Page 108 - 《广西植物》2022年第6期
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了 ࣷଧᒦ 与 ࣷᧇۗᣞ 基因的鉴定ᖔࣷଧᒦ 基因家族包括᧥ 因 的蛋白序列ᖔ 从 ۪ၤᢃᡷᆍझᆍቝᔀ 数据库 ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ
拟南芥ྉ ዛʗᐹᤇᔠʐᅳᡓᔠ ᡙ၊ᐹᤀᔠᐹႥᐹɯϟԡ 个ྉ ᆍࣼҴᔽ༁ᑕᆍ੫ࣼ ᔀᡷ ᡱၤᢃᡷᆍझᆍቝᔀᢼ੫ᔽʛᆍᔀ੫ᆍᣰ ᡱझᣰ ᡱᆍʢᡷᑕၤᡷቝɯ下载杨树 ϟԡ 个
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ԡϟԡɯܦ杨树 ྉ ۗᅳᡓࣩᤀࣩ ᡙʗᔠዞ၊ᅳዞᐹʗᡓᐹɯϟԡ 个 ྉ ԻၤᑕႿ੫ ᔀᡷ ̀ቝቝᤦࣼᔽʛ 程序将比对文件生成 ऊାᓂ 与 ऊ᧧۪ 结构域
ᑕᖔ ԡԡऐɯܦ 小麦 ྉ ௴ʗᔠᡙᔠዞࣩቂ ᐹᓣᡙᔠצࣩቂɯᎮ 个 ྉ ୩ࣼႿ ᔀᡷ 的隐 马 可 夫 ̀ᥘᥘ 模型ᤥ 同时ᖔ 分别从 ᥈ᔀႿାᑕႿҴ
ᑕᖔ ԡϟጢɯܦ 油菜 ྉ ଧʗᐹᔠዞᐹ ႥᐹᡓࣩɯᎮ 个 ྉ ԻၤᑕႿ੫ ᔀᡷ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔ Ⴟዹᤦᔽ Ⴟቝ Ⴟᔽၤ ੫ᆍᣰ ੫ᔀႿᆍቝᔀᣰ ँϟጢᣰ ɯ 与
ᑕᖔ ԡϟ࿗ɯܦ 茄子 ྉ ᅳᤀᐹႥࣩቂ ቂᓣᤀᅳႥᓣႥᐹɯጢ 个 ྉᓂᔽ ᔀᡷ ᑕझࣼ༁ᑕྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔ Ҵᑕझࣼ༁ᑕ ᆍʢ ᢼᡱᣰ ᢼᑕᡷʢᆍᡱၤᑕᣰ ɯ ྉ ୩ᑕᡷᆍ ᔀᡷ
ᑕᖔ ԡϟᤃɯ 等ଫࣷᧇۗᣞ 基因家族包括᧥拟南芥 ጢ 个 ᑕᖔ ԡϟϟɯ下载小桐子最新注释蛋白质数据库ᖔ利用
ྉ ᆍࣼҴᔽ༁ᑕᆍ੫ࣼ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡ࿗ ɯܦ 水稻 ሕሕ 个 શऊା᧧ 的 ᥘᑕҴᔀᤦᑕ༁ᡷʛᤦ 程序将该数据库本地化ᤥ 利用
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玉米 ࿗ሕ 个ྉऊၤᔀႿ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟϟɯܦ杨树 Ꭾ 个ྉɟࣼ ᔀᡷ ାᑕ༁ᡷ۪ 相似性比对ྉ 阈值 ጶ ጐ ϟᔀ᥋ϟԡᖔ序列相似性 ᢦ
ᑕᖔ ԡԡᎮɯܦ 小麦 ԡ 个 ྉ ୩ࣼႿ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟጢɯܦ 大豆 ጢԡᠮɯᖔ得到初步筛选的小桐子 ऊାᓂ 与 ऊ᧧۪ 蛋白质
