Page 62 - 《广西植物》2020年第1期

５ ８ 广 西 植 物 ４０ 卷
总的来说ꎬ本研究不仅进一步确定了被子植 ｐｈｙｌｌｓꎬ ｗｉｔｈ ｎｅｗ ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｏｆ Ｃｒｏｓｓｏｚａｍｉａ ｐｏｍｅｌ ａｎｄ ｉｔｓ ａｓｓｏ￣
物各目间系统发育关系ꎬ而且为“ 使用更多的基因 ｃｉａｔｅｄ ｌｅａｖｅｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｌｏｗｅｒ ｐｅｒｍｉａｎ ｏｆ Ｔａｉｙｕａｎꎬ Ｃｈｉｎａ
[Ｊ]. ＲＥＶ Ｐａｌａｅｏｂｏｔ Ｐａｌｙｎｏｌꎬ ６０(３－４): ２０５－２２３.
和计算速度更快的方法构建进化树” 探讨了一种
ＧＲＡＢＨＥＲＲ ＭＧꎬ ＨＡＡＳ ＢＪꎬ ＹＡＳＳＯＵＲ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１. Ｆｕｌｌ￣
可行性策略:即使用 Ｙａｎｇ ＆ Ｓｍｉｔｈ(２０１４) 报道的
ｌｅｎｇｔｈ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｆｒｏｍ ＲＮＡ￣Ｓｅｑ ｄａｔａ ｗｉｔｈｏｕｔ ａ
同源基因聚类及去旁系同源基因方法ꎬ获得大量 ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｇｅｎｏｍｅ [Ｊ]. Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌꎬ ２９(７): ６４４－６５２.
的 ｏｎｅ－ｔｏ－ｏｎｅ 基因家族ꎬ再使用 ＩＱ－ＴＲＥＥ( 串联 ＨＥ ＺＬꎬ ＺＨＡＮＧ ＨＫꎬ ＧＡＯ ＳＨꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６. Ｅｖｏｌｖｉｅｗ ｖ２: Ａｎ
ｏｎｌｉｎｅ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｔｏｏｌ ｆｏｒ ｃｕｓｔｏｍｉｚｅｄ ａｎｄ
法)和 ＡＳＴＲＡＬ(溯祖法)软件ꎬ能快速精确的计算
ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅｓ [Ｊ]. Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄ Ｒｅｓꎬ ４４(Ｗ１):
出进化树ꎮ 随着更多植物基因组的测序和基因聚
２３６－２４１.
类及系统发育关系构建方法的进一步优化ꎬ被子 ＨＥＲＥＮＤＥＥＮ ＰＳꎬ １９９５. Ｔｈｅ ｅｎｉｇｍａ ｏｆ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｏｒｉｇｉｎｓ
植物系统发育关系将越来越精确ꎬ例如进一步准 [Ｊ]. Ｅａｒｔｈ－Ｓｃｉ Ｒｅｖꎬ ３９(１): ２５３－２５４.
确确定檀香目和石竹目在被子植物中与其他进化 ＫＡＴＯＨ Ｋꎬ ＳＴＡＮＤＬＥＹ ＤＭꎬ ２０１３. ＭＡＦＦＴ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ
ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｖｅｒｓｉｏｎ ７: Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔｓ ｉｎ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ
分支之间的关系ꎮ
ａｎｄ ｕｓａｂｉｌｉｔｙ [Ｊ]. Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｅｖｏｌꎬ ３０(４): ７７２－７８０.
ＫＵＭＡＲ Ｓꎬ ＳＴＥＣＨＥＲ Ｇꎬ ＳＵＬＥＳＫＩ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７.
ＴｉｍｅＴｒｅｅ: Ａ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｆｏｒ ５９８ ｔｉｍｅｌｉｎｅｓꎬ ｔｉｍｅｔｒｅｅｓꎬ ａｎｄ ｄｉ￣
参考文献: ｖｅｒｇｅｎｃｅ ｔｉｍｅｓ [Ｊ]. Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｅｖｏｌꎬ ３４: １８１２－１８１９.
ＬＡＮＦＥＡＲ Ｒꎬ ＦＲＡＮＤＳＥＮ ＰＢꎬ ＷＲＩＧＨＴ ＡＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
ＢＯＬＧＥＲＡＭꎬ ＬＯＨＳＥ Ｍꎬ ＵＳＡＤＥＬ Ｂꎬ ２０１４. Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ: Ａ ２０１６. ＰａｒｔｉｔｉｏｎＦｉｎｄｅｒ ２: Ｎｅｗ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｓｅｌｅｃｔｉｎｇ
ｆｌｅｘｉｂｌｅ ｔｒｉｍｍｅｒ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａ￣ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｅｄ ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ
ｔｉｃｓꎬ ３０(１５): ２１１４－２１２０. ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ [ Ｊ]. Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｅｖｏｌꎬ
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Ｆｒａｘｉｎｕｓ ｗｉｌｃｏｘｉａｎａ Ｂｅｒｒｙ [Ｊ]. Ｒｅｖ Ｐａｌａｅｏｂｏｔ Ｐａｌｙｎｏｌꎬ ７４: ｏｆ ｔｈｅ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｆｌｏｒａ ｏｆ Ｃｈｉｎａ [ Ｊ]. Ｎａｔｕｒｅꎬ ５５４ ( １):
２４９－２６６. ２３４－２３８.
