Page 118 - 《广西植物》2020年第12期

ϟ԰ 期 付 春 等 ᧥ 原始小球藻 ዛۗ԰ 转录因子的生物信息学分析 ϟ ऐ ԡ ሕ
ቝᆍᡷᔽ஦ 数目为 ϟԡ 个ᖔ其余参数设为默认值ᤥ 家族成员外ᖔ其余六个蛋白家族成员含量最高的

ϟ঎԰঎ᤃ 同源性分析及进化树分析 জ 在 ᡱ᤟ᑕႿᡷఋè᧕ା 氨基酸均为丙氨酸ᖔ丙氨酸含量最高的成员为 ᣮ۪
ྉၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ औᔀᤦ঎ᔀ଴ᡱᑕ༁ᢃ঎ᆍʢ੫ ᣰ ᡱʢᆍᡷᡱᑕʢᑕቝ ᣰ ɯ 在线程序中ᖔ ᡸԡϟϟ࿗ԡԡጢጢԡ঎ϟྉϟँ঎Ꭾԡᠮɯᖔ含有丙氨酸数为 ᤃԡᖔ丙
将原始小球藻的 ऐ 个成员序列ᖔ分别和同为绿藻 氨 酸含量最低的成员为 ᣮ۪ ᡸ ԡϟϟ࿗ԡԡሕϟँ঎ ϟ
门下的其余 ϟጢ 个物种 ዛۗ԰ 基因家族的蛋白成员 ྉϟϟ঎԰ᠮɯᖔ含有丙氨酸数为 ሕऐྉ图 ϟɯᤥ

进行同源序列的对比ᖔ找到相对应的其余物种的 ԣॹԣ 氨基酸保守结构域ܓ信号肽和跨膜域结构分析
同源序列ᖔ并归纳ᤥ 用 ᥘጶ᥈ዶᎮ঎ԡ ྉ ఋᑕቝࣼʢᑕ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ 蛋白成员中ᖔ不同基因蛋白成员的 ዶ۪԰ 保守结
԰ԡϟϟɯ软件中的 ऊ᤟ࣼ༁ᡷᑕ᤟ۼ 功能对原始小球藻 ዶ۪԰ 构域的数量和位置各不相同ᖔ其中 ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँᤃϟ԰Ꭾ঎ϟ
转录因子所有成员蛋白对应的序列组ᖔ分别进行 ྉ᣽ ͱᓂ ᖔ኏ ͱɟ ᖔè ͱጶ ɯ 和 ᣮ۪ ᡸԡϟϟ࿗ԡϟᎮँԡ঎ϟ
ሕऐ ँᤃ ϟϟऐ ϟᎮऐ ԰ԡԡ ԰ᤃԡ
多重比对并邻接法构建其系统进化树ྉ 李建伏等ᖔ ྉ୩ ͱ᧕ ᖔۼ ͱዶ ᖔ୩ ͱጶ ɯ两个成员各含 ሕ 个保
ᤃᎮ ϟԡ࿗ ϟऐऐ ԰ሕሕ ԰ᤃ࿗ ሕ԰԰
԰ԡԡऐɯᖔ对比 ऐ 个蛋白成员的同源序列的差距ᖔ判 守 结构域ଫ ᣮ۪ ᡸ ԡϟϟሕँऐϟጢऐ঎ ϟ ྉ ɟ ͱ ጶ ɯ 和
ጢԡ ϟϟϟ
断各个物种与原始小球藻之间的亲缘关系ᤥ ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡԡጢጢԡ঎ϟྉɟ ͱጶ ɯ两个成员中各自都只含有 ϟ
԰ँ ँᤃ
个氨基酸保守结构域ଫ余下的 ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँጢᤃ࿗ᤃ঎ϟྉɟ ͱ
ጢँ
԰জ 结果与分析 ఋ ᖔè ͱዶ ɯܦᣮ۪ᡸԡϟϟሕँᤃԡϟϟ঎ϟྉ͐ ͱዶ ᖔ୩ ͱ᥈ ɯܦ
ϟᤃँ
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ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡԡሕϟँ঎ϟྉ᣽ ͱጶ ᖔɟ ͱጶ ɯ和ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟँԡ࿗঎ϟ
ϟᎮ࿗ ԰ሕጢ ԰ᤃጢ ሕ԰ᤃ
ԣॹϓ ዛۗԣ 转录因子基因成员的一级结构和理化性 ྉ͐ ͱጶ ᖔè ͱጶ ɯ࿗ 个成员ᖔ均包含 ԰ 个保守结构
ሕᤃሕ
԰ጢऐ
ሕሕሕ
࿗԰ᤃ
质分析 域ᤥ 保守结构域跨度最大成员是 ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟँԡ࿗঎ϟ
由表 ϟ 可知ᖔ原始小球藻 ዛۗ԰ 转录因子蛋白 ྉ͐ ͱ ጶ ɯᖔ 其氨基酸数量达 Ꭾጢ 个ᖔ 蛋白成员
԰ጢऐ ሕሕሕ
家族含有 ऐ 个成员ᖔ该蛋白家族氨基酸数目范围 ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟᎮँԡ঎ϟྉ୩ ͱ᧕ ɯ 中保守结构域跨度最
ᤃᎮ ϟԡ࿗
为 ԰࿗ᎮጲᎮϟጢଫ等电点范围为 ጢ঎ऐϟྉᣮ۪ᡸԡϟϟሕँऐϟጢऐ঎ϟɯ ጲ 小ᖔ其氨基酸数量为 ሕᎮ 个ྉ表 ԰ᖔ图 ԰ɯᤥ 各个蛋白
ँ঎ ሕँ ྉ ᣮ۪ ᡸ ԡϟϟሕँᤃԡϟϟ঎ ϟɯᖔ 其中ᖔ ᣮ۪ ᡸ ԡϟϟሕँጢᤃ࿗ᤃ঎ ϟܦ 成员的位置和跨度都各不相同ᖔ但却有相似ᖔ如
ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँᤃԡϟϟ঎ϟܦᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡԡሕϟँ঎ϟ 和ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟँԡ࿗঎ϟᖔ理 ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँጢᤃ࿗ᤃ঎ϟܦᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡԡሕϟँ঎ϟ 和 ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟँԡ࿗঎ϟ
论等电位点 ᢦᎮᖔ为碱性氨基酸ᖔᣮ۪ ᡸԡϟϟሕँᤃϟ԰Ꭾ঎ ϟܦ 这 ሕ 个成员就含有相似之处ྉ 图 ԰ɯᤥ 信号肽分析
ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟᎮँԡ঎ϟܦᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡԡጢጢԡ঎ϟ 和ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँऐϟጢऐ঎ϟᖔ理 表明原始小球藻 ዶ۪԰ 蛋白均不存在信号肽ᖔ属于
论等电位点ጐᎮᖔ为酸性氨基酸ଫ该家族成员带负电 非分泌型蛋白ᤥ ఋᥘ̀ᥘᥘ 跨膜域结构分析表明原
氨基酸残基数目范围为 ԰ᤃ ྉ ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँጢᤃ࿗ᤃ঎ϟɯ ጲ 始小球藻所有蛋白成员均不含跨膜结构域ᖔ推断
ऐጢྉᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟᎮँԡ঎ϟɯଫ该家族成员带正点氨基酸 该蛋白为非跨膜蛋白ᤥ

