Page 181 - 《广西植物》2022年第8期

ϟ ࿗ ሕ ԡ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗԰ 卷
表 ᇺ 密码子各位置 ᤩࣷ 含量ܓ数量 ટ 及 ጛટࣷ 值相关性分析 表 ྽ই ጛટࣷ 比值频数分布
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ሕজ ऊᆍʢʢᔀ᤟ᑕᡷᔽᆍႿ ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔀ༁ ᆍ஦ ᥈ऊ ዹᆍႿᡷᔀႿᡷᖔ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ྉશɯ ఋᑕᤦ᤟ᔀ ࿗জ શࣼቝᤦᔀʢ ʛᔽ༁ᡷʢᔽᤦࣼᡷᔽᆍႿ ᆍ஦ ጶશऊ ʢᑕᡷᔽᆍ
ᑕႿʛ ጶશऊ ᆍႿ ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ ੫ᔀႿᆍቝᔀ༁ ᆍ஦ ႬᓣႥᡙᔠᤀᐹ੖ᅳ ᤀᓣᔠᅳዞᐹʗᡓᐹ
组限 中值 频数 频率
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ऊ᤟ᑕ༁༁ ᤦᆍࣼႿʛᑕʢᢃ શࣼቝᤦᔀʢ èʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ
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ጶશऊ ԡ঎ԡऐँ ͱԡ঎԰ँँ ԡ঎࿗ԡԡ ԡ঎ԡ԰԰ ԡ঎԰ጢ԰
জ 注᧥ 表示在 ԡ঎ԡϟ 水平上极显著相关ଫ 表示在 ԡ঎ԡጢ 水平上显
኏୩ऊВᢦ԰ 的密码子ᖔ初步说明了紫九牛的密码子存
著相关ᤥ
জશᆍᡷᔀ᧥ ቝᔀᑕႿ༁ ༁ᔽ੫Ⴟᔽ஦ᔽዹᑕႿᡷ ʛᔽ஦஦ᔀʢᔀႿዹᔀ༁ ᑕᡷ ᡷၤᔀ ԡ঎ԡϟ ᤟ᔀ׹ᔀ᤟ଫ ቝᔀᑕႿ༁ 在较弱的偏好性ᤥ 而且ᖔ在 ጢԡ 个基因中ᖔ表示密码
༁ᔽ੫Ⴟᔽ஦ᔽዹᑕႿᡷ ʛᔽ஦஦ᔀʢᔀႿዹᔀ༁ ᑕᡷ ᡷၤᔀ ԡ঎ԡጢ ᤟ᔀ׹ᔀ᤟঎ 子偏倚程度的 ጶશऊ 值小于 ࿗ጢ 的仅有 ϟԡ 个ᖔጶશऊ 的
平均值为 ࿗ऐ঎԰ᎮᎮᖔ大于 ࿗ጢᖔ这进一步说明紫九牛密
码子的偏好性较弱ᤥ԰ँ 个 ኏୩ऊВᢦϟ 的密码子当中ᖔ
有 ԰ऐ 个密码子以 ዶᣰ В 结尾ᖔ这与已经发表的大多
数物种例如美国红梣ྉÞʗᐹଝᔠႥࣩ໧ ᡓᓣႥႥ໧ᡥᤀצᐹႥᔠዞᐹɯྉ柳燕
杰等ᖔ԰ԡ԰ԡɯܦ云南蓝果树ྉટᡥ໧໧ᐹ ᡥࣩႥႥᐹႥᓣႥ໧ᔠ໧ɯྉ原晓
龙等ᖔ԰ԡ԰ԡɯܦ蒺藜苜蓿ྉ᤹ᓣʐᔠዞᐹ੖ᅳ ᡙʗࣩႥዞᐹᡙࣩᤀᐹɯྉ杨国
锋等ᖔ԰ԡϟጢɯ 等叶绿体密码子偏好性较弱且偏好以
ዶᣰ В 结尾的结果一致ᤥ
密码子是生物体内联结核酸和蛋白质的钥
匙ᖔ而密码子的使用频率在不同植物和基因中存
在差异ᖔ这种密码子偏好性是物种在长期进化和
对环境的适应过程中形成的ྉ 赵洋等ᖔ԰ԡϟᤃɯᤥ 密
码子的偏好性是多个因素共同作用的结果ᖔ中性

图 ϟজ 紫九牛叶绿体基因中性绘图分析 选择影响和方向突变影响是两个主要因素ᖔ关于
二者在密码子偏好性形成中的作用大小是当下关
èᔽ੫঎ ϟজ શᔀࣼᡷʢᑕ᤟ᔽᡷᢃ ᡱ᤟ᆍᡷ ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ
੫ᔀႿᔀ༁ ᆍ஦ ႬᓣႥᡙᔠᤀᐹ੖ᅳ ᤀᓣᔠᅳዞᐹʗᡓᐹ 于密码子偏好性研究所关注的热点ᤥ 生物在进化
过程中形成稳定的密码子偏好性ᖔ即相对固定的
密码子使用模式ᖔ其中 ᥈ऊ 含量是生物基因组中碱
基组成的一个重要指标ྉ杨国锋等ᖔ԰ԡϟጢɯᖔ在基因
组的演变中具有重要意义ᤥ 方向性突变的强弱可
以通过 ᥈ऊ 含量判断ᖔ尤其是密码子的第三位碱
基ᤥ 由于密码子第三位受到的选择压力比前两位
小ᖔ故 ᥈ऊ 常常被用来衡量密码子偏好性的指标
ሕ
ྉ柳燕杰等ᖔ԰ԡ԰ԡɯᤥ 紫九牛叶绿体基因组中 ᥈ऊ
ሕ
与 ᥈ऊ ᖔ᥈ऊ 没有显著相关性ᖔ说明偏好性受到选
ϟ ԰
择的影响ᖔ这与已经报道了的美国红梣 ྉ ÞʗᐹଝᔠႥࣩ໧
ᡓᓣႥႥ໧ᡥᤀצᐹႥᔠዞᐹɯྉ柳燕杰等ᖔ԰ԡ԰ԡɯܦ黄芩 ྉ ୒ዞࣩᡙᓣᤀᤀᐹʗᔠᐹ
ᤇᐹᔠዞᐹᤀᓣႥ໧ᔠ໧ɯྉ王文斌等ᖔ԰ԡϟऐɯܦ普通油茶 ྉ ࣷᐹቂᓣᤀᤀᔠᐹ
ᅳᤀᓣᔠஏᓣʗᐹɯྉ 王鹏良等ᖔ ԰ԡϟऐɯܦ 樟树 ྉ ࣷᔠႥႥᐹቂᅳቂࣩቂ
ዞᐹቂᡓ၊ᅳʗᐹɯྉ秦政等ᖔ԰ԡϟऐɯ 的叶绿体特征相同ᤥ 而
图 ԰জ 紫九牛叶绿体基因组的 ጶશऊ᥋ᡱ᤟ᆍᡷ 分析
ጶશऊ᥋ᡱ᤟ᆍᡷ 分析中ᖔ密码子大部分都位于标准曲线
èᔽ੫঎ ԰জ ጶશऊ᥋ᡱ᤟ᆍᡷ ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ
੫ᔀႿᆍቝᔀ༁ ᆍ஦ ႬᓣႥᡙᔠᤀᐹ੖ᅳ ᤀᓣᔠᅳዞᐹʗᡓᐹ 附近ᖔ只有少量基因的 ጶશऊ 值离标准曲线较远ᖔ表