Page 39 - 《广西植物》2021年第8期
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ऐ 期                 尹  彦  棚  等  ᧥ 基于 ۪ᑕዹᤦᔽᆍ 第三代测序技术的厚朴基因组测序分析                             ϟ ԰ ጢ ሕ
            质资源丰富ྉ张龙辉等ᖔ԰ԡϟሕɯᤥ 然而ᖔ当前关于厚                         珠纯化回收ଫ最终文库即二次损伤修复产物进行
            朴的研究对其遗传信息ܦ进化历程及性状形成等                              浓度ྉ͐ࣼᤦᔽᡷɯ 及大小ྉ ዶ੫ᔽ᤟ᔀႿᡷ ԰ϟԡԡɯ 的文库质量检
            相关分子生物学基础缺乏认识和了解ᖔ导致厚朴                              测ᖔ即得到测序文库ᤥ 采用第三代测序平台 ۪ᑕዹᤦᔽᆍ
            的厚朴酚ܦ和厚朴酚等核心次级代谢产物的合成                              ୩ᔀीࣼᔀ᤟ 进行单分子测序ᖔ原始数据进行评估ܦ过滤

            调控机理尚有诸多不清楚ᖔ对其在分子辅助育种ᖔ                             后得 到 高 质量的数据用于基因组组装与质量
            发掘相关生长发育ܦ抗病抗逆等优良性状基因等                              评估ᤥ
            方面的问题也得不到有效解决ᖔ造成厚朴资源利                              ϓॹᇺ 基因组组装及评估
            用度低ᖔ开发不够深入ᤥ 因此ᖔ本研究基于厚朴遗                                对 ۪ᑕዹାᔽᆍ 测序平台产生的原始数据进行过滤
            传基因组信息匮乏ᖔ初步对厚朴进行全基因组测                              低质量和短片段后ᖔ首先ᖔ利用 ऊᑕႿࣼྉ᣽ᆍʢᔀႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ
            序研究ᖔ获得的基因组信息将会进一步丰富厚朴                              ԰ԡϟᎮɯ软件对过滤后的数据进行初步组装ଫ然后ᖔ采
            遗传进化研究资料ᖔ为探索药用植物优良品种选                              用 ᓂዶऊ̀ጶ୩᧧୩ྉାᔀ᤟ᡷᆍႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟ԰ɯ 软件对初步组装
            育ܦ有效成分的生物合成途径与调控机制及综合                              后的序列进行群组的划分ܦ排序和定向ᤥ 将每个

            开发利用等奠定基础ᤥ                                         ୩ዹᑕ஦஦ᆍ᤟ʛ 按照等长 ጢԡ Ҵᤦ 打断ᖔ 利用 ̀ᔽ ͱ ऊ ྉ ၤᔽ੫ၤ᥋
                                                               ᡷၤʢᆍࣼ੫ၤᡱࣼᡷ ዹၤʢᆍቝᆍ༁ᆍቝᔀ ዹᆍႿ஦ᆍʢቝᑕᡷᔽᆍႿ ዹᑕᡱᡷࣼʢᔀ ɯ 技术
            ϟজ 材料与方法                                           ྉᥘᑕʢᤦᆍࣼᡷ ᪲ ᣽ᆍ༁झࣼ᤟ᖔ԰ԡϟጢɯ 重新组装ᖔ将无法还原为

                                                               最初组装序列的位置列为候选错误区域ᖔ然后鉴定
            ϓॹϓ 厚朴样品及 ᦵટዛ 提取                                   此区域中低 ̀ᔽͱऊ 覆盖深度的位置即为错误点ᖔ从
                 厚朴植株选取于成都中 医药大学药用植物                           而完成对初步组装基因组的纠错ᖔ以提高基因组组
            园ᖔ采摘新鲜幼嫩无病害的叶片ᖔ蒸馏水清洗表面                             装质量ᤥ 对组装结果利用 ାВ୩ऊᨃ ׹ጢ঎ ԡ ྉ ୩ᔽቝᑕᆍ ᔀᡷ
            后ᖔ再使用 Ꭾጢᠮ乙醇清洗 ሕ 次ᖔ擦干ᖔͱऐԡ ቩ 冻存                      ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟጢɯ 软件来评估组装基因组的 完 整 性ᖔ 与

            备用ᤥ                                                ጶቝᤦʢᢃᆍᡱၤᢃᡷᑕᡸᆍʛᤦϟԡ 数据库中含有的植物ϟ ᤃϟ࿗个保
                 采用 ऊఋዶା 法ྉ 沙丽萍ᖔ԰ԡϟऐɯ 提取厚朴叶片                   守的核心基因比对ᖔ并绘制互作热图来评估 ̀ᔽͱऊ
            ᧕શዶᖔ步骤如下᧥ྉϟɯ 样品使用液氮研磨后分装至                          组装结果ᤥ Џᓂዶऊ̀ጶ୩᧧୩ 软件使用具体参数为ྉϟɯ

