Page 129 - 《广西植物》2021年第12期

ϟ԰ 期 喻凤等᧥ 紫花苜蓿叶绿体基因组密码子偏好性分析 ԰ ԡ Ꭾ ሕ
结果显示 ዶ 和 ఋܦ᥈ 和 ऊ 的使用存在不均衡ᖔ表明紫 义密码子的使用度分析如表 ࿗ 所示ᖔ结果显示共
花苜蓿叶绿体密码子的使用模式不仅只受到突变 有 ሕԡ 个密码子的 ኏୩ऊВ 大于 ϟᤥ 其中以 В 或 ዶ 结
的影响ᖔ还可能受到其他因素ᖔ如选择等的影响ᤥ 尾的密码子占比为 ँᤃ঎ᤃᎮᠮᖔ以 В 结尾的为 ϟሕ 个ᖔ
ԣॹጇ 相对同义密码子使用度分析 以 ዶ 结尾的为 ϟᤃ 个ᖔ说明紫花苜蓿偏爱使用结尾
紫花苜蓿叶绿体基因组中各氨基酸的相对同 为 В 和 ዶ 的密码子ᤥ

表 ྽ই 紫花苜蓿叶绿体基因组中各氨基酸的 ቴ୒ࣷІ 分析
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ࿗জ ኏୩ऊВ ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ᡱʢᆍᡷᔀᔽႿ ዹᆍʛᔽႿ੫ ʢᔀ੫ᔽᆍႿ ᔽႿ ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ ੫ᔀႿᆍቝᔀ ᆍ஦ ᤹ᓣʐᔠዞᐹ੖ᅳ ໧ᐹᡙᔠצᐹ

