Page 24 - 《广西植物》2020年第1期
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                                    图 1  单条小麦染色体的分离过程
                                  Fig. 1  Isolation of single wheat chromosome


                                                     MDA 技术扩增的样品使用引物 P17 和引物 P21
                                                     时ꎬ包含全部染色体的单个细胞(3 号) 和单条染
                                                     色体(5 号)却有两个样品出现了较明显的扩增条

                                                     带ꎬ说明这两个样品可能是真实外源基因的扩增ꎮ
                                                     2.5 使用 Southern 印迹对扩增结果进行验证
                                                         为了进一步验证上述 3 号和 5 号样品是否为
                                                     小麦染色体的真实扩增还是外源物种基因的扩
                                                     增ꎬ我们对其进行了 Southern 杂交验证ꎬ使用小麦
                                                     基因组 DNA 标记的探针对这两个样品的 MDA 扩
                                                     增产物进行杂交ꎬ结果显示除基因组阳性对照外ꎬ
                                                     这两个样品及阴性对照均没有杂交信号出现( 图
                                                     5)ꎮ 因此ꎬ证明该扩增产物可能是外源物种 DNA
    A. 使用 MALBAC 技术对分离的染色体进行扩增( 循环数
    21)ꎻ B. 使用 MDA 技术对分离的染色体进行扩增ꎮ 1. 一               污染造成ꎮ
    个完整细胞的全部染色体ꎻ 2. 单条染色体ꎻ 3. 无菌水阴性                  2.6 高通量测序和序列比对验证污染类型及可能来源
    对照ꎻ 4. PBS 阴性对照ꎻ M. DNA Marker ̄Qꎬ 分子量大小分             为了进一步证明该污染源的可能来源及其类
    别为 200、400、600、800、1 000、1 500、2 000、2 500、3 000、
                                                     型ꎬ我们对 3 号和 5 号样品的扩增产物进行了全基
    4 000、5 000、6 000、8 000、10 000 (bp)ꎮ
                                                     因组测序ꎬ并随机挑选委托安诺优达基因科技有
    A. Amplification with MALBAC technique (21 cycles)ꎻ B. Am ̄
    plification with MDA technique. 1. Whole chromosomes of a single  限公司扩增的 2 个样品( MDA01 和 MDA02) 进行
    wheat cellꎻ 2. A single chromosome of wheatꎻ 3. Negative control  建库测序ꎮ 将以上 4 个样品的测序结果进行比对
    (sterile water)ꎻ 4. Negative control (PBS solution)ꎻ M. DNA
                                                     后显示ꎬ其均未比对到小麦基因组上ꎬ而比对到了
    Marker ̄Qꎬ molecule weight are 200ꎬ 400ꎬ 600ꎬ 800ꎬ 1 000ꎬ
    1 500ꎬ 2 000ꎬ 2 500ꎬ 3 000ꎬ 4 000ꎬ 5 000ꎬ 6 000ꎬ 8 000ꎬ 10 000  人(Homo sapiens)、微生物(Propionibacterium acnes、
    (bp)ꎬ respectively.                              Cutibacterium acnes)、黑猩猩( Pan troglodytes) 等物
              图 2  小麦染色体的体外扩增                        种上(表 3)ꎮ 其中ꎬCutibacterium acnes (Propionibac ̄
      Fig. 2  In vitro amplification of wheat chromosomes  terium acnes) 和 Propionibacterium phage 两种微生物
                                                     均可以栖息在人的皮肤上( Lood & Collinꎬ 2011ꎻ
   阳性现象呢? 其可能形成的原因是什么? 为此ꎬ                           Brigitte et al.ꎬ 2018)ꎮ
   我们使用 SCoT 分子标记来检测外源污染是来自
   其他外源物种基因还是由于引物多聚体形成ꎮ 扩                            3  讨论
   增结果显示( 图 4)ꎬ阴性对照和 MALBAC 技术扩
   增的样品均没有明显的多态性条带出现ꎬ而使用                                 首先分离单条染色体ꎬ然后再进行体外扩增ꎬ
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