Page 186 - 《广西植物》2022年第8期

ऐ 期 张 红 梅 等 ᧥ 葡萄 ࣷଧÞ࿗ 基因生物信息学及其对低温和硅酸钾响应分析 ϟ ࿗ ሕ ጢ
ϓॹᇺ 同源性比对及系统进化树构建 荷残基数ྉዶ༁ᡱշ᥈᤟ࣼɯ分别为 ԰Ꭾ 和 ሕ࿗ᤥ
通过 શऊା᧧ 在线比对ᖔ找出与该蛋白同源性较 由表 ϟ 可知ᖔ葡萄 ऊାè࿗ 蛋白的 ԰ԡ 种氨基酸
高的其他植物的氨基酸序列ᖔ再利用 ᥘጶ᥈ዶ ᣮ 软 中ᖔ丙氨酸ྉዶ᤟ᑕɯ 含量最多ྉϟϟ঎ԡᠮɯᖔ其次为精氨酸
件进行系统进化树的构建ᤥ ྉዶʢ੫ɯྉऐ঎Ꭾᠮɯ与天冬氨酸ྉዶ༁ᡱɯ ྉऐ঎ሕᠮɯᖔ氨基酸含
ϓॹ྽ 低温胁迫对葡萄组织 ࣷଧÞ྽ 基因的荧光定量 量最小的是谷氨酸胺ྉ᥈᤟Ⴟɯ ྉԡ঎ँᠮɯᤥ 其中极性氨
ۗࣷቴ 分析 基酸占 ጢᤃ঎ँᠮᖔ非极性氨基酸占 ࿗ሕ঎ϟᠮᤥ
以酿酒葡萄试管苗贝达为试验材料ᖔ当植株长
至 ጢ 片叶时ᖔ选取长势一致的幼苗炼苗 ሕʛ 后移入 表 ϓই ࣷଧÞ྽ 蛋白氨基酸组成分析
装有 ϟᣰ ԰ 强度 ̀ᑕᆍ੫᤟ᑕႿʛ 营养液的水培盆ྉϟԡ ዹቝ ġ ఋᑕᤦ᤟ᔀ ϟজ ዶႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ᑕቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ዹᆍቝᡱᆍ༁ᔽᡷᔽᆍႿ༁
ϟԡ ዹቝ ġ ँዹቝɯᖔ用泡沫板固定ᖔ在人工气候培养箱 ᆍ஦ ऊାè࿗ ᡱʢᆍᡷᔀᔽႿ
中培养ྉ温度 ԰ጢ ቩଫ湿度 ᤃԡᠮଫ光照强度 ጢ ԡԡԡ ᤟଴ɯ 氨基酸组成 百分比 氨基酸组成 百分比
ዶቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ۪ᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ ዶቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ۪ᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ
ᤃԡ ʛᖔ营养液每 ԰ʛ 更换 ϟ 次ᤥ 外源硅处理一周后ᖔ
ዹᆍቝᡱᆍ༁ᔽᡷᔽᆍႿ ྉᠮɯ ዹᆍቝᡱᆍ༁ᔽᡷᔽᆍႿ ྉᠮɯ
按实验设计分别进行常温ྉ԰ጢ ቩɯ 及室内模拟低温
丙氨酸 ϟϟ঎ԡ 缬氨酸 ᤃ঎࿗
ྉጢ ቩɯ处理ᖔ各处理过程持续光照ᖔ对照为不加硅酸 ዶ᤟ᑕ ྉዶɯ ჆ᑕ᤟ ྉ჆ɯ
精氨酸 ऐ঎Ꭾ 酪氨酸 ϟ঎ऐ
钾的葡萄水培苗ᖔ且其他条件相同ᤥ 低温处理 ሕၤ
ዶʢ੫ ྉ኏ɯ ఋᢃʢ ྉɟɯ
和 ँၤ 后分别取各组幼苗的中部幼嫩叶片和根部ᖔ 天冬酰胺 ࿗঎ϟ 色氨酸 ԰঎ሕ
提取 ኏શዶᖔ 反转录得到 ዹ᧕શዶᖔ 以葡萄管 家 基 因 ዶ༁Ⴟ ྉશɯ ఋʢᡱ ྉۼɯ
天冬氨酸 ऐ঎ሕ 苏氨酸 ሕ঎Ꭾ
ࣼᤦᔽीࣼᔽᡷᔽႿྉዶɟᤃऐ࿗ϟሕϟ঎ϟɯ为内参基因对葡萄叶片和根 ዶ༁ᡱ ྉ᧕ɯ ఋၤʢ ྉఋɯ
