Page 37 - 《广西植物》2021年第8期
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尹彦棚ᖔ 丁乔娇ᖔ 罗加伟ᖔ 等 基于 ۪ᑕዹᤦᔽᆍ 第三代测序技术的厚朴基因组测序分析 ЏȮ 广西植物ᖔԡϟᖔ ࿗ϟྉऐɯ᧥
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基于 ۗᐹዞᤇᔠᅳ 第三代测序技术的厚朴基因组测序分析
尹彦棚ᕷ 丁乔娇ᕷ 罗加伟ᕷ 林新娜ᕷ 张জ 敏ᕷ 彭জ 成ᕷ 高继海 ᥍
ྉ 成都中医药大学 药学院ᖔ 西南特色中药资源国家重点实验室ᖔ 成都 ᤃϟϟϟሕᎮ ɯ
摘জ 要ᧅ 厚朴为著名的传统药用植物ᖔ归于木兰科ܦ木兰属ᖔ于我国广泛种植ᖔ其树皮ܦ根皮ܦ枝皮ܦ叶片ܦ花ܦ
果实均能入药或食用ᤥ 为获取厚朴全基因组序列信息ᖔ该文以厚朴叶片 ᧕શዶ 为材料ᖔ采用 ۪ᑕዹᤦᔽᆍ ୩ᔀीࣼᔀ 第
三代测序技术构建厚朴全基因组数据库ᖔ并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装ܦ功能注释
以及进化分析研究ᤥ 结果表明᧥ྉϟɯ 原始测序数据过滤后获得 ϟ࿗ԡँϟ ᥈ᤦ 三代数据ᖔᔀᑕʛ શጢԡ 约为 ϟሕ Ꭾऐ࿗
ᤦᡱᖔ经过组装得到厚朴基因组大小为 ϟᤃऐ ᥈ᤦᖔऊᆍႿᡷᔽ੫ શጢԡ 约为 ԡᤃँ ᤦᡱᖔ单拷贝基因完整性为 ऐϟԡᠮᤥ
ྉɯ组装后的序列通过与 શܦᨃ᥈ܦጶ᥈᥈ 等功能数据库比对ᖔ共有 ँऐ࿗ԡᠮ的基因得到了功能注释ᖔ其中
ᨃ᥈ 功能注释结果发现厚朴的蛋白功能主要集中在一般功能预测ܦ翻译后修饰ܦ蛋白质转换ܦ伴侣以及信
号转导机制ଫ᥈ᨃ 功能分类表明厚朴的基因集中在细胞组分及生物学过程ଫጶ᥈᥈ 分析发现厚朴参与代谢通
路的基因占主要地位ᤥྉሕɯ通过与葡萄ܦ拟南芥ܦ水稻ܦ杨树ܦ银杏ܦ无油樟ܦ茶树及牛樟基因组的比对分析ᖔ
发现厚朴 ሕ ࿗࿗ 个基因中有 ԡ ऐԡϟ 个基因可以分类到 ϟ ϟँ 个家族ᖔ其中有 ጢϟጢ 个基因家族为厚朴所特
有ᖔ而厚朴与牛樟ྉ樟科ɯ亲缘关系较近ᖔ两者的分化时间约在 ϟጢ 百万年前ྉቝᢃᑕɯᤥ 该研究首次利用第三
代测序技术对厚朴全基因组解析ᖔ有利于对其进一步进行深入的开发与利用ᖔ也为研究其他药用植物全基
因组奠定了基础ᤥ
关键词ᧅ 厚朴ᖔ 基因组ᖔ 第三代测序技术ᖔ 基因注释ᖔ 药用植物
中图分类号ᧅ ͐ँ࿗ሕজ জ 文献标识码ᧅ ዶজ জ 文章编号ᧅ ϟԡԡԡ᥋ሕϟ࿗ྉԡϟɯԡऐ᥋ϟጢϟ᥋ϟ
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收稿日期ᧅ ԡԡͱԡሕͱሕ
基金项目ᧅ 四川省中医药管理局项目ྉԡϟऐ͐શԡԡϟᖔԡϟᤃԻɟԡԡऐɯଫ中药学四川省科技厅创新团队ྉԡϟᎮఋ᧕ԡԡԡϟɯ Џ ୩ࣼᡱᡱᆍʢᡷᔀʛ ᤦᢃ
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作者简介ᧅ 尹彦棚ྉϟँँጢͱɯᖔ硕士研究生ᖔ主要从事药理与分子生药学研究ᖔྉጶ᥋ቝᑕᔽɯϟሕᎮ࿗ऐԡϟሕ݀ ीीዹᆍቝᤥ
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通信作者ᧅ 高继海ᖔ博士ᖔ副教授ᖔ主要从事分子生药学研究ᖔྉጶ᥋ቝᑕᔽɯ੫ᑕᆍᢼᔽၤᑕᔽ݀ ዹʛࣼᡷዹቝᔀʛࣼዹႿᤥ