氨基酸 密码子 数目 氨基酸 密码子 数目
኏୩ऊВ ኏୩ऊВ
ዶቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ऊᆍʛᆍႿ શࣼቝᤦᔀʢ ዶቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ऊᆍʛᆍႿ શࣼቝᤦᔀʢ
苯丙氨酸 ۪ၤᔀ ВВВ ऐϟ࿗ ϟ঎࿗԰ 苏氨酸 ఋၤʢ ዶऊВ ࿗԰ϟ ϟ঎Ꭾԡ
ВВऊ ሕሕԡ ԡ঎ጢऐ ዶऊऊ ϟᤃ࿗ ԡ঎ᤃᤃ
丝氨酸 ୩ᔀʢ ВऊВ ࿗ሕᤃ ϟ঎ᎮᎮ ዶऊዶ ሕԡऐ ϟ঎԰ጢ
Вऊऊ ԰ϟᎮ ԡ঎ऐऐ ዶऊ᥈ ँᤃ ԡ঎ሕँ
Вऊዶ ԰ऐᎮ ϟ঎ϟᎮ 天冬酰胺 ዶ༁Ⴟ ዶዶВ Ꭾऐ࿗ ϟ঎ጢऐ
Вऊ᥈ ϟሕጢ ԡ঎ጢጢ ዶዶऊ ԰ԡऐ ԡ঎࿗԰
酪氨酸 ఋᢃʢ ВዶВ ᤃ԰ँ ϟ঎ᤃᤃ 赖氨酸 ᓂᢃ༁ ዶዶዶ ऐᎮᤃ ϟ঎ጢँ
Вዶऊ ϟ԰ऐ ԡ঎ሕ࿗ ዶዶ᥈ ԰԰ँ ԡ঎࿗ϟ
色氨酸 ఋʢᡱ В᥈᥈ ሕ࿗ᤃ ϟ঎ԡԡ 丝氨酸 ୩ᔀʢ ዶ᥈В ሕ԰ጢ ϟ঎ሕ԰
半胱氨酸 ऊᢃ༁ В᥈В ϟጢᎮ ϟ঎ጢԡ ዶ᥈ऊ Ꭾ࿗ ԡ঎ሕԡ
В᥈ऊ ጢ԰ ԡ঎ጢԡ 精氨酸 ዶʢ੫ ዶ᥈ዶ ሕሕϟ ϟ঎Ꭾጢ
亮氨酸 ᓂᔀࣼ ВВዶ Ꭾϟ࿗ ԰঎ԡጢ ዶ᥈᥈ ϟ԰ጢ ԡ঎ᤃᤃ
ВВ᥈ ࿗ሕ԰ ϟ঎԰࿗ 缬氨酸 ჆ᑕ᤟ ᥈ВВ ࿗ϟሕ ϟ঎ጢϟ
ऊВВ ࿗ሕᤃ ϟ঎԰ጢ ᥈Вऊ ϟϟሕ ԡ঎࿗ϟ
ऊВऊ ϟԡԡ ԡ঎԰ँ ᥈Вዶ ࿗԰ᤃ ϟ঎ጢᤃ
ऊВዶ ԰ऐँ ԡ঎ऐሕ ᥈В᥈ ϟ࿗ϟ ԡ঎ጢ԰
ऊВ᥈ ϟϟँ ԡ঎ሕ࿗ 丙氨酸 ዶ᤟ᑕ ᥈ऊВ ጢϟᎮ ϟ঎ऐऐ
脯氨酸 ۪ʢᆍ ऊऊВ ሕ࿗ϟ ϟ঎ᤃऐ ᥈ऊऊ ϟ࿗Ꭾ ԡ঎ጢ࿗
ऊऊऊ ϟ࿗ϟ ԡ঎ᤃँ ᥈ऊዶ ሕϟ࿗ ϟ঎ϟ࿗
ऊऊዶ ԰࿗ϟ ϟ঎ϟऐ ᥈ऊ᥈ ϟ԰ϟ ԡ঎࿗࿗
ऊऊ᥈ ँϟ ԡ঎࿗ጢ 天冬氨酸 ዶ༁ᡱ ᥈ዶВ ᤃँँ ϟ঎ᤃϟ
组氨酸 ̀ᔽ༁ ऊዶВ ሕᤃሕ ϟ঎ጢጢ ᥈ዶऊ ϟᤃᎮ ԡ঎ሕँ
ऊዶऊ ϟԡ࿗ ԡ঎࿗ጢ 谷氨酸 ᥈᤟ࣼ ᥈ዶዶ ऐጢऐ ϟ঎ጢጢ
谷氨酰胺 ᥈᤟Ⴟ ऊዶዶ ጢᎮ࿗ ϟ঎ᤃϟ ᥈ዶ᥈ ԰࿗Ꭾ ԡ঎࿗ጢ
ऊዶ᥈ ϟ࿗ԡ ԡ঎ሕँ 甘氨酸 ᥈᤟ᢃ ᥈᥈В ࿗Ꭾሕ ϟ঎࿗ԡ
精氨酸 ዶʢ੫ ऊ᥈В ԰Ꭾϟ ϟ঎࿗࿗ ᥈᥈ऊ ϟϟँ ԡ঎ሕጢ
ऊ᥈ऊ ऐϟ ԡ঎࿗ሕ ᥈᥈ዶ ጢጢँ ϟ঎ᤃᤃ
ऊ᥈ዶ ԰ጢ࿗ ϟ঎ሕጢ ᥈᥈᥈ ϟँᤃ ԡ঎ጢऐ
ऊ᥈᥈ Ꭾϟ ԡ঎ሕऐ 甲硫氨酸 ᥘᔀᡷ ዶВ᥈ ࿗ሕ԰ ϟ঎ԡԡ
异亮氨酸 ᧧᤟ᔀ ዶВВ ँԡϟ ϟ঎ጢሕ 终止密码子 ఋጶ኏ Вዶዶ ሕԡ ϟ঎ऐ࿗
ዶВऊ ԰ँᎮ ԡ঎ጢϟ Вዶ᥈ ऐ ԡ঎࿗ँ
ዶВዶ ጢᤃጢ ԡ঎ँᤃ В᥈ዶ ϟϟ ԡ঎ᤃᎮ

ԣॹᣤ 最优密码子的确定 两极各选 ϟԡᠮ的基因ᖔ最后分别建成高低偏性库ᖔ
本文根据 ᪵኏୩ऊВ 法确定最优密码子ᤥ 首先 并分别计算 ኏୩ऊВ 值和高低两库的 ᪵኏୩ऊВ ྉ 表
将 ጶશऊ 值进行排序ᖔ然后从 ጶશऊ 值最高和最低的 ጢɯᤥ 结果发现两库 ᪵኏୩ऊВᢦԡ঎ԡऐ 的一共有 ԰Ꭾ 个