ＣＨＡＷ ＳＭꎬ ＬＩＵ ＹＣꎬ ＷＵ ＹＷꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０１９. Ｓｔｏｕｔ ｃａｍｐｈｏｒ ｔｒｅｅ ＬＩ ＨＴꎬ ＹＩ ＴＳꎬ ＧＡＯ ＬＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９. Ｏｒｉｇｉｎ ｏｆ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ
ｇｅｎｏｍｅ ｆｉｌｌｓ ｇａｐｓ ｉｎ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ ｏｆ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ｐｌａｎｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎｄ ｔｈｅ ｐｕｚｚｌｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｊｕｒａｓｓｉｃ ｇａｐ [Ｊ]. Ｎａｔ Ｐｌａｎｔｓꎬ ５(１):
ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ [Ｊ]. Ｎａｔｌ Ｐｌａｎｔｓꎬ ５(１): ６３－７３. ４６１－４７０.
ＣＨＥＮ ＪＨꎬ ＨＡＯ ＺＤꎬ ＧＵＡＮＧ ＸＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９. Ｌｉｒｉｏｄｅｎｄｒｏｎ ＭＡＧＡＬＬＯＮ Ｓꎬ ２０１０. Ｕｓｉｎｇ ｆｏｓｓｉｌｓ ｔｏ ｂｒｅａｋ ｌｏｎｇ ｂｒａｎｃｈｅｓ ｉｎ
ｇｅｎｏｍｅ ｓｈｅｄｓ ｌｉｇｈｔ ｏｎ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ａｎｄ ｓｐｅｃｉｅｓ － ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄａｔｉｎｇ: Ａ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｒｅｌａｘｅｄ ｃｌｏｃｋｓ ａｐｐｌｉｅｄ ｔｏ
ｐａｉｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ [Ｊ]. Ｎａｔ Ｐｌａｎｔｓꎬ ５(１): １８－２５. ｔｈｅ ｏｒｉｇｉｎ ｏｆ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ [Ｊ]. Ｓｙｓｔ Ｂｉｏｌꎬ ５９(４): ３８４－３９９.
ＣＲＡＮＥ ＰＲꎬ ＨＥＲＥＮＤＥＥＮ ＰＳꎬ １９９６. Ｃｒｅｔａｃｅｏｕｓ ｆｌｏｒａｓ ｃｏｎｔａｉ￣ ＭＯＯＲＥ ＭＪꎬ ＨＡＳＳＡＮ Ｎꎬ ＧＩＴＺＥＮＤＡＮＮＥＲ ＭＡꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
ｎｉｎｇ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｆｌｏｗｅｒｓ ａｎｄ ｆｒｕｉｔｓ ｆｒｏｍ ｅａｓｔｅｒｎ Ｎｏｒｔｈ ２０１１. Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｐｌａｓｔｉｄ ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ ｆｏｒ
Ａｍｅｒｉｃａ [Ｊ]. Ｒｅｖ Ｐａｌａｅｏｂｏｔ Ｐａｌｙｎｏｌꎬ ９０: ３１９－３３７. ２４４ ｓｐｅｃｉｅｓ: Ｉｎｓｉｇｈｔｓ ｉｎｔｏ ｄｅｅｐｅｒ－ｌｅｖｅｌ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｒｅｌａｔｉｏｎ￣
ＥＢＥＲＳＢＥＲＧＥＲ Ｉꎬ ＳＴＲＡＵＳＳ Ｓꎬ ＶＯＮ ＨＡＥＳＥＬＥＲ Ａꎬ ｓｈｉｐｓ ｆｒｏｍ ａ ｌｏｎｇꎬ ｓｌｏｗｌｙ ｅｖｏｌｖｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｇｉｏｎ [Ｊ]. Ｉｎｔ Ｊ
２００９. ＨａＭＳｔＲ: Ｐｒｏｆｉｌｅ ｈｉｄｄｅｎ ｍａｒｋｏｖ ｍｏｄｅｌ ｂａｓｅｄ ｓｅａｒｃｈ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉꎬ １７２(４): ５４１－５５８.
ｆｏｒ ｏｒｔｈｏｌｏｇｓ ｉｎ ＥＳＴｓ [Ｊ]. Ｂｍｃ Ｅｖｏｌ Ｂｉｏｌꎬ ９(１): １５７－１５７. ＭＯＯＲＥ ＭＪꎬ ＳＯＬＴＩＳ ＰＳꎬ ＢＥＬＬ ＣＤꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０.
