Page 133 - 《广西植物》2021年第12期
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梁晓静ᖔ 朱昌叁ᖔ 李开祥ᖔ 等 香樟转录组基因密码子偏好性分析 ЏȮ 广西植物ᖔ ԡϟᖔ ࿗ϟྉϟɯ᧥ ԡᎮᎮͱԡऐሕ
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香樟转录组基因密码子偏好性分析
梁晓静 ᕷ 朱昌叁 ᕷ 李开祥 ᕷ 安家成 ᕷ 王鹏良 ᥍
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ྉϟ 广西林业科学研究院ᖔ 广西特色经济林培育与利用重点实验室ᖔ 国家林业局八角肉桂工程技术研究中心ᖔ
广西木本香料工程技术研究中心ᖔ 南宁 ጢሕԡԡԡଫ 北部湾大学ᖔ 广西 钦州 ጢሕጢԡϟϟ ɯ
摘জ 要ᧅ 为了解香樟基因密码子偏好性ᖔ该文以 શऊା᧧ 网站中香樟转录组数据为材料ᖔ利用生物信息学手段
评价转录组数据质量ᖔ选取高质量数据的转录组ᖔ去除低质量序列ᖔ组装转录组ᖔ预测基因结构ᖔ再利用自编
ᡱᔀʢ 脚本提取以 ዶВ᥈ 开头的基因序列 ሕᎮ ᥘᤦ 序列 ሕ࿗ ँሕϟ 个基因ᖔ进一步利用 ऊᆍʛᆍႿۼ 分析基因密码子偏好
性ᤥ 结果表明᧥᥈ऊ 含量的变化范围为 ԡᎮሕ ጲ ԡᎮ࿗ᖔ均值为 ԡ࿗ጢଫጶશऊ 的范围为 ᤃँ ጲ ᤃϟԡԡᖔ均值为
ጢᎮᤃଫऊዶ᧧ 的范围为 ԡԡᤃ࿗ጲ ԡ࿗ԡϟᖔ均值为 ԡϟँँଫ୩ऊВ 值大于 ϟ 的密码子数目为 Ꭾ 个ᖔ其中以 В 或 ዶ 结尾
的有 个ଫ中性分析表明ᖔ小部分基因在对角线上ᖔ大多数基因偏离对角线ଫጶશऊ᥋ᡱᆍᡷ 分析表明小部分基因
在标准曲线上ᖔ大多数基因偏离标准曲线ᤥ 上述研究结果表明ᖔ香樟基因的密码子偏好性比较弱ᖔ密码子常
以 ዶᣰ В 结尾ଫ突变和选择两者都在密码子偏好中起作用ᖔ而选择作用更大ଫ最终确定了 ᥈ВВܦऊዶ᥈ܦ᥈ዶዶܦ
ВऊВܦ᥈ऊВܦ᥈᥈В 为最优密码子ᖔ通过对目标基因密码子的校正ᖔ提高表达效率ᖔ从而为利用基因工程技术改
良香樟重要性状奠定了基础ᤥ
关键词ᧅ 香樟ᖔ 转录组ᖔ 基因ᖔ 密码子ᖔ 偏好性
中图分类号ᧅ ͐ँ࿗ጢ࿗জ জ 文献标识码ᧅ ዶজ জ 文章编号ᧅ ϟԡԡԡ᥋ሕϟ࿗ྉԡϟɯϟ᥋ԡᎮᎮ᥋ԡᎮ
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收稿日期ᧅ ԡԡͱԡᎮͱ
基金项目ᧅ 自治区主席科技资金项目ྉϟጢϟᎮ᥋ԡᤃɯଫ第八批广西特聘专家专项ଫ广西林科院基本科研业务费项目ྉ林科 ԡϟऐԡᤃ 号ɯଫ
广西重点实验室开放课题ྉϟँ᥋ା᥋ԡ࿗᥋ԡϟɯ Џ ୩ࣼᡱᡱᆍʢᡷᔀʛ ᤦᢃ ᡷၤᔀ ୩ዹᔽᔀႿᡷᔽᔽዹ ۪ʢᆍ੫ʢᑕቝ ᆍ ऊၤᑕᔽʢቝᑕႿ ᔽႿ ᥈ࣼᑕႿ੫ᔽ ྉϟጢϟᎮ᥋ԡᤃɯଫ ᡷၤᔀ ጶᔽ੫ၤᡷၤ ାᑕᡷዹၤ
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作者简介ᧅ 梁晓静ྉϟँऐሕͱɯᖔ硕士ᖔ高级工程师ᖔ主要从事经济林栽培育种研究ᖔྉጶ᥋ቝᑕᔽɯᔽᑕႿ੫ᢼԡϟሕ݀ ϟᤃዹᆍቝᤥ
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通信作者ᧅ 王鹏良ᖔ博士ᖔ教授ᖔ硕士研究生导师ᖔ主要从事植物遗传育种研究ᖔྉጶቝᑕᔽɯᡱᔀႿ੫ᔽᑕႿ੫ᡸऔᑕႿ੫݀ ϟᤃሕዹᆍቝᤥ