部的 ࣷଧÞ࿗ 基因表达水平进行分析ᖔ根据 ఋዶ᣽ዶ኏ዶ 半胱氨酸 ϟ঎࿗ 丝氨酸 Ꭾ঎ሕ
ऊᢃ༁ ྉऊɯ ୩ᔀʢ ྉ୩ɯ
୩ɟା኏ ᥈኏ጶጶશ 试剂盒说明书进行 ी኏ఋ᥋۪ऊ኏ 反应液
谷氨酰胺 ԡ঎ँ 脯氨酸 Ꭾ঎ሕ
的配制ᖔ在定量 ۪ऊ኏ 仪器上进行试验ᖔ所有试样重 ᥈᤟Ⴟ ྉ͐ɯ ۪ʢᆍ ྉ۪ɯ
谷氨酸 Ꭾ঎ሕ 苯丙氨酸 ԰঎ऐ
复 ሕ 次ᖔी኏ఋ᥋۪ऊ኏ 生成的数据由定量分析软件读 ᥈᤟ࣼ ྉጶɯ ۪ၤᔀ ྉèɯ
ͱ᪵᪵ऊఋ 法对所得数据进行分析ᤥ 根据基因 甘氨酸 甲硫氨酸
取ᖔ采用 ԰ ᤃ঎ँ ጢ঎ԡ
᥈᤟ᢃ ྉ᥈ɯ ᥘᔀᡷ ྉᥘɯ
序列设计引物ᖔ得到引物序列如下᧥ࣷଧÞ࿗ྉ正向᧥ጢࣕ᥋
组氨酸 ԰঎ऐ 赖氨酸 ሕ঎Ꭾ
ዶዶ᥈ఋ᥈᥈᥈ఋዶఋ᥈ऊ᥈ዶ᥈᥈ఋዶዶ᥈᥋ሕࣕᖔ反向᧥ጢࣕ᥋ఋఋऊఋ᥈ዶዶ ̀ᔽ༁ ྉ̀ɯ ᓂᢃ༁ ྉ᣽ɯ
异亮氨酸 ϟ঎࿗ 亮氨酸 ᤃ঎ँ
ఋ᥈ఋऊऊఋఋ᥈᥈ऊ᥈᥋ሕࣕɯᖔ退火温度为 ᤃԡ ቩଫࣼᤦᔽीࣼᔽᡷᔽႿྉ正
᧧᤟ᔀ ྉ᧧ɯ ᓂᔀࣼ ྉᓂɯ
向᧥ ጢࣕ᥋᥈᥈ऊఋఋ᥈᥈᥈ዶ᥈ዶఋ᥈᥈᥈ዶዶዶऊ᥋ሕࣕᖔ 反向᧥ጢࣕ᥋
ఋऊऊఋዶऊዶዶఋዶऊऊዶऊऊዶዶዶऊዶఋዶ᥈ऊዶ᥋ሕࣕɯᖔ退火温度
԰঎ϟ঎԰ 二级结构জ 蛋白二级结构预测ྉ 图 ϟɯᖔ该蛋
为 ᤃԡ ቩᤥ
ϓॹጇ 数据处理 白二级结构主要是无规则卷曲ᖔ其次是 ም᥋螺旋ᖔ其
采用 ᨃʢᔽ੫ᔽႿ ँ 和 ୩۪୩୩ ԰԰঎ԡ 软件进行数据处理 中所占比例分别为 ጢᤃ঎ऐऐᠮ和 ԰Ꭾ঎ጢ԰ᠮᖔ延伸链占比
和分析ᖔ运用 ᧕ࣼႿዹᑕႿ 双因素方差分析每个处理之间 为 ϟሕ঎ᎮᤃᠮᖔᏇ᥋转角占比最小ྉϟ঎ऐሕᠮɯᤥ
通过 ۪ʢᆍᡷ୩ዹᑕ᤟ᔀ 分析 ऊାè࿗ 蛋白质亲ᣰ 疏水性ྉ图
的差异显著性ྉም ᢉ ԡ঎ԡጢɯᤥ
԰ɯᖔ预测结果说明整条多肽链没有明显的疏水区
԰জ 结果与分析 域ᤥ 跨膜域的预测结果ྉ图 ሕɯ显示ᖔऊାè࿗ 蛋白是一
个膜外蛋白ᖔ没有发现跨膜螺旋区域ᖔ这与没有明

ԣॹϓ 蛋白质结构分析 显疏水区域的预测结果一致ᤥ 利用 ୩ᔽ੫Ⴟᑕ᤟۪ ࿗঎ԡ 在
԰঎ϟ঎ϟ 一级结构জ 对 ऊାè࿗ 蛋白的理化性质分析得 线工具预测分析信号肽ᖔ对于 ऊାè࿗ 蛋白ᖔ总结分析
到葡萄 ऊାè࿗ 蛋白的分子式为 ऊ ̀ શ ᨃ ୩ ଫ 得到预测的目的蛋白中不存在信号肽ྉ图 ࿗ɯᤥ
ϟԡ࿗ጢ ϟᤃሕϟ ሕϟϟ ሕ԰ᤃ ϟ࿗
相对分子量为 ԰࿗঎԰԰ Ҵ᧕ଫ理论等电点ྉᡱ᧧ɯ为 ጢ঎࿗԰ଫ不 ԰঎ϟ঎ሕ 磷酸化位点和糖基化位点预测জ 分别通过
稳定系数为 ጢϟ঎ऐँᖔ总平均亲水性为ͱԡ঎ᤃ԰ϟᖔ表明该 ᣽ᔽႿᑕ༁ᔀ۪ၤᆍ༁ 和 શᔀᡷᨃ᥈᤟ᢃዹ ࿗঎ԡ 预测葡萄 ऊାè࿗ 蛋白的
蛋白为不稳定的亲水性蛋白ଫ脂肪系数为 ᤃϟ঎ऐሕᖔ表 磷酸化和糖基化位点ᖔ表明该蛋白含有 ጢ 个磷酸
明脂溶性比较差ଫ正电荷残基数ྉዶʢ੫շᓂᢃ༁ɯ 和负电 化位点ྉ图 ጢɯ和 ϟ࿗ 个糖基化位点ᤥ