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ྉ ԻၤᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟ࿗ɯܦ茄子 ϟጢ 个ྉᓂᔽ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟᤃɯܦ 非冗余的候选序列利用 ۪ᑕቝྉၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ ᡱᑕቝ ༁ᑕႿ੫ᔀʢ
苹果ྉ᤹ᐹᤀࣩ ʐᅳቂᓣᡙᔠዞᐹɯሕ࿗ 个ྉશᔽࣼ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟऐɯܦ葡 ᑕዹ ࣼҴᣰ ɯ 与 ऊ᧕᧕ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ औऔऔ Ⴟዹᤦᔽ Ⴟቝ Ⴟᔽၤ ੫ᆍᣰ
萄ྉ Ⴌᔠᡙᔠ צᔠႥᔠஏᓣʗᐹɯϟᤃ 个 ྉ 路志浩等ᖔ ԡϟᎮɯܦ 番茄 ୩ᡷʢࣼዹᡷࣼʢᔀᣰ ዹʛʛᣰ औʢᡱ༁ᤦዹ੫ᔽɯ 在线工具分析 ऊାᓂ 的 ጶè᥋
ྉᒦᡥዞᅳᡓᓣʗᔠዞᅳႥ ᓣዞࣩᤀᓣႥᡙࣩቂɯ 个ྉ 王傲雪和刘思源ᖔ ၤᑕႿʛ 基序与 ऊ᧧۪ 的蛋白激酶结构域ྉᡱʢᆍᡷᔀᔽႿ ҴᔽႿᑕ༁ᔀ
ԡϟऐɯ 等ᤥ 小桐子 ྉ ȣᐹᡙʗᅳᡓ၊ᐹ ዞࣩʗዞᐹɯ 属大戟科 ʛᆍቝᑕᔽႿɯ做进一步筛选ᖔ得到小桐子 ऊାᓂ 与 ऊ᧧۪ 家
ྉጶࣼᡱၤᆍʢᤦᔽᑕዹᔀᑕᔀɯ麻疯树属ྉȣᐹᡙʗᅳᡓ၊ᐹ ᓂᔽႿႿᑕᔀࣼ༁ɯ多年 族蛋白序列ᤥ 同时下载其对应的基因序列与 ቝશዶ
生落叶小型乔木ᖔ 原产中南美洲地区 ྉ 林娟等ᖔ 序列用于后续基因结构分析ᤥ
ԡԡ࿗ɯᤥ 作为重要的木本油料植物ᖔ小桐子种子含 ϓॹԣ ࣷଧᒦ 与 ࣷᧇۗᣞ 基因家族的序列分析
油量为 ሕጢᠮ ጲ ᤃԡᠮᖔ适应各种柴油发动机ᖔ且关键 利用 ጶ۪ᑕ୩ᢃ 提供的在线 工 具 ۪ʢᆍᡷ۪ᑕʢᑕቝ
技术指标达到了欧 ᧧ 标准ᖔ具有广阔的开发利用 ྉၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औᔀᤦ ᔀᡱᑕ༁ᢃ ᆍʢ੫ ᣰ ᡱʢᆍᡷᡱᑕʢᑕቝᣰ ɯ 对小桐子 ऊାᓂ
前景ྉ ᥘᑕҴҴᑕʢ ᪲ ାᔀዹҴᔀʢᖔ ԡԡँɯᤥ 目前ᖔ对于小桐 与 ऊ᧧۪ 进行氨基酸数目ܦ理论分子量ྉᥘऔɯܦ等电
子 ࣷଧᒦ 与 ࣷᧇۗᣞ 家族的基因鉴定及其互作分析还 点ྉᡱ᧧ɯ 等基本参数的分析ᤥ 将鉴定的小桐子 ऊାᓂ
