Page 145 - 《广西植物》2021年第4期
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࿗ 期                     原  晓  龙  等  ᧥ 降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析                                   ᤃ ԰ Ꭾ
                   表 ԣই 密码子各位置 ᤩࣷ 含量ܓ数量与                       系及主要影响因素ᤥ
                          ጛટࣷ 值的相关性分析                              中性进化理论认为碱基突变和自然选择对密
             ఋᑕᤦ᤟ᔀ ԰জ ऊᆍʢʢᔀ᤟ᑕᡷᔽᆍႿ ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ᥈ऊ ዹᆍႿᡷᔀႿᡷ༁ᖔ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ༁  码子第 ሕ 位碱基变化的影响是中性或近中性的
                  ᑕႿʛ ጶશऊ ׹ᑕ᤟ࣼᔀ༁ ᆍ஦ ʛᔽ஦஦ᔀʢᔀႿᡷ ዹᆍʛᆍႿ ᡱᆍ༁ᔽᡷᔽᆍႿ༁
                                                               ྉ୩ၤᑕʢᡱ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ϟँँሕɯᖔ即通常密码子的第 ϟ 位ܦ第 ԰
             变量
                        ᥈ऊϟ    ᥈ऊ԰    ᥈ऊሕ   ᥈ऊᑕ᤟᤟  ጶશऊ         位碱基的改变会造成编码氨基酸的改变ᖔ而第 ሕ
             ჆ᑕʢᔽᑕᡷᔽᆍႿ
                                                               位碱基改变则对氨基酸编码无影响ᖔ可以认为密
             ᥈ऊ԰        ԡ঎ጢԡ࿗᥍᥍
                                                               码子使用偏性在某种程度上是对偏好密码子使用
             ᥈ऊሕ        ԡ঎԰࿗ँ  ԡ঎԰ԡϟ
                                                               与非偏好密码子保留间的一种平衡ᖔ是进化过程
             ᥈ऊᑕ᤟᤟      ԡ঎ऐᤃϟ᥍᥍ԡ঎ऐԡጢ᥍᥍ԡ঎ጢϟጢ᥍᥍
                                                               中的一种自我保护机制ଫ同时因密码子第 ሕ 位碱
             ጶશऊ        ԡ঎԰ጢϟ᥍ ͱԡ঎ԡऐऐ  ԡ঎࿗ᤃᤃ᥍᥍ԡ঎԰ሕԡ
                                                               基具有的兼并性及较小的选择压力ܦ᥈ऊሕ 含量与
             密码子数       ͱԡ঎ϟጢᤃ  ͱԡ঎԰ᎮᎮ᥍ ԡ঎԰ᤃ԰᥍ ͱԡ঎ϟ࿗԰  ԡ঎԰Ꭾԡ᥍
                                                               密码子使用偏性的 显 著 相 关 性 等 因 素ᖔ 通常将
             ऊᆍʛᆍႿ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ༁
             ྉશɯ
                                                               ᥈ऊሕ 作为密码子使用模式分析的重要依据ྉ᥈ࣼ ᔀᡷ
            জ 注᧥᥍᥍表示在 ԡ঎ԡϟ 水平上显著相关ଫ᥍表示在 ԡ঎ԡጢ 水平上
                                                               ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡԡ࿗ଫ ᧧Ⴟ੫׹ᑕʢ༁༁ᆍႿᖔ ԰ԡԡᎮɯᤥ 本研究中降香黄檀
            显著相关ᤥ
            জ શᆍᡷᔀ༁᧥ ᥍᥍ ቝᔀᑕႿ༁ ༁ᔽ੫Ⴟᔽ஦ᔽዹᑕႿᡷ ዹᆍʢʢᔀ᤟ᑕᡷᔽᆍႿ ᑕᡷ ԡ঎ԡϟ ᤟ᔀ׹ᔀ᤟ଫ ᥍ ቝᔀᑕႿ༁
                                                               叶绿体基因组密码子的 ᥈ऊሕ 含量远低于前两位ᖔ
            ༁ᔽ੫Ⴟᔽ஦ᔽዹᑕႿᡷ ዹᆍʢʢᔀ᤟ᑕᡷᔽᆍႿ ᑕᡷ ԡ঎ԡጢ ᤟ᔀ׹ᔀ᤟঎
                                           表 ᇺই 降香黄檀各氨基酸的 ቴ୒ࣷІ 分析
                                 ఋᑕᤦ᤟ᔀ ሕজ ኏୩ऊВ ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ᔀᑕዹၤ ᑕቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ᔽႿ ᦵᐹᤀᤇᓣʗ੖ᔠᐹ ᅳʐᅳʗᔠஏᓣʗᐹ
              氨基酸     密码子      数目             氨基酸     密码子      数目             氨基酸     密码子      数目
