Page 20 - 《广西植物》2020年第1期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｊａｎ. ２０２０ꎬ ４０(１): １６－２３
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０１９０５０２０
王发明ꎬ 莫权辉ꎬ 叶开玉ꎬ 等. 探讨植物单染色体测序中的假阳性问题 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ２０２０ꎬ ４０(１): １６－２３.
ＷＡＮＧ ＦＭꎬ ＭＯ ＱＨꎬ ＹＥ ＫＹꎬ ｅｔ ａｌ. Ｐｒｏｂｌｅｍ ｏｆ ｆａｌｓｅ ｐｏｓｉｔｉｖｅｓ ｅｘｉｓｔｉｎｇ ｉｎ ｐｌａｎｔ ｓｉｎｇｌｅ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ２０２０ꎬ ４０(１):
１６－２３.
探讨植物单染色体测序中的假阳性问题
王发明ꎬ 莫权辉ꎬ 叶开玉ꎬ 龚弘娟ꎬ 刘平平ꎬ 蒋桥生ꎬ 齐贝贝ꎬ 李洁维 ∗
广 西 壮 族 自 治 区
( 广西植物功能物质研究与利用重点实验室ꎬ 广西植物研究所ꎬ 广西 桂林 ５４１００６ )
中 国 科 学 院
摘 要: 单细胞测序技术目前虽已广泛应用于人类、动物、微生物等物种的研究ꎬ但由于细胞壁的存在ꎬ使
得该技术在植物上的应用举步维艰ꎮ 如果能先分离出植物单条染色体ꎬ然后再应用单细胞测序技术进行扩
增和测序ꎬ则可以避免细胞壁的干扰ꎬ从而具有重要的应用价值ꎮ 虽然科研人员一直尝试针对单条植物染
色体进行测序ꎬ但目前尚未见有成功的报道ꎬ也未见有文章对失败的原因进行讨论ꎮ 该研究以六倍体中国
春小麦为材料ꎬ针对使用单细胞测序技术进行单染色体扩增过程中出现的假阳性问题进行了探讨ꎬ分析了
单染色体扩增失败的主要原因ꎬ并通过高通量测序技术研究了外源污染的可能来源ꎮ 结果表明:在对实验
器具、耗材、环境污染严格防控的基础上ꎬ人体接触可能是造成污染的主要来源ꎻ同时ꎬ推测单染色体之所以
扩增失败可能是因为染色体自身超螺旋状态造成引物难以结合和复制ꎮ 该研究还针对存在的问题提出了
可行性建议ꎬ为将来成功进行单染色体测序提供了有益的借鉴ꎮ
关键词: 单染色体ꎬ 单细胞测序ꎬ 外源污染ꎬ 假阳性ꎬ ＭＤＡꎬ ＭＡＬＢＡＣ
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ
文章编号: １０００￣３１４２(２０２０)０１￣００１６￣０８ 开放科学(资源服务)标识码(ＯＳＩＤ):
Ｐｒｏｂｌｅｍ ｏｆ ｆａｌｓｅ ｐｏｓｉｔｉｖｅｓ ｅｘｉｓｔｉｎｇ ｉｎ ｐｌａｎｔ
ｓｉｎｇｌｅ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ
ＷＡＮＧ Ｆａｍｉｎｇꎬ ＭＯ Ｑｕａｎｈｕｉꎬ ＹＥ Ｋａｉｙｕꎬ ＧＯＮＧ Ｈｏｎｇｊｕａｎꎬ ＬＩＵ Ｐｉｎｇｐｉｎｇꎬ
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ＪＩＡＮＧ Ｑｉａｏｓｈｅｎｇꎬ ＱＩ Ｂｅｉｂｅｉꎬ ＬＩ Ｊｉｅｗｅｉ
( Ｇｕａｎｇｘｉ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｐｈｙｔｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎꎬ Ｇｕａｎｇｘｉ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｂｏｔａｎｙꎬ Ｇｕａｎｇｘｉ
Ｚｈｕａｎｇ Ａｕｔｏｎｏｍｏｕｓ Ｒｅｇｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｇｕｉｌｉｎ ５４１００６ꎬ Ｇｕａｎｇｘｉꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｓｉｎｇｌｅ￣ｃｅｌｌ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｉｓ ｗｉｄｅｌｙ ｕｓｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｆ ｈｕｍａｎꎬ ａｎｉｍａｌꎬ ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ
ｓｐｅｃｉｅｓꎬ ｂｕｔ ｉｔ ｉｓ ｈａｒｄ ｔｏ ｂｅ ａｐｐｌｉｅｄ ｉｎ ｐｌａｎｔ ｂｅｃａｕｓｅ ｏｆ ｂｅｉｎｇ ｃｅｌｌ ｗａｌｌ. Ｉｆ ａ ｓｉｎｇｌｅ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ ｃａｎ ｂｅ ｓｅｐａｒａｔｅｄ ｆｒｏｍ
ｐｌａｎｔ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ｔｈｅｎ ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｗｉｔｈ ｓｉｎｇｌｅ￣ｃｅｌｌ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅꎬ ｔｈｅ ｂａｒｒｉｅｒ ｏｆ
收稿日期: ２０１９－０７－０３
基金项目: 国家自然科学基金地区科学基金 (３１５６０５０９)ꎻ 中国科学院“西部之光青年学者”项目 (Ａ 类)ꎻ 广西植物研究所基本
业务费项目 (桂植业 １９００２) [Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ ｂｙ ｔｈｅ Ｆｕｎｄ ｆｏｒ Ｌｅｓｓ Ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ Ｒｅｇｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｈｉｎａ
(３１５６０５０９)ꎻ Ｙｏｕｎｇ Ｓｃｈｏｌａｒ ｏｆ “Ｌｉｇｈｔ ｏｆ Ｗｅｓｔ Ｃｈｉｎａ” Ｐｒｏｇｒａｍ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ( Ｃａｔｅｇｏｒｙ Ａ Ｐｒｏｇｒａｍ)ꎻ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ
Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｕｎｄ ｏｆ Ｇｕａｎｇｘｉ Ｉｎｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｂｏｔａｎｙ (１９００２)]ꎮ
作者简介: 王发明(１９７９－)ꎬ男ꎬ山东日照人ꎬ博士ꎬ副研究员ꎬ主要从事植物分子遗传学研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｗｆｍ＿ｒｚ＠ １６３.ｃｏｍꎮ
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通信作者: 李洁维ꎬ研究员ꎬ主要从事果树栽培与良种选育研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｌｉｊｗ＠ ｇｘｉｂ.ｃｎꎮ
