果中ᖔ修正了 ࿗ 种 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 数量分
            红苞凤梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 表达谱ᖔ揭示 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的调控机                     布的异常ᖔ提高了 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 鉴定结果的准确性ᖔ有

            制对于明确红苞凤梨金边嵌合性状形成机理具有                              效地提 高 了 后 期 相 关研究的可行性和可靠性ᤥ
            重要 意 义ᤥ 由于红苞凤梨基因组 信 息 的 缺 乏ᖔ                       ᤟Ⴟዹ኏શዶ 和 ቝ኏શዶ 序列结构对比分析表明ᖔ与编码
            ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的鉴定分析以二代转录组测序数据为基                           基因相比ᖔ᤟Ⴟዹ኏શዶ 具有表达丰度较低ܦ序列长度
            础ᖔ以菠萝基因组作为参考基因组进行分析ᤥ 红                             较短ܦ外显子数目较少ܦᨃ኏è 长度较短等结构特
            苞凤梨与菠萝为同属同种不同变种植物ᖔ亲缘关                              点ᤥ 这与斑马鱼 ྉ ଧʗᐹዞ၊ᡥʐᐹႥᔠᅳ ʗᓣʗᔠᅳɯྉ 高霄霄ᖔ
            系很近ྉ ାᑕʢᡷၤᆍ᤟ᆍቝᔀऔ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡԡሕɯᖔ采用菠萝基因               ԰ԡϟᎮɯܦ 臭橘 ྉ ۗᅳႥዞᔠʗࣩ໧ ᡙʗᔠஏᅳᤀᔠᐹᡙᐹ ɯ ྉ ۼᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ
            组数据作为参考基因组能有效鉴定红苞凤梨的                               ԰ԡϟᎮɯܦ杨树ྉۗᅳᡓࣩᤀࣩ໧ɯྉ田净净ᖔ԰ԡϟᤃɯ 的分析结果
            ᤟Ⴟዹ኏શዶᖔ为红苞凤梨的表观遗传调控研究提供基                           一致ᖔ说明 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的这些结构特征在生物中具有

            础数据ᤥ 而二代测序技术由于其读长短ᖔ不能提                             普遍性ᤥ
            供完整的转录本ྉ ᣽ᆍʢᔀႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟ԰ɯᖔ很难正确预                      ᤟Ⴟዹ኏શዶ 靶基因的预测以及靶基因的功能注释
            测基因的结构ྉ ऊᆍ੫ၤ᤟ᑕႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡԡऐɯᤥ ୩ᥘ኏ఋ 全长              和富集分析ᖔ是研究 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 功能的重要途径ྉ 蔺
            转录组测序克服了二代测序读长短的缺点ᖔ 是研                             珍ᖔ԰ԡϟँɯᤥ 本研究中 ᥈ᨃ 和 ᣽ጶ᥈᥈ 联合分析结果
            究基因结构ܦ基因功能和比较基因组学的基本方                              表明ᖔ在叶片发育的三个时期ᖔ差异表达 ᤟Ⴟዹ኏શዶ
            法ྉ୩ၤᑕʢᆍႿ ᔀᡷᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟሕଫᓂࣼᆍ ᔀᡷᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟᎮɯᤥ 本研究           的靶基因注释到了叶片生长发育的多个方面ᖔ包
            采用 ୩ᥘ኏ఋ 全长转录组测序数据和二代测序数据                           括了碳代谢ܦ氨基酸代谢ܦ脂代谢ܦ核糖体ܦ淀粉和
            混 合组装修 正 后 进 行 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 分析ᖔ 以提高                      糖代谢等这些基础代谢方面ᖔ也包括了植物激素

            ᤟Ⴟዹ኏શዶ 分析的准确性ᤥ                                     信号转导等调控机制方面ᤥ 在未展叶期ᖔ差异表
                 经混合组装校正后的 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 比对到菠萝                   达 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的靶基因注释到了卟啉和叶绿素代谢

            参考基因组ᖔ比对效率达到 ᤃᎮ঎Ꭾ࿗ᠮ ጲ Ꭾऐ঎ጢऐᠮᖔ比                     途径ᖔ说明在叶片发育的早期ᖔ全绿和全白叶片的
            二代数据分析提高了约 ጢᠮᖔ有效地提高了长链非                            叶绿素合成代谢就已出现差异ᖔ从而导致了叶片
            编码数据的利用率ྉ 蔺珍ᖔ԰ԡϟँɯᤥ 经 ऊ۪ऊ 分析ܦ                      颜色的差异ᤥ 在 ࿗ጲጢ 叶期和 ϟԡ ጲ ϟ԰ 叶期ᖔ光合作
            ऊશऊ᧧ 分析ܦऊ۪ዶఋ 分析ܦᡱ஦ᑕቝ 蛋白结构域分析ᖔ共                     用途径富集了差异表达基因ᖔ说明由于叶片的失
            鉴定 得 到 ᤃ ԡϟऐ 个 ᤟Ⴟዹ኏શዶᖔ 比之前鉴 定 得 到 的                绿白化ᖔ光合作用受到抑制ᖔ相关基因差异表达ᤥ
            ᤟Ⴟዹ኏શዶ 数量提高了约 Ꭾԡᠮᖔ极大地丰富了红苞凤                        同时ᖔ由于光合作用能力的差异ᖔ全绿和全白叶片
            梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 数据库ᖔ为红苞凤梨表观遗传调控的研                         在各个生理代谢方面都表现出差异ᖔ在很多基础
            究提供了基础数 据ᤥ 在鉴定得到的 ᤃԡϟऐ 个                           代谢ܦ调控途径ܦ核酸代谢等方面都富集了差异表

            ᤟Ⴟዹ኏શዶ 中ᖔ 最多 的 是 ᔽႿᡷᔀʢ੫ᔀႿᔽዹ ᤟Ⴟዹ኏શዶᖔ 占比约            达基因ᤥ 这些基因表达模式说明ᖔ᤟Ⴟዹ኏શዶ 对靶基
            ጢጢᠮᖔ比之前结果提高了约 ԰ 倍ᤥ 而 ༁ᔀႿ༁ᔀ ᤟Ⴟዹ኏શዶ                  因表达的调控作用可能在红苞凤梨叶片发育早期
            的数量极显著下降ᖔ由之前的 Ꭾጢᠮ下降到 ϟऐ঎ጢᠮ                         叶绿素合成代谢差异以及后期光合作用差异和其
            ྉ蔺珍ᖔ԰ԡϟँɯᤥ 本次分析结果中 ࿗ 种 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 的数                   他生理代谢差异方面都起着重要的调控作用ᤥ 本
            量分布与玉米ྉԮᓣᐹ ቂᐹᡥ໧ɯྉۼᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟᤃɯ基本               研究鉴定出的相关差异表达 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 信息ᖔ为进一
            相似ᖔ修正了之前分析结果中ᖔ༁ᔀႿ༁ᔀ ᤟Ⴟዹ኏શዶ 比例                      步研究 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 对靶基因的调控作用及靶基因在
            太高 的 情 况ᤥ୩ᥘ኏ఋ 全长转录组测序数据与                           红苞凤梨叶片失绿白化突变机制ᖔ以及全面揭示
            ᤟Ⴟዹ኏શዶ 二代转录组测序数据的联合分析ᖔ有效地                          红苞凤梨金边嵌合体形成的机理提供了重要的数
            提高了 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 测序数据的利用效率ᖔ很大程度上                         据基础ᤥ
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