                                       ኏୩ऊВ                            ኏୩ऊВ                            ኏୩ऊВ
               ዶዶ     ऊᆍʛᆍႿ   શࣼቝᤦᔀʢ           ዶዶ      ऊᆍʛᆍႿ  શࣼቝᤦᔀʢ            ዶዶ     ऊᆍʛᆍႿ  શࣼቝᤦᔀʢ
               ۪ၤᔀ     ВВВ     ऐ࿗ሕ     ϟ঎ሕᤃ    ۪ʢᆍ     ऊऊВ     ሕ԰࿗     ϟ঎ጢԡ     ᓂᢃ༁    ዶዶዶ      ँሕऐ    ϟ঎ጢጢ
                       ВВऊ     ሕँሕ     ԡ঎ᤃ࿗            ऊऊऊ     ԰࿗ጢ     ԡ঎ँँ            ዶዶ᥈      ԰Ꭾϟ    ԡ঎࿗ጢ
               ᓂᔀࣼ     ВВዶ     Ꭾሕऐ     ϟ঎ँँ            ऊऊዶ     ԰࿗ᤃ     ϟ঎ϟ࿗     ዶ༁ᡱ    ᥈ዶВ      ᤃँ࿗    ϟ঎ᤃጢ
                       ВВ᥈     ࿗ँ԰     ϟ঎ሕ԰            ऊऊ᥈     ϟϟᎮ     ԡ঎ጢ࿗            ᥈ዶऊ      ϟ࿗Ꭾ    ԡ঎ሕጢ
                       ऊВВ     ࿗࿗Ꭾ     ϟ঎԰ԡ    ఋၤʢ     ዶऊВ     ࿗ሕԡ     ϟ঎ᤃሕ     ᥈᤟ࣼ    ᥈ዶዶ      ऐ࿗Ꭾ    ϟ঎࿗ँ
                       ऊВऊ     ϟሕ࿗     ԡ঎ሕᤃ            ዶऊऊ     ϟँᎮ     ԡ঎Ꭾጢ            ᥈ዶ᥈      ԰ँሕ    ԡ঎ጢϟ
                       ऊВዶ     ԰ऐᤃ     ԡ঎ᎮᎮ            ዶऊዶ     ሕሕϟ     ϟ঎԰ጢ     ऊᢃ༁    В᥈В      ϟᎮᤃ    ϟ঎࿗ᤃ
                       ऊВ᥈     ϟሕሕ     ԡ঎ሕᤃ            ዶऊ᥈      ँँ     ԡ঎ሕᎮ            В᥈ऊ      ᤃጢ     ԡ঎ጢ࿗
                ᧧᤟ᔀ    ዶВВ     ँሕ԰     ϟ঎࿗ᤃ    ዶ᤟ᑕ     ᥈ऊВ     ጢ԰࿗     ϟ঎ऐԡ     ዶʢ੫    ऊ᥈В      ԰ँᎮ    ϟ঎࿗ϟ
                       ዶВऊ     ሕጢԡ     ԡ঎ጢጢ            ᥈ऊऊ     ϟँ԰     ԡ঎ᤃᤃ            ऊ᥈ऊ      ऐԡ     ԡ঎ሕऐ
                       ዶВዶ     ᤃሕሕ     ԡ঎ँँ            ᥈ऊዶ     ሕሕ԰     ϟ঎ϟ࿗            ऊ᥈ዶ      ԰ँԡ    ϟ঎ሕᎮ
               ჆ᑕ᤟     ᥈ВВ     ࿗ϟ࿗     ϟ঎࿗ऐ            ᥈ऊ᥈     ϟϟँ     ԡ঎࿗ϟ            ऊ᥈᥈      ऐ԰     ԡ঎ሕँ
                       ᥈Вऊ     ϟ԰࿗     ԡ঎࿗࿗    ఋᢃʢ     ВዶВ     ᤃጢᤃ     ϟ঎ᤃጢ            ዶ᥈ዶ      ሕँϟ    ϟ঎ऐጢ
                       ᥈Вዶ     ࿗԰ँ     ϟ঎ጢሕ            Вዶऊ     ϟ࿗ϟ     ԡ঎ሕጢ            ዶ᥈᥈      ϟ԰Ꭾ    ԡ঎ᤃԡ
                       ᥈В᥈     ϟጢጢ     ԡ঎ጢጢ    ̀ᔽ༁     ऊዶВ     ሕऐऐ     ϟ঎ጢᤃ     ୩ᔀʢ    ВऊВ      ࿗ᤃऐ    ϟ঎Ꭾँ
               ᥈᤟ᢃ     ᥈᥈В     ጢԡᤃ     ϟ঎ሕᤃ            ऊዶऊ     ϟϟԡ     ԡ঎࿗࿗            Вऊऊ      ԰࿗ጢ    ԡ঎ँ࿗
                       ᥈᥈ऊ     ϟ࿗ऐ     ԡ঎࿗ԡ    ᥈᤟Ⴟ     ऊዶዶ     ᤃϟሕ     ϟ঎ጢँ            Вऊዶ      ሕԡϟ    ϟ঎ϟጢ
                       ᥈᥈ዶ     ጢऐँ     ϟ঎ጢऐ            ऊዶ᥈     ϟᤃԡ     ԡ঎࿗ϟ            Вऊ᥈      ϟጢ԰    ԡ঎ጢऐ
                       ᥈᥈᥈     ԰࿗ᤃ     ԡ঎ᤃᤃ    ዶ༁Ⴟ     ዶዶВ     ऐሕऐ     ϟ঎ጢᎮ            ዶ᥈В      ሕԡሕ    ϟ঎ϟᤃ
                                                       ዶዶऊ     ԰԰ँ     ԡ঎࿗ሕ            ዶ᥈ऊ      ϟ԰Ꭾ    ԡ঎ሕऐ
            জ 注᧥ 下划线表示最优密码子ᤥ
            জ શᆍᡷᔀ༁᧥ఋၤᔀ ዹᆍʛᆍႿ ၤᑕ׹ᔽႿ੫ ࣼႿʛᔀʢ᤟ᔽႿᔀ ʢᔀᡱʢᔀ༁ᔀႿᡷ༁ ᡷၤᔀ ᆍᡱᡷᔽቝᑕ᤟ ዹᆍʛᆍႿ঎
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