Page 141 - 《广西植物》2021年第4期
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࿗ 期 原 晓 龙 等 ᧥ 降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析 ᤃ ሕ
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জজ 在生物体传递遗传信息的过程中ᖔ作为联结 ԡϟँଫ 王玥琳等ᖔ ԡϟँଫ 张丽佳等ᖔ ԡϟँɯᖔ本研究
核酸和蛋白质的密码子扮演着重要的角色ྉԻၤᑕႿ੫ 已完成对降香黄檀叶绿体基因组的高通量测序ᖔ通
ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟँɯᖔ构成基因组的 ࿗ 种核苷酸可形成 ᤃ࿗ 过分析降香黄檀叶绿体基因组蛋白编码区ྉዹᆍʛᔽႿ੫
种密码子ᖔ各密码子与氨基酸相对应ᖔ除甲硫氨酸 ᧕શዶ ༁ᔀीࣼᔀႿዹᔀᖔ ऊ᧕୩ɯ 序列的碱基组成ܦ中性绘图ܦ
和色氨酸外ᖔ其余 ϟऐ 种氨基酸均有 ጲᤃ 个密码 ጶશऊ᥋ᡱᆍᡷ 及 ۪᥋ᡱᆍᡷ 等方法推断影响降香黄檀叶绿
子ᖔ这些编码同一氨基酸的不同密码子被称为同 体密码子偏好性的主要因素ᖔ确定降香黄檀叶绿体
义密码子ྉ ༁ᢃႿᆍႿᢃቝᆍࣼ༁ ዹᆍʛᆍႿɯ ྉ ᧕ࣼʢᔀᡷᖔ ԡԡɯᤥ 在 基因组的最优密码子ᤥ 本研究通过对降香黄檀叶
翻译过程中ᖔ每个氨基酸相对应同义密码子的使 绿体基因组密码子使用模式和影响密码子使用偏
用频率存在差异ᖔ即有的同义密码子使用频率高 性的因素进行分析ᖔ确定降香黄檀叶绿体基因组的
于其他同义密码子ᖔ这种现象被称为密码子偏好 密码子偏好性及最优密码子ᖔ以期为降香黄檀叶绿
性ྉዹᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ ᤦᔽᑕ༁ɯྉᆍቝᔀʢᆍ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡԡɯᤥ 密码 体基因组的应用和研究提供科学的参考依据ᤥ
子偏好性广泛存在于不同生物中ᖔ是物种在长期
进化过程中受环境选择ܦ碱基突变ܦ基因漂变等因 ϟজ 材料与方法
素共同作用ᖔ还受到基因组大小ܦᡷશዶ 丰度和基
因表达水平等的影响ྉᆍቝᔀʢᆍ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡԡଫ ᧕ࣼʢᔀᡷᖔ ϓॹϓ 材料
ԡԡԡଫ ᣮࣼ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟϟɯᤥ 密码子偏好性通过对基 降香黄檀叶片采自云南省林业科学院热带林
因翻译准确性和效率的调节影响基因的表达水平 业研究所ᤥ 将采集的新鲜叶片样品保存在干冰环
ྉ邢朝斌等ᖔ ԡϟሕɯᖔ叶绿体具有基因组小ܦ基因拷 境中送至生工生物工程ྉ上海ɯ 股份有限公司进行
贝数多等特点ྉ ۼʢᔽ੫ၤᡷᖔ ϟँँԡଫ 牛元等ᖔ ԡϟऐɯଫ根 叶绿体基因组的测序ᖔ并将结果提交至 શऊା᧧ྉ 登
据最优密码子设计叶绿体基因表达载体ᖔ可迅速 录号᧥ऊ࿗ᎮᎮ࿗ɯᖔ通过 ᥈ᔀႿାᑕႿҴ èᔀᑕᡷࣼʢᔀ ጶᡷʢᑕዹᡷᆍʢ
提高叶绿体基因组中基因表达量ᖔ利用目前已知 ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ᤦᔽᆍᔽႿᆍʢቝᑕᡷᔽዹ༁ ᆍʢ੫ ᣰ ༁ቝ༁ ᣰ ੫ᔀႿᤦᑕႿҴ ᡸ
的密码子使用模式推断未知基因的表达ᖔ或预测 ᔀᑕᡷ ၤᡷቝ ɯܦ ᨃè èᔽႿʛᔀʢ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ Ⴟዹᤦᔽ Ⴟቝ
某些未知基因的功能ྉ ۼࣼ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡᎮɯଫ同时亲缘 Ⴟᔽၤ੫ᆍ ᣰ ᆍʢᔽႿʛᔀʢ ᣰ ɯܦ᧕શዶ ቝᑕႿ 等软件分析降 香 黄
关系较近的物种具相近的密码子使用模式ྉ 杨国 檀叶绿体基因组ᖔ根据各基因的注释结果获得 ऐሕ
锋等ᖔ ԡϟጢɯᤥ 因此研究叶绿体基因组密码子的 条 ऊ᧕୩ 序列ᖔ剔除序列长度小于 ሕԡԡ ᤦᡱܦ重复基因
使用模式对探讨物种进化ܦ提高外源基因表达量 和 ऊ᧕୩ 内部存在终止密码子的序列后得到 ጢ 条
等具有重要意义ᤥ 符合条件的 ऊ᧕୩ 用于分析ᤥ
降香 黄 檀 ྉ ᦵᐹᤀᤇᓣʗᔠᐹ ᅳʐᅳʗᔠஏᓣʗᐹɯ 是蝶形花科 ϓॹԣ 方法
ྉ۪ᑕᡱᔽᔽᆍႿᑕዹᔀᑕᔀɯ 黄檀属 ྉ ᦵᐹᤀᤇᓣʗᔠᐹɯ 常绿半落叶乔 ϟϟ 密码子组成分析জ 将 ጢ 条符合条件的 ऊ᧕୩
木ᖔ其心材具极高的经济和药用价值ྉ 梁远楠等ᖔ 整合到一个ᑕ༁ᡷᑕ 文件中ᖔ应用 ऊᆍʛᆍႿ ۼ ϟ࿗ 软件