未见报道ᤥ 本研究基于小桐子基因组信息ྉ୩ᑕᡷᆍ ᔀᡷ 与 ऊ᧧۪ 蛋白序列与拟南芥ܦ水稻及杨树的 ऊାᓂ 与
ᑕᖔ ԡϟϟɯᖔ利用生物信息学方法鉴定小桐子 ࣷଧᒦ ऊ᧧۪ 蛋白序列利用 ऊࣼ༁ᡷᑕ ᣮ 进行序列相似性比
与 ࣷᧇۗᣞ 基因ᖔ并对其理化性质ܦ基因结构ܦ蛋白基 对ᖔ然后用 ᥘጶ᥈ዶ ᤃԡ 软件通过邻接法ྉશȮɯ 构建系
序ܦ系统进化ܦ低温表达及功能互作进行了分析ᖔ 统进化树ᖔ并采用自展法ྉᤦᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱɯ 进行检验ᤥ 同
以期为研究小桐子 ࣷଧᒦ 与 ࣷᧇۗᣞ 基因家族的抗逆 时ᖔ利用 ᥈ᔀႿ᧕ᨃऊ 软件对 ऊࣼ༁ᡷᑕ ᣮ 比对结果进行
信号转导机制奠定基础ᤥ ऊାᓂ 与 ऊ᧧۪ 蛋白保守结构域分析ᤥ 另外ᖔ 通过
ऊ᧕୩ 序列ྉዹᆍʛᔽႿ੫ ༁ᔀीࣼᔀႿዹᔀɯ与基因序列比对以确定
ϟজ 材料与方法 ࣷଧᒦ 与 ࣷᧇۗᣞ 基因内含子与外显子的结构ᖔ并利用
᥈୩᧕୩ ྉ ੫ᔀႿᔀ ༁ᡷʢࣼዹᡷࣼʢᔀ ʛᔽ༁ᡱᑕᢃ ༁ᔀʢᔀʢᖔ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ ੫༁ʛ༁
ϓॹϓ ࣷଧᒦ 与 ࣷᧇۗᣞ 基因家族的鉴定 ዹᤦᔽᡱҴࣼᔀʛࣼዹႿ ᣰ ɯ绘制基因结构图ᤥ 另外ᖔ染色体定
根据 ᆍࣼҴᔽ༁ᑕᆍ੫ࣼ 等ྉԡԡ࿗ɯܦԻၤᑕႿ੫ 等ྉԡԡऐɯܦ 位以 ۼࣼ 等ྉԡϟጢɯ构建的小桐子遗传连锁图谱进行
ɟࣼ 等ྉԡԡᎮɯ 鉴定的模式植物拟南芥ܦ水稻及小桐 锚定ᖔ并通过 ᥘᑕᡱऊၤᑕʢᡷྉ ᔀʢ༁ᔽᆍႿϟɯ 绘制基因定位
子近科物种杨树的 ࣷଧᒦ 与 ࣷᧇۗᣞ 基因家族序列ᖔ从 图ᤥ 利用 ୩ఋ᧧શ᥈ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ ༁ᡷʢᔽႿ੫᥋ʛᤦ ᆍʢ੫ɯ 进行 ऊାᓂ
ఋዶ᧧ 数据库ྉၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ औऔऔᑕʢᑕᤦᔽʛᆍᡱ༁ᔽ༁ᆍʢ੫ᣰ ɯ 下载拟 与 ऊ᧧۪ 蛋白的信号互作网络分析ྉ设置可信度大
南芥 ϟԡ 个 ࣷଧᒦ 基因与 ጢ 个 ࣷᧇۗᣞ 基因的蛋白序列ᖔ 于 ԡᎮɯᤥ
从 ۪ᑕႿᡷାᔽᆍᆍ੫ᢃ 数据库 ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ ʢᔽዹᔀ ᡱᑕႿᡷᤦᔽᆍᆍ੫ᢃ ϓॹᇺ ࣷଧᒦ 与 ࣷᧇۗᣞ 基因家族的表达分析
ቝ༁ࣼᔀʛࣼᣰ ɯ下载水稻 ϟԡ 个 ࣷଧᒦ 基因与 ሕሕ 个 ࣷᧇۗᣞ 基 从 ᥈ᔀႿାᑕႿҴ 的 ୩ዶ 数据库下载小桐子不同器