残 基 数目范围为 ԰ᤃ ྉ ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँऐϟጢऐ঎ϟ ɯ ጲ ԣॹᇺ 氨基酸亲疏水性预测分析
ऐϟྉᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟᎮँԡ঎ϟɯଫ不稳定指数均大于 ࿗ԡྉ 不 在这 ऐ 个蛋白家族成员中ᖔ氨基酸疏水性的最
稳定系数ጐ࿗ԡ 时稳定ɯྉ 夏巧玉ᖔ԰ԡԡᎮɯᖔ推断为不 大值达到了 ԰঎ሕሕሕ ྉ ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟँԡ࿗঎ϟɯᖔ疏水性最

稳定蛋白ଫ脂肪指数范围为 ጢऐ঎ऐᎮྉᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟᎮँԡ঎ϟɯ ጲ 小值为 ϟ঎ሕऐँ ྉ ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँऐϟጢऐ঎ϟɯଫ氨基酸亲水性
Ꭾ࿗঎԰ᤃྉᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡԡጢጢԡ঎ϟɯଫ原始小球藻 ዶ۪԰ 蛋白成员 最大值达到了ͱሕ঎԰԰԰ ྉᣮ۪ᡸԡϟϟሕँऐϟጢऐ঎ϟɯᖔ亲水性
进行的亚细胞定位分析中显示该家族全部成员的 最小值为ͱ ԰঎ሕᎮऐ ྉ ᣮ۪ ᡸԡϟϟሕँᤃϟ԰Ꭾ঎ϟɯᤥ 该家族成
亚细胞都可定位于细胞质ྉ ऊᢃᡷᆍᡱ᤟ᑕ༁ቝɯᖔ其中 ࿗ 个 员 ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟँԡ࿗঎ϟ 的氨基酸亲疏水性差值最大ᖔ
蛋白 成 员᧥ ᣮ۪ ᡸ ԡϟϟሕँᤃԡϟϟ঎ ϟܦ ᣮ۪ ᡸ ԡϟϟ࿗ԡԡሕϟँ঎ ϟܦ 达到了 ጢ঎ ࿗ጢጢᖔ 对 应 平均亲水指数 ྉ ᥈኏ዶ჆ɟɯ 为
ᣮ۪ᡸԡϟϟ࿗ԡϟᎮँԡ঎ϟ和 ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँऐϟጢऐ঎ϟ 的亚细胞只定位 ͱԡ঎ሕँ࿗ ጢᖔ其第 ሕϟᤃ 位氨基酸表现最大疏水性为
于细胞质ྉ 表 ϟɯᤥ 通过氨基酸组成分析可知ᖔ在 ԰঎ሕሕሕᖔ第 ጢऐ࿗ܦጢऐጢܦጢऐᤃܦጢऐऐܦጢऐँ 位氨基酸均表现
所有蛋白成员中ᖔ除了 ᣮ۪ ᡸԡϟϟሕँᤃԡϟϟ঎ϟྉ 氨基酸 最大亲水性为 ሕ঎ϟ԰԰ᤥ 所有的 ዶ۪԰ 蛋白家族成员

的最大含量为甘氨酸 ϟጢ঎ऐԡᠮɯ和 ᣮ۪ᡸԡϟϟሕँऐϟጢऐ঎ϟ 中的平均亲水指数均小于 ԡᖔ所以该蛋白亲水性更
ྉ氨基酸的最大含量为亮氨酸 ϟϟ঎ϟԡᠮɯ 两个蛋白 强ᖔ推断该原始小球藻 ዛۗ԰ 转录因子蛋白为亲水