ＥＮＤＲＥＳＳ ＰＫꎬ ＤＯＹＬＥ ＪＡꎬ ２００９. Ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ａｎｃｅｓｔｒａｌ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ８３ ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｅｓ ｆｕｒｔｈｅｒ ｒｅｓｏｌｖｅｓ ｔｈｅ
ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｆｌｏｗｅｒ ａｎｄ ｉｔｓ ｉｎｉｔｉａｌ ｓｐｅｃｉａｌｉｚａｔｉｏｎｓ [Ｊ]. Ａｍ Ｊ ｅａｒｌｙ ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｅｕｄｉｃｏｔｓ [ Ｊ]. Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ
Ｂｏｔꎬ ９６(１): ２２－６６. ＵＳＡꎬ １０７(１０): ４６２３－４６２８.
ＦＡＷＣＥＴＴ ＪＡꎬ ＭＡＥＲＥ Ｓꎬ ＶＡＮ ＤＥ ＰＥＥＲ Ｙꎬ ２００９. Ｐｌａｎｔｓ ＮＧＵＹＥＮ ＬＴꎬ ＳＣＨＭＩＤＴ ＨＡꎬ ＶＯＮ ＨＡＥＳＥＬＥＲ Ａꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
ｗｉｔｈ ｄｏｕｂｌｅ ｇｅｎｏｍｅｓ ｍｉｇｈｔ ｈａｖｅ ｈａｄ ａ ｂｅｔｔｅｒ ｃｈａｎｃｅ ｔｏ ２０１５. ＩＱ－ＴＲＥＥ: Ａ ｆａｓｔ ａｎｄ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｓｔｏｃｈａｓｔｉｃ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ
ｓｕｒｖｉｖｅ ｔｈｅ Ｃｒｅｔａｃｅｏｕｓ－Ｔｅｒｔｉａｒｙ ｅｘｔｉｎｃｔｉｏｎ ｅｖｅｎｔ [Ｊ]. Ｐｒｏｃ ｅｓｔｉｍａｔｉｎｇ ｍａｘｉｍｕｍ－ ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｉｅｓ [Ｊ]. Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ
Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡꎬ １０６(１４): ５７３７－５７４２. Ｅｖｏｌꎬ ３２(１): ２６８－２７４.
ＦＲＩＩＳ ＥＭꎬ ＰＥＤＥＲＳＥＮ ＫＲꎬ ＳＣＨÖＮＥＮＢＥＲＧＥＲ Ｊꎬ ２００６. ＱＩＵ ＹＬꎬ ＬＩ ＬＢꎬ ＷＡＮＧ Ｂꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０. Ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ
Ｎｏｒｍａｐｏｌｌｅｓ ｐｌａｎｔｓ: Ａ ｐｒｏｍｉｎｅｎｔ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｉｎｆｅｒｒｅｄ ｆｒｏｍ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｆｏｕｒ ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ
Ｃｒｅｔａｃｅｏｕｓ ｒｏｓｉｄ ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌꎬ ２６０: ｇｅｎｅｓ [Ｊ]. ＪＳＥꎬ ４８(６): ３９１－４２５.
１０７－１４０. ＲＵＨＦＥＬ ＢＲꎬ ＧＩＴＺＥＮＤＡＮＮＥＲ ＭＡꎬ ＳＯＬＴＩＳ ＰＳꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
ＦＵ Ｑꎬ ＤＩＥＺ ＪＢꎬ ＰＯＬＥ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. Ａｎ ｕｎｅｘｐｅｃｔｅｄ ｎｏｎ￣ ２０１４. Ｆｒｏｍ ａｌｇａｅ ｔｏ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ￣ｉｎｆｅｒｒｉｎｇ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｏｆ
ｃａｒｐｅｌｌａｔｅ ｅｐｉｇｙｎｏｕｓ ｆｌｏｗｅｒ ｆｒｏｍ ｔｈｅ Ｊｕｒａｓｓｉｃ ｏｆ Ｃｈｉｎａ ｇｒｅｅｎ ｐｌａｎｔｓ ( Ｖｉｒｉｄｉｐｌａｎｔａｅ ) ｆｒｏｍ ３６０ ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅｓ
[Ｊ]. Ｅｌｉｆｅꎬ ７: ｅ３８８２７. [Ｊ]. Ｂｍｃ Ｅｖｏｌ Ｂｉｏｌꎬ １４(１): ２３.
ＧＡＯ Ｚꎬ ＢＡＲＲＹ ＡＴꎬ １９８９. Ａ ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｆｏｓｓｉｌ ｃｙｃａｄ ｍｅｇａｓｐｏｒｏ￣ ＳＭＩＴＨ ＳＡꎬ ＢＥＡＵＬＩＥＵ ＪＭꎬ ＤＯＮＯＧＨＵＥ ＭＪꎬ ２０１０. Ａｎ ｕｎ￣