            离心管ଫྉ԰ɯ向离心管中加入十六烷基三甲基溴化                            ऊᓂВ୩ఋጶ኏ ᥘ᧧શ ኏ጶ ୩᧧ఋጶ୩ ᢉ ጢ԰ଫ ྉ԰ɯ ऊᓂВ୩ఋጶ኏ ᥘዶᣮ
            铵溶液ྉऊఋዶାɯᖔᤃጢ ቩ 水浴 ϟ ၤᖔϟԡ ऐԡԡ ʢኼቝᔽႿ 离               ᓂ᧧શ᣽ ᧕ጶશ୩᧧ఋɟᢉ԰ଫྉሕɯऊᓂВ୩ఋጶ኏ શᨃશ᧧શèᨃ኏ᥘዶఋ᧧჆ጶ
                                                       ᥋ϟ
            心 ϟԡ ቝᔽႿᖔ取上清ଫྉሕɯ 离心后加入等体积氯仿 ᨒ                      ኏ዶఋ᧧ᨃ ᢉ ԰ଫྉ࿗ɯ ᨃ኏᧕ጶ኏ ᥘ᧧શ શ ኏ጶ୩ ᧧શ ఋ኏Вશ ᢉ ࿗ᤃଫ
                                                         ᥋ϟ
            异戊醇 ྉ԰࿗ ᨒ ϟɯᖔ充分混匀ᖔ࿗ ቩ ܦϟԡ ऐԡԡ ʢኼቝᔽႿ                ྉጢɯ ᨃ኏᧕ጶ኏ ᥘ᧧શ શ ኏ጶ୩ ᧧શ ୩̀኏ጶ᧕୩ ᢉ࿗԰ᤥ૒
            离心 ϟԡ ቝᔽႿᖔ取上清ᖔ重复两次ଫྉ࿗ɯ向上清中加入                       ϓॹ྽ 序列预测

            异丙醇和乙酸钠溶液ᖔ离心ᖔ弃上清ଫྉጢɯ加入 Ꭾጢᠮ                             使用 ᓂఋ኏ è᧧શ᧕ጶ኏ ׹ϟ঎ ԡጢ ྉ Իၤᑕᆍ ᪲ ۼᑕႿ੫ᖔ
            乙醇ᖔ离心ᖔ弃上清ଫྉᤃɯ 晾干ᖔ加入 ఋጶ 缓冲液溶                        ԰ԡԡᎮɯܦ ኏ᔀᡱᔀᑕᡷ୩ዹᆍࣼᡷ ׹ϟ঎ԡ঎ጢ ྉ ۪ʢᔽዹᔀ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡԡጢ ɯܦ

            解ᖔ࿗ ቩ 保存备用ᤥ                                        ۪᧧ᓂጶ኏᥋᧕è ׹԰঎࿗ྉጶʛ੫ᑕʢ ᪲ ᥘᢃᔀʢ༁ᖔ԰ԡԡጢɯ 软件ᖔ首先ᖔ
            ϓॹԣ 文库构建及测序                                        基于结构预测和从头预测ྉ ዛᤇ ᔠႥᔠᡙᔠᅳɯ 的原理构建
                 使用 ੫᥋ఋВାጶ 剪切管打断厚朴 ᧕શዶ 样品ᖔ对                    重复序列数据库ᖔ 对构建好的重复序列库通过
            打断 的 ᧕શዶ 样品 ྉጢ ቝ੫ ɯ 使用建库试剂盒                        ۪ዶ୩ఋጶऊ᤟ᑕ༁༁ᔽ஦ᔽᔀʢྉۼᔽዹҴᔀʢ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡԡᎮɯ 进行分类ଫ然
            ྉ୩ᥘ኏ఋᤦᔀ᤟᤟ ఋᔀቝᡱ᤟ᑕᡷᔀ ۪ʢᔀᡱ ᣽ᔽᡷɯ进行损伤修复ܦ末端              后ᖔ基于重复序列数据库 ኏ᔀᡱᤦᑕ༁ᔀ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ঎
            修复及连接接头ଫ对连接接头产物使用 ା᤟ࣼᔀ۪ᔽᡱᡱᔽႿ                       ੫ᔽʢᔽႿ༁ᡷ঎ᆍʢ੫ ᣰ ʢᔀᡱᤦᑕ༁ᔀ ᣰ ɯ 合并作为最终的厚朴基因组
            ୩ᔽझᔀ᥋୩ᔀ᤟ᔀዹᡷᔽᆍႿ ୩ᢃ༁ᡷᔀቝ 进行目的片段筛选ᖔ并通过                 的重复序列数据库ଫ最后ᖔ通过 ኏ᔀᡱᔀᑕᡷᥘᑕ༁Ҵᔀʢ ׹࿗঎
            ዶᥘᡱࣼʢᔀ ۪ା 磁珠进行纯化回收ଫ回收产物使用损                         ԡ঎ᤃྉఋᑕʢᑕᔽ᤟ᆍ ᪲ ऊၤᔀႿᖔ԰ԡԡँɯ软件基于构建好的数据
            伤修复试剂盒ྉ ୩ᥘ኏ఋᤦᔀ᤟᤟ ᧕ᑕቝᑕ੫ᔀ ኏ᔀᡱᑕᔽʢ ᣽ᔽᡷɯ 进行             库对厚朴进行重复序列的预测ᤥ
            二次损伤修复ᖔ并对修复产物进行 ዶᥘᡱࣼʢᔀ ۪ା 磁                            基于 从头预测 ྉ ዛᤇ ᔠႥᔠᡙᔠᅳɯ 和同源物种预测
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